手术室一般有两种分法，一是按手术有菌无菌程度的分法。另一种是按专科性质进行分类。
按有菌或无菌程度进行区分，手术室可分成5类：
Ⅰ类手术室：即无菌净化手术间，主要接受颅脑、心脏、脏器移植等手术。
Ⅱ类手术室：即无菌手术间，主要接受脾切除手术、闭合性骨折切开复位术、眼内手术、甲状腺切除术等无菌手术。
Ⅲ类手术室：即有菌手术间，接受胃、胆囊、肝、阑尾、肾、肺等部位的手术。
Ⅳ类手术室：即感染手术间，主要接受阑尾穿孔腹膜炎手术、结核性脓肿、脓肿切开引流等手术。
Ⅴ类手术室：即特殊感染手术间，主要接受绿脓杆菌、气性坏疽杆菌、破伤风杆菌等感染的手术。
按专科性质，手术时主要分为：
普外、骨科、妇产科、脑外科、心胸外科、泌尿外科、烧伤科、五官科等手术室。
说明：由于各专科的手术往往需要配置专门的设备及器械，因此，专科手术的手术间相对固定。
