1996年，内蒙古一少年只是一次好心的报案，结果却被当成强奸杀人犯判处了死刑，直到九年后真正的杀人恶魔落网，真相才得以大白于天下，然而即便如此，当初那个含冤而死的少年又足足等了九年才得以沉冤昭雪，那么这究竟是怎么回事呢？
1996年4月9日，18岁的呼格吉勒图和朋友闫峰相约去吃晚饭，因为两人都喝了酒，回工厂的路上呼格吉勒图便拐道去买口香糖解酒，然而没一会他便一脸紧张地告诉闫峰可能出事了，随后两人来到附近的一处旱厕，呼格吉勒图告诉闫峰，他刚刚经过这里时听到里面传来了喊叫声。
由于天色昏暗，两人借着打火机微弱的灯光往里面走，结果看到不远处的地上躺着一具赤裸的女尸，两人吓得拔腿就跑。
虽然害怕，但呼格吉勒图还是报了警，本以为这件事就此揭过，却不知就是因为这一次好心的报案，让他走到了人生的终点。
短短一小时后，他们就被警方以嫌疑人的身份带回了警察局，当晚12点闫峰在审讯室里听到隔壁房间传来桌椅剧烈抖动的声音，随之而来的便是呼格吉勒图痛苦的哀嚎声。
那一晚，闫峰不知道好友经受了怎样的对待，只是在第二天一早警察放他离开时，他透过门缝看到了被手铐反铐在暖气管道上的呼格吉勒图，他的头上还戴着一个摩托车头盔。
出去后，闫峰立刻将这件事告诉了呼格的父母，骤然得知儿子被当作嫌疑人抓了起来，父母顿时一股不祥的预感涌上心头，他们片刻不敢耽误的来警局要求见一见儿子。
在母亲心里，自己的儿子温和善良，绝对不可能做出杀人这样的事，但无论她怎么解释，警察始终不为所动，甚至还告诉她呼格吉勒图已经认罪，他清楚地交代了自己的作案经过，并且还签了字按了手印。
然而，当母亲提出要看一看那份口供时，工作人员却以他们无权查看为由拒绝了，之后没几天，报纸上就刊登了“四九女尸案”的侦破过程，呼格吉勒图就这样被冠上了杀人的罪名，铺天盖地的新闻瞬间传遍了整座城市。
尽管警方言之凿凿地表示呼格吉勒图就是凶手，但父母却坚信自己的儿子不会做出这样丧尽天良的事，他们跑遍了整个公法检，试图为儿子洗脱冤屈，却只得到工作人员一句“准备后世”的回复。
对方还表示此案证据确凿，而他们口中那所谓的铁证，只是从呼格的指甲缝中检测出了O型血液，而被害人也是O型血。
一个月后，呼和浩特市中级人民法院开庭审理了此案，母亲终于见到了阔别一个多月的儿子，短短一个月呼格已经瘦得只剩皮包骨，眼神里也没有了丝毫光彩。
不到一个小时的时间庭审就匆匆结束，呼格吉勒图被判处死刑，然而他却在审判之后大声说出自己要上诉，只是最终审判时，法官依旧维持了原判。
从案发到执行枪决，不过短短62天，这个年仅18岁的少年带着无数冤屈，就这样走到了人生终点。
呼格吉勒图的离开给整个家庭都蒙上了一层阴云，家人一边要承受失去至亲的痛苦，一边还要遭受周围人的白眼和谩骂，被冠以“强奸杀人犯家属”的他们，连为自己申辩的权利都没有。
母亲终日以泪洗面，父亲悲伤过度几乎一夜白头，呼格的弟弟也在学校受尽鄙视，没多久便辍学回家，然而负责审理呼格吉勒图案件的公安副局长冯志明，却在之后迎来了光明坦荡的前途。
但无论承受了外界多么大的压力，呼格的家人始终没有放弃为他申冤，而事情终于在九年后迎来了转机。
这天，一个邻居突然来串门，他称昨天警察带了一个重刑犯来指认现场，但奇怪的是对方指认的地方却是当年发生命案的那处旱厕。
在邻居的记忆里，几十年来那处旱厕只发生过呼格那一次命案，一个案子出现了两个凶手，这就足以证明儿子当年是被冤枉的。
呼格的父母立刻向法院提出申诉，但根本没有人搭理他们，就在这时一个好心人为他们推荐了新华社记者汤计，得知这很有可能是一起冤假错案后，汤计立刻开始调查这件事。
很快，他查到这个刚刚被抓获的罪犯名叫赵志红，警方通过调查发现他身上至少背着三条人命，但或许是觉得自己已经难逃一死，在后续的审讯中，赵志红竟然一口气说出了自己犯下的20余起恶性案件，其中他特别提到了1996年的“四九杀人案”，因为那是他杀的第一个人。
