大学特别是其中的艺学院为希腊学术的复兴提供了制度保障，也孕育了两希文明相融合的重大成果经院哲学(scholasticism)。
基督教在罗马帝国的成长过程中，在社会层面上遭遇的是教会组织与世俗政权之间的冲突，在思想层面上遭遇的则是信仰与理性之间的冲突。处在希腊理性文化之汪洋大海之中的早期基督教思想家，为了申张基督教的独特性，着力强调信仰高于理性、甚至反乎理性。德尔图良（Tertullianus，150-230）主张，雅典（理性）和耶路撒冷（信仰）毫不相干。对于“道成肉身”这样的基督教基本教义，德尔图良说“正因为荒谬，我才相信”。
但是，在基督教成功传教、成为罗马帝国的国教之后，基督教护教思想家开始正视信仰与理性的关系问题，并逐渐形成了“婢女论”，即作为异教学术的理性哲学仍然可以为基督教神学所用。以奥古斯丁为代表的教父哲学家强调，信仰先于理性、高于理性，没有信仰就谈不上理性。哲学和神学都追求真理，但哲学只能求到低级的真理，没有信仰的哲学不可能获得终极真理。哲学如果能够为神学服务，用来论证神学，为信仰做准备，则仍然是有价值的。总之，理性是信仰的手段（“信仰寻求理解”），信仰是理性的目的。没有理性的信仰是盲从和迷信，没有信仰的理性则毫无意义。
奥古斯丁代表了理性和信仰、哲学和神学早期的结合方式，然而这种结合方式随着11世纪经院哲学的出现，开始发生重大变化。经院哲学在台湾译成“士林哲学”，字面意思是在学院里流行的哲学，实质内容是用理性的方式对基督教教义进行论证。经院哲学起于安瑟尔谟（Anselmus，1033-1109），托马斯·阿奎那集其大成，奠定了中世纪后半期基督教神学、哲学的基础。
经院哲学出现的背景是亚里士多德思想的全面复兴。随着大翻译运动的蓬勃开展，希腊科学和哲学经典以及阿拉伯学者的注释被译成拉丁文，使欧洲人大开眼界。面对博大精深的异教学术，基督教思想家感到一种新的压力，重新结合理性与信仰、协调希腊学术与基督教义的任务摆在他们面前。
亚里士多德是一位百科全书式的思想家，在形而上学、自然哲学、伦理学、政治学、诗学等诸多学科领域都有原创性贡献。更重要的是，他的思想不仅原创，而且具有内在的融贯性，使得他在任何单独一个学科的思想都受到其它学科相关思想的支持。除非你对他全盘否定，否则单独否定某一个局部的观点是很困难的。亚里士多德首先让伊斯兰思想家阿威罗伊佩服得五体投地，他称“亚里士多德的教导是至高的真理，因为他的思想是人类思想的最终表达。”基督教思想家对亚里士多德也是推崇倍至，阿奎那认为“亚里士多德已经达到了人的思想不借助基督教信仰所能达到的最高水平”。
然而，亚里士多德所代表的希腊思想与圣经在许多方面存在根本的差异。最大的差异可能是，希腊人认为宇宙是永恒存在的，无始无终，而基督教信奉创世思想。这也是最难调和的一个矛盾。亚里士多德从理性出发认为，让宇宙有一个开端，我们必然会追问这个开端的原因，而这必然会导致无穷后退，不如假定无始无终更加合理。
12世纪的第二个25年，亚里士多德及其阿拉伯注释作品陆续被译成拉丁文。到了13世纪，神学家如何与亚里士多德著作相处成为问题。亚里士多德思想在基督教世界的传播引起了教会巨大的震动。反对亚里士多德的势力在巴黎大学迅速集结。1210年，地方教会在巴黎禁止阅读亚里士多德的自然哲学著作。1231年，教皇格里高利九世批准禁令。但是，教会内部的保守势力并没有能够一手遮天。巴黎大学艺学院和神学院的教师以各种各样的方式抵制禁令，直到1255年，禁令解除。巴黎大学和牛津大学一样可以自由的研究和注释亚里士多德的著作。第二波禁令来自巴黎主教唐皮耶（Etienne Tempier）。1277年，唐皮耶宣布对亚里士多德及其注释者提出的219个命题进行谴责，史称大谴责。在此之前的1272年，巴黎大学艺学院教师曾被迫宣誓不再对神学问题发表意见。大谴责引发了艺学院与神学院教师之间的紧张关系。理性与信仰、哲学（科学）与神学之间的关系面临着新的调整。
1240-1270年间，新派旧派之间相互的交锋，促进了人们对形而上学问题的熟悉，大阿尔伯特和托马斯的伟大综合开始出现。
神学家中的新派人物倾向于提升理性的地位，从神学之婢女的地位提高到与之并列。经院哲学之父安瑟伦曾经企图综合理性和信仰，基于理性证明上帝存在。过去我们比较多的嘲笑安瑟伦的工作，认为是徒劳无益的。事实上，用理性“证明”上帝存在与单纯地“相信”上帝存在之间存在着原则性的区别，“证明”的引入意味着理性地位的极大提升。安瑟伦主张，哲学与神学之间没有截然分别。最高的哲学就是神学，而神学是最高级的科学形态。安瑟伦规定了经院哲学的基本目标是，为基督教教义提供理性论证和支持。作为基督教思想家，他们虽然相信单凭理性并不能发现真理，但的确可以理解真理。
