福建水师，大清帝国隶属绿营的军事组织，以顺治七年（1650年）在福建省境内设置水师为起始，康熙朝后，福建水师制度屡有变动，普遍而言，最高长官为福建水师提督，提督驻扎福建省泉州府同安县厦门岛，康熙23年（1684年）后辖管福建水师五镇，分别为金门镇、台湾镇、海坛镇、南澳镇以及福宁镇。

福建水师原为旧式水师，采用木造战船，应付海寇所用，但在道光朝（1840年代）的鸦片战争失利后，旧式木造战船与制度面对西方列强不敷使用，清廷陆续引进西方制度改革，如推行洋务运动等，复于光绪元年（1875年）组建的现代化西式海军，原福建水师也改组成福建船政水师。

清代绿营军制

大清帝国版图约略分为“藩部”与“汉地十八省”，后者约同于明帝国旧有版图，居民以汉族为主，清代沿用明制将汉地行政区分为十八省。而清代在汉地的军事制度则是参考明代边防的卫所兵制，另加改编，由于清代地方军以“营”为基本单位，又以“绿旗”为帜，故泛称“绿营”。清廷将汉地十八省境内另划出十一个军区，一个军区横跨一到三个省不等，军区的最高军政长官为“总督”，但有些以省的长官“巡抚”来兼领，以上总督与巡抚皆为文官，不能直接率领绿营的军队作战，一个军区中绿营最高武官为“提督”，提督虽然能直接指挥绿营作战，但平时受到文官总督、巡抚的箝制，此外提督也并非坐镇军队的直接管理者。扣除军区范围，单就一个省份之内，“镇”才是绿营的最高编制单位，一个省内有若干“镇”，而“镇”辖下又有若干“协”，“协”下设“营”，“营”下又有“汛”或“塘”；“营”为绿营军事编制最基本建制的单位，“营”亦可直属“镇”管辖，不必一定要设“协”。“镇”的最高长官为总兵官，“协”最高长官为副将；一“营”之长官，参将、游击、都司、守备等中级军官均可出任；“汛”的长官则可由千总、把总、外委千总、外委把总担纲。清代为防军权过大、难以节制，建立“回避制度”，但凡副将、参将以上军官，不得在本省任职，游击、都司不得在本籍任职，守备不得在本府任职。千总、把总等下级军官不受本籍回避制度所限，但如若营中士兵升任军官，不得在旧营任职。此外，除了各级下属单位之外，每个单位长官尚有直属部队，通称“标”或“标营”，例如文官系统的总督有“督标”、巡抚有“抚标”（台湾道的道尹也编有“道标”），军职武官陆路提督、水师提督的“提标”、总兵的“镇标”和副将的“协标”。参将以下所属为营，直接统率一营兵卒，不称营标。

福建水师提督

福建水师提督为从一品武官，原职初设于康熙元年（1662年），康熙七年（1668年）一度裁撤，康熙16年（1677年）复设之后，延续至光绪30年（1904年）裁撤，是清帝国存续最长的水师提督职位，有清一朝计56任提督，有重复出任者4人，总计52人出任福建水师提督。福建水提督驻扎福建省泉州府同安县厦门岛，亲辖本标，即水师提标营，分为中营、左营、右营、前营、后营，共计五营的提督直属部队，下辖金门镇、台湾镇、海坛镇、南澳镇以及福宁镇，合称“福建水师五镇”。

福建水师五镇

福建水师五镇隶属绿营水师旧制，自清廷开办水师之后，采用传统木造战船的战区编组，沿用至光绪元年（1875年），此后取经西方、建立新式舰队，改制成福建船政水师为止。

金门镇 初设康熙19年（1680年），最高长官为总兵，受闽浙总督、福建水师提督节制，总兵官驻扎于金门岛（清金门镇总兵署），下辖金门镇标三营（中营、左营、右营），但中营于康熙27年（1688年）被裁撤。金门镇因位于福建水师提督驻扎的厦门岛外海，控制进出水道，以“巡洋”任务最为首要，长期与海坛、南澳、铜山以及福建水师提标部队进行水路会哨。道光朝后，清廷水师布局重心转往广东省，金门战略地位随之下降。同治六年（1867年），时任闽浙总督左宗棠奏请“裁兵加饷”政策，水陆军队全面调整改制，翌年金门镇被降级，改设金门协，最高长官也改为副将，由金门镇列管的水汛，多移拨予湄洲提标兼辖。

台湾镇康熙23年（1684年），清廷决议将收复台湾之后，便设置台湾镇，长官总兵赋予“挂印”特权，驻扎台湾府，受福州将军、闽浙总督、福建水师提督节制。台湾在清朝时期动乱频仍，绿营驻扎台湾编制更动颇多；兹以道光朝举例，道光朝为台湾绿营驻军数量最多的时期，计有台湾镇本标三营（中营、左营、右营）、台湾北路协三营（中营、左营、右营）台湾水师协三营（中营、左营、右营）、澎湖水师协两营（左营、右营）、台湾城守营、艋舺营、沪尾水师营、南路营、下淡水营、噶玛兰营，总计17营，驻台兵员约一万四千多名。

海坛镇初设康熙19年（1680年），最高长官为总兵，受闽浙总督、福建水师提督节制。海坛镇总兵官驻扎于福州府福清县，下辖海坛镇本标三营（中营、左营、右营）以及闽安水师协。海坛镇左、右营俱设游击一人领衔，皆驻军海坛岛；闽安水师协副将与右营长官驻扎闽安镇、左营长官驻军定海。

南澳镇初设康熙18年（1679年），最高长官为总兵，受闽浙总督、福建水师提督节制，因位处福建、广东两省交界，两广总督、广东水师提督亦有节制之权。南澳镇总兵关驻扎漳州府诏安县，下辖本标左、右二营之外，尚有福建铜山营（东山岛）、广东澄海水师协、海门营、达濠营。南澳镇左、右二营管辖不同省份，左营兼中军驻军福建省诏安县的深澳汛、南澳镇右营则负责广东省地界，右营大队同驻本营，分驻深澳口、祥林湾汛、云澳汛。南澳镇职责与金门镇相仿，以外海、巡防、会哨为要务。

福宁镇管辖本标三营（中营、左营、右营），另辖烽火门、桐山营、连江营、罗源营．福宁镇原本属于陆路系统，嘉庆七年（1802年）改制成水师部队，最高长官仍为总兵，受福州将军、闽浙总督、福建陆路提督、福建水师提督节制。福宁镇总兵官原驻福宁府，改制水师后移驻至三沙，左营自福安县城也移防三沙、右营驻宁德县。福宁镇水师汛守地点有福安县汛、东冲礟台、白石、张湾寨、防火金堡、松山港、下浒堡、盐田堡、领头寨、黄土岩、东墙寨、河西寨、河东寨等汛。