秉着追求事实真相的原则，汤计很快就发表了第一份内参，希望警方能尽快澄清十年前的冤案。
这份内参报告很快引起各部门的重视，呼格吉勒图的案子也终于被提上复查的日程，然而苦苦等了一个月后，呼格的父母只等来一句“判错了”的结果告知，此后便再也没了下文。
不久后，在赵志红的公开庭审中，他所供认的10起命案中，最终被法院控诉的只有9起，唯独漏掉了呼格吉勒图的案子。
汤计立刻察觉到是有人从中作梗，但现在更严重的是，如果赵志红被判死刑，那就没有了最关键的人证，呼格吉勒图的案子将成为永远的谜团，他的冤屈也永远不可能被洗刷，于是汤计立刻开始走访公检法机关，最终拿到了赵志红的口供。
笔录中，赵志红基本还原了案情经过，甚至还十分详细地描述出了当初“四九案”受害人的相貌特征，即便已经过去九年，当初的旱厕也早已被拆除，但赵志红依旧能清楚地说出旱厕的具体方位，就连旱厕的坑位数都记得一清二楚。
之后，汤计又陆陆续续地发表了好几份内参，希望警方能还呼格吉勒图一个清白，还大众一个真相，但这几份内参却没有掀起丝毫波澜。
就在这时，看守所里的赵志红却通过狱警递出了一份偿命申请，信中他交代了自己在1996年犯下的公厕杀人案，但却不知为何这起案件在庭审中只字未提，如今他已经认识到自己的错误，希望能还死者一个公道。
这封信本来是写给高级人民检察院的，但狱警却担心这封信会在重重压力之下，最终根本到不了高层手中，于是特地将复印件交给了一直关注此案的汤计。
拿到赵志红的“偿命”申请后，汤计立刻又发表了一份内参，这份内参成功地叫停了对赵志红的审判，赵志红也因此暂时保住了一条命。
然而，即便赵志红已经认罪，呼格吉勒图依旧没有得到平反，因为检方认为只有人证却没有物证，并不足以证明呼格吉勒图的清白，但却有铁证能够证明呼格吉勒图就是真凶，因为从呼格的指甲缝里提取到了和死者相同血型的血液，只是血液没有经过DNA检测，这个所谓的证据就不能称之为铁证。
之后汤计了解到，当年警方还在被害人体内提取了分泌物，在如今DNA技术已经普及的情况下，汤计提出进行DNA比对，如果最终的结果和呼格吉勒图不匹配，那就证明他根本不是凶手。
但让他没想到的是，检材样本已经丢失，这直接导致他们无法确定赵志红就是凶手，同样也无法排除呼格吉勒图的作案嫌疑，见状汤计只能从呼格的口供中去寻找破绽。
在呼格的描述中，死者是披肩长发，身高大概在一米六五左右，但事实上死者是短发，身高为一米五五，他的口供和事实完全对不上，反倒是赵志红对于死者的外貌特征描述更为准确。
按照“疑罪从无”的审判标准，呼格吉勒图应该被判无罪，但法庭却坚持按照有罪推论，即便他们上诉到内蒙古高级人民法院，呼格的案子也依旧得不到复审的机会。
就在呼格的父母以为儿子的冤情永远无法得到平反时，一个尚有良知的检察官悄悄联系了记者，并发来了呼格吉勒图的另一份口供。
这份笔录中，呼格推翻了之前的供述，因为之前办案民警告诉他，只要认罪就可以放他回家，当时尿急多时的呼格丧失了判断问题的能力，在对方的引诱之下认了罪，尽管他很快就反应过来，推翻了之前的供词，但最终还是被冠以杀人的罪名。
记者以这份笔录为证据，在网上发布了关于此案的多篇报道，恰好内蒙古高级人民法院院长换届选举，这篇报道瞬间引起了高度关注，汤计也趁此机会在网络上发表了第五份内参，希望真凶能早日伏法，很快高级人民法院就呼格的案子成立了调查组，全面复查此案。
2014年12月15日，呼格一家人终于等到法院送来的再审判决书，宣告呼格吉勒图无罪。
拿到判决书后，母亲在儿子坟前失声痛哭，这迟到了18年的真相，让一个正值18岁大好年华的少年蒙冤而死，让无辜的一家人在痛苦中生活了18年。
虽然当年参与审案的人都得到了惩罚，呼格一家人也得到了200多万的赔偿，但再多的钱也无法换回那条鲜活的生命。
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