为了表示与桂太郎藩阀专制内阁截然不同，山本权兵卫的新内阁与当时的第一大政党政友会展开了密切的合作。

这一合作主要体现在了组阁问题上。除了松田正久、原敬和元田肇等政友会党员入阁之外，山本首相还承诺，除陆相（木越安纲）、海相（斋藤实）和外相三个职位之外，担任其他内阁大臣职务的人士都统一加入政友会，作为政友会党员入阁。大藏大臣高桥是清、农商务大臣山本达雄以及文部大臣奥田义人等专业官僚就在这一背景下加入了政友会。人事安排就绪之后，山本权兵卫内阁即于1913年2月20日正式成立。巧合的是，就在内阁成立当天，东京神田区山崎町发生了一场大火，包括东京外国语学校、顺天中学校、东京中学校、大成中学校、法英日女学校、女子音乐学校以及东洋学院等在内，共有2598座房屋被毁。这场火灾给新上任的山本内阁蒙上了一层浓重的不祥之气。

山本权兵卫找到了政友会作为其有力的合作者，但政友会却因此失去了往日的战友。首先是以尾崎行雄为首的一批人士脱离政友会，组建了政友俱乐部；其次是以犬养毅为首的国民党也明确表示：“山本内阁的组建与政党内阁本意相违背，我党决定断绝与政友会的合作”。于是，山本内阁组阁后的国会政党势力分布又出现了新的变化：

尽管内阁的政党支持力量受到了一定程度的削弱，政友会失去了对国会的绝对领导地位（政友会188人：其他各党193人），但是，在政友会的推动下，山本内阁还是在行政及财政上采取了一些积极的改革措施。

首先是裁汰冗员、合并及废止部分机构。其结果官员定员总数减少了6 428人，所需支付的官员薪水减少了约400万日元，除薪水之外其他项目的整理共节约费用5 808万日元。经各项会计递延核算，总共节约了大约7 030万日元的开支。

其次，山本内阁于1913年修改《文官任用令》，规定各省次官、法制局长官以及警视总监等高等文官（均为敕任官）均可由一般民间人士担任，这就降低了部分高级政府职位的任用门槛，拓宽了政党人士担任政府高官的道路；同时减少枢密院（枢密院是天皇的直属咨询机构，此时由山县有朋等藩阀势力所把持）官员人数，抑制其权力的扩张。

新的《文官任用令》还规定内阁陆海军大臣的任职者资格范围由现役武官扩大到预备役和后备役，缓和了军部对内阁的控制。山本内阁的这项决定很快就引来了军中反对的声音，其中尤其值得一提的是宇垣一成(1868~1956)大佐（当时）所发布的《关于陆海军大臣问题》的匿名信。

宇垣一成是备前国磐梨郡潟濑村大内（现冈山县冈山市东区濑户町大内）一户农民家的儿子，原名宇垣杢次。同村还出了另一位著名军人宇垣缠（宇垣缠：1890~1945，海军中将），但两人并无亲戚关系。作为陆军军人，宇垣一成主要以成为后来军部统制派开创者而闻名，但他早中期的军人历史也有颇多亮点。

宇垣早年参加陆军，后进入陆军士官学校学习，1890年陆军士官学校第一期步兵科毕业，翌年任陆军步兵少尉。1896年改名一成。1900年以优等成绩毕业于陆军大学第14期。他与陆军界前辈川上操六（川上操六：1848~1899，萨摩系陆军藩阀）和长州藩阀田中义一交好并因之而获得较快升迁。1902年和1906年两次留学德国。1910年升为陆军大佐。1911年以后他在参谋本部军务局长田中义一属下任军事课长，直接负责陆军增设两个师团相关事务。