1247年，大阿尔伯特（Albertus Magnus，约1200年－1280年）出任多明我会教职，次年开始对亚里士多德的所有著作进行注释。他明确区分了神学和哲学的不同适用范围，提出自然哲学的自治问题，不再把哲学看成是神学的婢女。
大阿尔伯特的学生托马斯·阿奎那进一步强调，哲学和神学是相互独立的学科。哲学的基本原则是理性，神学的基本原则是信仰，而信仰不能够为理性所证明，所以它们是相互独立的。阿奎那通过对亚里士多德的著作进行基督教化，把理性精神系统、全面地引进基督教神学之中，使得神学逐渐发展成一门亚里士多德意义上的科学。阿奎那在《神学大全》中提出了把神学看成是科学的论证：“我们必须牢记，科学有两种。其中有些是基于哪些因理智的自然之光而了解的原理，比如算术与几何之类。还有一些是基于更高级的科学所得出的法则，就如同光学基于几何学所构建的法律，音乐基于算术所构建的法则。所以，神圣学说也是一门科学，因为作为它的基础的原理，来自一门更高级的科学，上帝与圣人们的科学。”（格兰特《科学与宗教》155页）“不管是因其更高的确定性，还是其研究对象更崇高的地位，有一门理论科学被认为比其他任何科学都要高尚。”（第157页）这样一来，神学与哲学就成了并列的独立的学科，都是科学的不同门类。这是自奥古斯丁以来的一次伟大的革命。把神学看成科学，加强了神学的权威性，另一方面，哲学从神学从解放出来。
怀特海在追溯近代科学的起源时说：“在现代科学理论还没有发展以前人们就相信科学可能成立的信念，是不知不觉地从中世纪神学中导引出来的。”因为经院哲学的逻辑把严格确定的思想习惯深深地种在欧洲人的心里，这种习惯即使在经院哲学被否定以后仍然流传下来，就是伽利略，“他那条理清晰和分析入微的头脑便是从亚里士多德那里学来的。”怀特海深刻地认识到，经院哲学作为希腊理性科学传统的继承者对于近代科学的重大意义。
在大学艺学院里，由于剥夺了对神学问题说三道四的权利，艺学教师们得以专心致志从事哲学-科学研究。由于艺学院在大学里的基础地位，从而使理性科学的学习和研究在大学里蔚然成风。在牛津大学，关于亚里士多德自然哲学的禁令从来没有生效，而格罗斯泰特（Robert Grosseteste, 约1175-1253）极大地促进了数学传统在牛津的开展。他的弟子罗吉尔·培根（Roger Bacon, 约1214-1292），把数学在自然哲学中的地位提到了相当的高度。14世纪第二和第三个25年里，在牛津大学出现了默顿学院的牛津计算者们（Oxford Calculators），或称默顿学派（Mertonians）。默顿学派的代表人物有布雷德沃丁（Thomas Bradwardine，约1300—约1349）。他们对速度进行了定量的运动学分析，最终得出了中速度定理（一个物体以匀加速度直线运行所走过的距离，等于这个物体以初速度和末速度的平均值匀速运动所走的距离）。在巴黎大学，数学传统一直较弱，但逻辑学是强势学科。14世纪50年代，巴黎出现了布里丹（Jean Buridan，约1300—约1358）的冲力说（一种近似于惯性运动的学说），以及奥雷斯姆（Nicole Oresme，约1320—1382）用几何方法证明了中速度定理。在许多方面，经院自然哲学家已经为近代物理科学开辟了道路。
没有经院哲学这个环节，就没有理性科学在欧洲的复兴，这一点可以从伊斯兰世界的情况中得到反证。阿拉伯学者比拉丁基督教学者更早接触和学习希腊学术，但是希腊理性科学并没有在伊斯兰文化中扎下根来。科学史家格兰特在《近代科学在中世纪的基础》以及《科学与宗教》两书中认为，伊斯兰教与基督教相比有两大差别。其一，基督教徒都知道圣经不是一部科学著作，所以他们能够接受圣经之外的希腊科学，而穆斯林认为古兰经具有很高的科学价值，应该严格地按照字面意思来诠释，所以排斥外来科学；其二，伊斯兰教主要依靠军事征服传教，传播很快，无须与异教学术磨合适应，而基督教一直处在文化从属地位，形成了与异教学术文化生态共存的策略。正是这两大差别，导致希腊学术虽然最早为伊斯兰世界所继承，但并没有扎下根来。在伊斯兰世界，哲学家的地位很低，而且经常受到迫害。13世纪一位伊斯兰教的宗教权威称“那些学习或教授哲学的人，会被真主的眷顾所抛弃，并会被撒旦征服。这一知识领域会蒙蔽对其辛勤耕耘的人们的双眼，会玷污他们的心灵，令他们违背穆罕默德先知的教导，还有什么比这更可鄙的呢？”（格兰特《科学与宗教——从亚里士多德到哥白尼》，第202页）伟大的翻译家们如阿尔-拉兹、伊本-西纳（阿维森纳）、伊本-拉希德（阿维罗意），一开始受到某哈里发保护，但换了一个哈里发，就受到迫害。伊斯兰的经院哲学-神学始终没有成长起来。当阿维罗意试图把亚里士多德学说与伊斯兰教义结合起来，创建伊斯兰教的经院哲学时，当时的哈里发发表了一道有象征意味的布告说: 上帝已命令为那些妄想单凭理性就能导致真理的人备好地狱的烈火。（罗素《西方哲学史》上卷，何兆武译，商务印书馆1963年版，第519页。）
