1、解决争议的范围不同。民商事仲裁在于解决经济合同纠纷和其他财产权益纠纷。劳动仲裁则在于解决劳动争议，如劳动合同争议、开除、除名、辞退、工资、福利、劳动保险等纠纷。

2、立案条件不同 。民商事仲裁必须当事人双方在合同中订有明确具体的仲裁条款或事后已经达成仲裁协议，才能申请立案；劳动仲裁是法律规定解决劳动争议的必经程序，只要个人与用人单位签有劳动合同或者形成事实上劳动关系，发生劳动争议后就可以申请立案。

3、适用对象不同 。民商事仲裁适用于平等民事主体之间的经济纠纷关系；劳动仲裁适用于个人与单位之间劳动关系。

4、设立依据不同 。民商事仲裁机构是依照《仲裁法》的规定由地市人民政府组建的专门处理经济纠纷的独立部门；劳动仲裁机构是依据劳动法律、法规规定在劳动部门设立的处理劳动争议的组织。

5、级别管辖不同。民商事仲裁不实行级别管辖，只要在合同中约定发生纠纷由某仲裁委员会解决，该仲裁委员会取得管辖权，并排斥了其他仲裁委员会和人民法院管辖。而劳动仲裁首先按企业级别性质划分管辖的劳动争议仲裁院，然后按级别性质划分管辖的人民法院。

6、裁决的效力不同。民商事仲裁实行一裁终局的制度，仲裁裁决一经作出，立即生效，如一方不履行裁决，另一方可申请强制执行。劳动仲裁裁决作出后，任何一方不服，都可向人民法院起诉，实行先裁后审的制度。