福建省福州市台江区浦西境福寿宫建筑
福建省福州市台江区浦西境福寿宫内部
福建省泉州市晋江市草庵光明佛（摩尼光佛）石造像
福建省泉州市晋江市草庵摩崖石刻
当今世界摩尼教遗迹几乎无存，福建福州台江区的浦西境福寿宫和泉州晋江市的草庵是仅存的摩尼教庙宇。19世纪以来在敦煌莫高窟、新疆吐鲁番发现大批摩尼教文书，证明摩尼教在中国西北各地曾广泛传播。
中国社会科学院世界宗教研究所专家陈进国透过香港文汇报披露，在福建省宁德霞浦县发现摩尼教遗迹、文物以及大量汉文文献资料（被称作“霞浦文书”），福建省考古部门将此列入2009年福建省10项重大考古发现之一。陈进国表示2009年他和宋代“明教门”关键性人物林瞪29代孙林鋆，共同发现霞浦县上万村“入明教门”的摩尼教遗迹及文物。遗迹包括摩尼教寺院乐山堂遗址及大量摩尼教法器遗物、明代三佛塔、盐田乡飞路塔明教楹联石刻、木刻摩尼光佛等文物，其中最为引人注目的是大量关于林瞪历史生平的文献记载。据报导，类似的文献是首次在中国境内发现。
中国社科院考古所、世界宗教研究所等专家确认位于福建省福州市的浦西境福寿宫是明教寺庙遗址，庙里所藏的“明教文佛”也是全国迄今发现的唯一一尊明教佛像。
摩尼教与其他宗教的区分摩尼教在创立的时候借鉴了基督教、琐罗亚斯德教、佛教等宗教的诸多成分。在其信徒传教过程中，又常常将其伪装成其他宗教的一支以减小传播阻力，因此历史上很多时候难以将摩尼教与其他宗教区分开来。在西方，摩尼教有时被认为是基督教异端，在东方则被当做附佛外道。
20世纪以来，摩尼教与琐罗亚斯德教常常被混淆。敦煌出土的摩尼教经典《摩尼教残经一》在发现之初，以“波斯教”名之，因时人无法确定究竟是二者中哪一个的经典，而二者又同出波斯。摩尼教与琐罗亚斯德教的混淆由此开始。“波斯教”、“拜火教”之名，常用于不加区分地称呼这两种宗教。在金庸写作《倚天屠龙记》后，这种混淆更为严重。《倚天屠龙记》中的明教主要取材于以历史上的摩尼教-明教，又掺杂了琐罗亚斯德教拜火的特色，因此这种混淆借助小说的巨大影响力得以传播。
金庸金庸武侠小说中，明教为波斯摩尼教的中原分支，是一个与元朝对立的门派。由于明教中人反抗政府与行事诡异，明教被称为“魔教”。
据射雕英雄传书中所描述九阴真经之成书经过，明教在宋朝已经存在。当时宋廷同样视明教为魔教，并派高手攻伐之。
而《倚天屠龙记》一书之故事主线均是围绕明教与六大派之恩怨。明教教主阳顶天去世多年后，教主一职由张无忌接任，下有光明左使、光明右使、四大护教法王、五散人、五行旗、明教四门。以及从明教分裂出来的天鹰教，后来又并入明教。
故事后期明教组织义军起义，韩山童、韩林儿、朱元璋、徐达、常遇春等元末民变的领袖也是明教教众，最终义军推翻元朝，而“明朝”名字由来也源自“明教”。
许多人认为金庸另一武侠小说《笑傲江湖》中的日月神教，因其同样被江湖正派中人视为“魔教”而敌对攻讦，教门名称“日月”又为明字之拆分，加上同样内设左右光明使之职位（分别为向问天与东方不败二人），因此与明教必有极深渊源，甚至可能是明教的传续组织。然而除以上所述外，再无进一步的证据。
摩尼教学者古乐慈、康高宝、马小鹤、王媛媛
