若员工单纯地违反了竞业限制协议，那么这一争议应当明确地归类为劳动争议。在我国，劳动争议有着明确的解决流程，它要求任何劳动争议在提交法院之前，必须先经过劳动仲裁程序。这一制度的设立，旨在通过专业且中立的仲裁机构，快速、高效地解决劳动纠纷，从而保障劳动者和用人单位的权益，同时也减轻了法院的工作压力。
因此，一旦用人单位发现员工违反了竞业限制协议，它应该首先向所在地的劳动仲裁委员会提起劳动仲裁申请。这是解决此类劳动争议的第一步，也是最符合我国法律规定和程序的一步。劳动仲裁委员会将会对案件进行调查和裁决，其决定具有法律效力。
然而，如果离职员工不仅违反了竞业限制协议，还涉嫌侵犯了企业的商业秘密，那么这一争端就不再是单纯的劳动争议了。商业秘密是企业的核心资产，一旦遭到泄露或滥用，可能会给企业带来巨大的经济损失。因此，对于这类涉及商业秘密的争端，其性质已经上升为民事侵权纠纷。
在民事侵权纠纷中，企业无需再经过劳动仲裁程序，而是只能直接向人民法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。这样做能够更迅速、更有效地打击侵权行为，保护企业的商业秘密不受侵犯。所以，对于离职员工涉嫌侵犯商业秘密的行为，企业应果断采取行动，直接向人民法院寻求法律救济，从而确保自身的商业秘密得到充分地保护。
【最高人民法院（2008）民三终字第9号】劳动争议是劳动者与用人单位因劳动合同法律关系发生的争议，我国法律并未特别要求劳动合同当事人只能依据劳动合同提起劳动争议，违反劳动合同的行为同时构成侵权行为的，法律并不排除当事人针对侵权行为要求行为人承担侵权责任。因此，对于因劳动者与用人单位之间的竞业限制约定引发的纠纷，如果当事人以违约为由主张权利，则属于劳动争议，依法应当通过劳动争议处理程序解决；如果当事人以侵犯商业秘密为由主张权利，则属于不正当竞争纠纷，人民法院可以依法直接予以受理。
