张艺谋于2011年携六十亿元的「仙女十三金饰」进军奥斯卡，但遭到外国记者的抨击，有人批评他以「姓氏」为主要题材的战争片。还有人提议，这部影片索性把名字改成《守护者》。一个妓|女的生命值钱，还是一个学生的生命值钱？这句话从一开始就是金陵十三公子中最大的一个误会。一九三七年十二月十三日，战争中的南京城变成一片荒芜之地，一队女生从浓烟中冲出来，后面是疯狂的日本士兵。原本埋伏在遗迹中的指导队伍，眼看着就要冲出城市，李教练一咬牙，命令众人展开一场乱斗，最终女生们平安逃离指导队伍，但最后只有李教练和一名受伤严重的男生留了下来。
女生们逃到了一座大教堂里，其中就有被神父雇佣的醉醺醺的约翰，他们恳求那个男生把货车修好，然后把他们带走，但约翰一心想要从教会里捞点好处，很快，一群打扮得花枝招展的女孩冲了出来，这些都是秦淮河上有名的妓女。她们一进去，就占据了最保险的地下室。外面是枪林弹雨，下面是一群莺莺燕燕，湿漉漉的地下室中弥漫着一股温暖的气息。在这群放荡不羁的女子中，余墨是最漂亮的一个，她是秦淮河上最漂亮的一个，一颦一笑都能让男人为之倾倒。玉墨长的漂亮，英语也不错，跟约翰聊的很是投机。
这是一个日本人。也不愿与美国人发生冲突，他要借助约翰的外籍身份，把他们从南京救出来。玉墨见这家伙不靠谱，也就是个酒鬼，也就失去了信心。晚上，李指导员抱着半死不活的朴胜，冲入了一群娼妓的地下室，那些娼妓见到朴胜穿着制服，纷纷出言讥笑道，你来报到也是理所当然，连军人都要躲避，你以为你是谁，李指导员唉声叹气道：“唉，南京城已经被毁了，哪里还有看病的机会，我只是希望朴胜临终之前能有个温暖的安息之所。”说完，那人便离开了。他原本可以一个人逃跑，但他躲在离教会不远的地方，保护着自己十多个同伴拼死救出来的小孩。
秦怀女的行为被同学们鄙视，他们堵在洗手间里，不让她们进去，两个人吵了起来，大打出手。忽然，一发弹穿过窗户打到她的喉咙，接着日本人就到了，眨眼之间，这座圣洁的大教堂就变成了一座屠宰场。日本人闯入了教会，秦淮的妇女急忙藏在地下室，但被日本人找到了。小姑娘朝着地下室的女子望去。他们跑到楼梯口，用书架挡着地面，很快，木门被撞开了。野兽般的魔鬼如饥似渴地追逐着他们，拉扯着，扭打着，把天主教大教堂变成了地狱。听到小女孩的惨叫，约翰终于忍不住了，他伪装成了一名牧师，挥舞着教堂的旗帜，想要阻止这些人的肆意妄为。那魔头就是这样，一剑刺穿了她的妻子，再用枪头将她打昏。
昏迷不醒的约翰，亲眼看到那个小丫头从二层楼上摔了下来，摔得粉身碎骨。与此同时，一颗弹穿透了窗户，直接打入了那只妖怪的胸口，正是李教官，他已经在门外等着了。敌人被炮火的声音引来，来到了教堂的另一边，人数上处于劣势。李教官受了不轻的伤，在死亡之前，他引爆了一颗c4，与日本人一起自杀，因为太多的人死去，他对这些人的行为表示了同情，并保证会在教会里驻扎军队，保证他们的安全，但他的条件是，两天后，他要在这里给他们唱一支日本人的儿歌，虽然约翰不相信，但还是同意了。景容说着，又看了一眼那些衣裳褴褛的学子，“秦怀，请从我们这里经过，不要再往我们这里走了，多谢了。”黄昏时分，一名男子鬼鬼祟祟地从后门潜入了教会。
