01-林 启（1839—1900）（任期：1897—1900，总办）
02-陆懋勋（1869—不详）（任期：1900—1901，总理；1904—1906，监督）
03-劳乃宣（1843—1921）（任期：1901—1903，总理）
04-陶葆廉（1862—1938）（任期：1903—1904，总理）
05-项藻馨（1873一1957）（任期：1905—1906，监督）
06-吴震春（不详—不详）（任期：1906—1910，监督）
07-孙智敏（不详—不详）（任期：1910—1912，监督）
08-邵裴子（1884一1968）（任期：1912—1912，校长；1930—1932，校长）
09-陈大齐（1887—1983）（任期：1912—1913，校长）
10-胡壮猷（不详一不详）（任期：1913—1914，校长）
11-蒋梦麟（1886—1964）（任期：1927—1930，校长）
12-程天放（1899—1967）（任期：1932—1933，校长）
13-郭任远（1898—1970）（任期：1933—1936，校长）
14-竺可桢（1890—1974）（任期：1936—1949，校长）
