一、福建医科大学附属第一医院（全国医院排名第62名，华东区域排名第13名）；
1.全国排名科室：神经内科等；
2.国家重点科室：甲状腺乳腺外科、血管外科、疝外科、胃肠外科、肝胆胰外科、泌尿外科、中医科等；
3.华东区域排名科室：核医学科、结核病、整形外科等；
4.省重点科室：心血管内科、呼吸与危重症医学科、脑外科、骨科、脊柱外科、皮肤科、耳鼻喉科、肝病中心等。
二、福建医科大学附属协和医院（全国医院排名第89名）；
1.全国排名科室：心外科等；
2.国家重点科室：普外科、胃外科、肝胆外科等；
3.华东区域排名科室：小儿血液科、血液科、输血科等；
4.省重点科室：心血管内科、呼吸与危重症医学、消化内科、烧伤科、神经外科、小儿内科、超声科、中医科等。
三、福建医科大学附属第二医院（国家重点科室医院）；
1.国家重点科室：呼吸与危重症医学科等；
2.省重点科室：皮肤科、超声医学科、中医科等。
四、厦门大学附属第一医院（国家省市重点科室医院）；
1.国家重点科室：儿科等；
2.省重点科室：心血管内科、内分泌糖尿病科、神经外科、肿瘤内科、超声影像科、重症医学科等；
3.市重点科室：胸外科、肝胆胰血管外科、烧伤科等。
五、福建省立医院（国家重点科室医院）；
1.国家重点科室：心血管外二科等；
2.省重点科室：内分泌科、基本外科、肝胆胰外科等。
七、厦门大学附属中山医院（国家重点科室医院）；
1.国家重点科室：消化内科等；
2.省重点科室：肾内科、肝胆胰外科、皮肤科等；
3.市重点科室：神经内科、呼吸与危重症医学科、血液科、妇产科等。
八、福建省人民医院（省市重点科室医院）；
省重点科室：心血管科、妇科、肿瘤科、耳鼻喉科、眼科、针灸科等。
九、福建省肿瘤医院（区域排名科室医院）；
华东区域排名科室：乳腺肿瘤内科、胸部肿瘤外科、腹部肿瘤外科、胃肠肿瘤外科、胸部肿瘤内科、头颈肿瘤外科等。
十、福建中医药大学附属第二医院〈中医〉（国家重点科室医院）；
1.国家重点科室：脾胃科、脑病科、肛肠科等；
2.省重点科室：呼吸科、妇产科等。
以及福州市第二医院、福建省龙岩市第一医院、福建医科大学附属口腔医院等。