原本可以逃跑的淑娟老爹变成了一个男人，他把修理汽车的设备和出城的许可证交给约翰，但她老爹对她这个卖国贼冷嘲热讽，不愿意进入地下室的柏盛脸色苍白，早已没有了呼吸。豆蔻本欲为秦怀锦弹奏一首曲子来唤醒他，可是琴弦却在逃跑的途中被剪掉了，他只得背着大家带着香兰偷偷跑回来唤醒他。豆蔻获得了清明，香兰发现了一个新主人给她的一对耳环。在回来的路上，二人被妖怪找到，一路躲避，最终还是没有逃脱。香兰中枪倒在地上，阿豆投江而被人抓住后，等阿豆醒来，只见香兰被强制后的身体和头发，阿豆仍在淌着鲜红的血液。她从鲜血中拾起那根线，返回教会，谎称二人是被途中的一颗流弹射中而亡，并无痛苦。
数日之后，日本人大佐亲临教会，聆听学员演唱，表面上彬彬有礼的男子，在假面之下，终于显露了他那张丑陋的嘴。她让同学们在次日举行的庆祝宴会上演唱歌曲。所谓的演出，其实就是将少女当做礼品，献给高层官员。她把所有女生都数了一遍。黑夜里，她们不甘心受恶魔的侮辱，攀上了高楼大厦，作好了自尽的准备。为免遭日本兵的侮辱，女生一个接一个地登上大厦，打算自尽。玉墨领着秦淮女，心急之下，便要代替她们前去。等她们平静了一下，又开始后悔了，谁都知道，古代都说我们藏着掖着，不知道是不是真的，还是真的，不如我们做点正经的事情，改变一下古人常说的无情的说法，或许，我们可以为自己的同胞们，做出一些值得尊敬的事情来。
她们脱掉了身上的长裙，用一条洁白的被子把自己的胸口包裹起来，化了妆，穿上了校服，每个人都像是十五岁的少女，再也不会有任何遗憾。他们都将自己最喜欢的东西交给了小朋友，小妹，别忘了我的妹妹，也要将以前的苏散送给姐姐好的姐妹。他们将那面铜镜打成碎片，用一块布包裹起来，紧紧地抱在胸前，这是他们仅有的，也是他们仅有的一件兵器，待到万事俱备，才发觉秦淮女郎一共才十二个，而鬼子昨日还来清点了十三个女生，要求她们都去。人少了，就多了。等唐三躺在地上，乔治又穿上了女人的衣服，约翰又给她戴上了一顶假帽子，画上了妆容，看起来就象一个真正的女孩。离开之前，玉墨收起了一支沾满了血迹的琴弦，在这残破的地下室中，秦怀女为他唱了一首感伤的曲子，夜色中，情牵着你的黑发，在风中飘逸。吴侬软语，悠扬的琴音，让楚云升仿佛看见了秦淮姑娘的倩影，在金陵城留下了她们的身影。第二日，日本军队派出了一辆大巴，乔治戴上了一顶假发，与妇女一同被推上了大巴。约翰返回了教会，将两个孩子装上了一辆货车，然后在一片令人毛骨悚然的寂静中，将两个孩子送出了南京。我还不知道呢。
为了迅速地结束这件事，我不停地想象，我又一次地站在窗前，望着她们走进房间。心风为金陵十三钗所作的自卫特林日记中所写的一段故事。影片放映之后，大家并没有将注意力集中在战火中，而是围绕着“娼妓交换”这一价值观念展开了激烈的讨论。打仗的时候，有男有女，有女有女，有男有女，这是很正常的事情。这些被遗弃在院里的女孩，年轻的时候也很单纯，经历了那么多的磨难，她们知道要怎么才能保护好自己的女儿，她们不是为了那些被抛弃的学生，她们是为了那些曾经没有来得及被抛弃的自己。商人女子，虽有亡国之恨，但哀伤仍在。不仅仅是美女，还有英雄。
