康熙五十八年二月，隆科多的父亲佟国维去世后，宗人府以其子承袭公爵请旨，一直由康熙皇帝保留，直到他去世，没有任命继承人。隆科多未能继承父亲的爵位可能导致了他对康熙的不满。这是否导致隆科多在关键时刻背叛康熙，倒向雍正？
在康熙皇帝的满文朱批里，可以看到隆科多除了履行自己的职责外，还处理康熙皇帝委托的机密事务，如监禁哥哥和废黜太子。康熙五十九年，隆科多也是理藩院的大臣，至今仍担任九门提督，确保皇帝的绝对安全是九门提督的首要责任。然而，曾经处于重要地位的隆科多为什么在关键时刻最终倒向于雍正呢？这是个谜。
雍正帝登基之初，在他的朱批中说:舅舅隆科多，这个人我以前并不太了解他，但我们确实犯了一个大错误。这个人是一个真正的良臣，功臣，稀有之臣，一个好的国家大臣。他确实是清朝第一位杰出而罕见的臣子。
有人认为这是雍正有意将隆科多提升到一个更高的层次，以调和年羹尧和隆科多的关系。但这是雍正即位以来与年羹尧的第一次交流。时间是雍正元年的第一个月。雍正即位后，他和年羹尧还没有见过面。当时，年羹尧不可能瞧不起隆科多。“这个人我以前不太认识，但他们确实犯了一个大错误”这句话很有意义，说明雍正和年羹尧以前没有特别注意隆科多。“大错误”是什么意思？如果你联系后面提到的“为我立功的人”，后悔就来不及了，说明没有及早的发现。隆科多最终于倒向雍正，成为功臣。具体来说，康熙去世前，隆科多选择雍正而不是其他王子。
那么，隆科多是什么时候倒向雍正呢？雍正和隆科多必须有机会进行单独接触的机会，这个机会由雍亲王领导，领导隆科多等人盘查京通各仓。清代运往首都的谷物被收集起来并储存在仓库里。仓场在北京和通州有14个仓库，统称为“京通十四仓”。
这项工作非常琐碎，经过九天的紧张工作，到10月18日，所有的人都检查完通州西部、中部和南部的3个仓库，并向康熙报告。通州审查后，第二天查弼那两个两江总督。审讯开始转移到北京仓库，人员也减少到五人。经过18天的工作，截至11月6日，共调查了9个仓库。同一天，雍亲王率领仓库检查员在南苑向康熙皇帝报告。第二天，康熙皇帝生病了，从南苑回到畅春园。
根据常识，雍亲王应该在向康熙报告之前，完成对首都11个仓库的全部审问。当时，还有三个仓库没有被调查，也没有向康熙报告。难道雍正事先知道康熙的身体“状况不佳”了吗？
雍正带头搜查仓库，他是负责人，所以他可以利用这个机会把工作分成两三个小组，分别检查仓库，同时故意把隆科多分配给自己的小组。因此，这两个人有很多机会单独接触。可以推断，此时，隆科多在雍亲王的拉拢下，决定加入雍亲王。研究人员认为，他们可能已经推测了当时的情况，并同意根据时间采取行动，共同行动。否则，即使国家的政府事务正式停止，他一天也能到畅春园三到五次，特别是在康熙临死前，雍亲王进了卧室五次。毫无疑问，这是隆科多的帮助。
此外，面对重大利益，人们的选择大多是为了避免不利因素。可以推断，隆科多拥戴十中阿哥，与很多人有积怨，不仅无法换取特别回报，而且他的仕途也不容乐观，而他对雍亲王的支持将是另一个结果。孟森说，“隆科多在这方面是独一无二的，以博富贵”，这可能是基于对当前形势的判断。
在上述情况下，隆科多终于帮助雍亲王成为一代皇帝。他自己也获得了非凡的奖励。
雍正登基近三年来，隆科多为雍正做了些什么？由于参与秘密事务，他的行为很少被记录下来。有传言说，这可能是为了稳定政局，收拾雍正的对手。由于他是行军军队的首领，可以想见，他和雍正经常密谋秘密的事情。
雍正帝五年的闰三月，隆科多多录了一份辅国公阿布的玉牒，被人举报。雍正帝在消灭对手的过程中，主要牵连宗王公，雍正帝不时将这些人驱逐出宗籍，八阿哥，九阿哥也是如此。在这种情况下，玉牒应该及时修改。一些学者认为，雍正可能篡改了玉牒中的重要信息，隆科多发现这些信息时，这些信息被用作与雍正讨价还价的筹码。这当然是雍正所不允许的。
此后，雍正专门召议议政王大臣、内阁、九卿等，并颁布法令指出隆科多犯下的41项重罪并将其监禁。从中搜出了数十万的白银赃款。次年6月，隆科多死于禁所。