山本内阁要改变陆海军大臣现任武官制，使得预备役军人也可以成为军部大臣，这令宇垣一成感到十分愤慨。他在匿名信中指出，这样做会导致四个严重后果：一、将会形成对军人来说最为忌讳的党派思想；二、有害军事上的发展；三、破坏服从命令的关系；四、有害神圣的统帅权的作用。其中最关键的是第一和第四点，也就是说破坏军人和军队的独立性，导致政党对军队事务的干涉。但实际上，陆海军大臣现役武官制本身就是军人对内阁事务的干涉，这项制度存在本身就早已说明军队绝无可能保持独立，而自从它建立以来的种种事实也都已经说明，军人反而早就已经深深地干涉了内阁的许多政务。在这样的情况下，宇垣一成还在此大谈干犯军队统帅权，这种吊诡的论证实际上代表的是日本军人对大正后政党势力兴起及由此带来军队生存空间受到压迫的担忧。此后的事实证明，他们的担忧是非常有道理的。

很快，相关部门就追查到这封匿名信是出自宇垣一成的手笔，宇垣为此而被降职处分，但不久就官复原职。1915年升为少将，次年担任参谋本部第一部部长。1919年升为陆军中将，1921年任第十师团师团长，1923年升为陆军次官。但是，后来的历史倒是与他开了一个不大不小的玩笑。1925年，时任加藤高明内阁陆军大臣的他主导实行日本陆军史上继山梨半造两次裁军之后的第三次陆军裁军，裁减了3万多军人和约6 000匹战马，这就是所谓的“宇垣裁军”。由当初极力鼓吹扩充两个师团的宇垣一成来主持裁减陆军，这也是非常具有讽刺意味的吧。此是后话，暂且不提。

宇垣一成的匿名信堪比螳臂当车，自然不会起到什么作用。正像当初山县有朋建立陆海军大臣现役武官制时只是加了一个附录，改动了几个字那样，山本内阁此次将陆海军大臣扩大到预备役的政策也只不过是对原有文件作了一些小小的改动就发布实施了。但此事在陆军内部极不得人心，由于时任陆军大臣木越安纲积极支持山本首相的这一施政措施，已是陆军中将的他马上就受到了陆军内部转入预备役的惩罚。6月13日，山本内阁以附表的方式正式确认取消军部大臣现役武官的任职限制。感受到巨大压力的木越安纲在24日正式辞去陆军大臣的职务，接替他的是积极维护陆军立场的陆军中将楠濑幸彦。

由于山本内阁的上述一系列举措颇得民心，原先离之而去的在野党又渐渐地向他靠拢了过来。在1913年（日本大正2年，中国中华民国2年）12月26日开幕的第31届国会上，政党力量又有了新的变化：由桂太郎创建的同志会虽然人数未有大的变化，但创立者桂太郎却在这一年去世，整个党派正处于群龙无首的混乱之中；国民党也暂时没有起色。变化最大的是由尾崎行雄等从政友会分裂出去创建的政友俱乐部与亦乐会联合组成了中正会，其间部分原政友俱乐部成员又回到了政友会，从而使得政友会的力量有所恢复。当时各党派国会议员的分布情况具体如下：

从上表可见，山本内阁的同盟政党政友会又重新恢复了国会绝对领导者的地位（政友会203人：其他各党177人），这无疑是对山本内阁最强有力的支持。正是在这一背景下，山本内阁在上一年度8 400万日元海军补充计划预算的基础上，又进一步向国会提出了追加7 000万日元、合计1.54亿日元的海军预算案。相较于对海军的重视，山本内阁对陆军的要求则几乎完全无视。这无疑激怒了陆军，同时也招致了其他在野政党以及国会上院贵族院的强烈反感。所有这些因素都成为山本内阁前进道路上的隐忧。

果然，到了1914年，情况突然急转直下了。

Karl Richter是德国西门子公司在日本的一名雇员。为了自身的利益，他从公司偷了一份秘密文件并企图恐吓他的上司。恐吓未遂之后，他将这份文件卖给了路透社。他本人回到德国后以恐吓未遂罪受到了起诉。

1914年1月21日的外电公布了Richter在柏林的公审情况，该报道提到，Richter所提交的一份文件涉及西门子公司向日本海军军官行贿1000英镑的事情。两天后，反对党同志会（桂太郎的御用政党）的议员岛田三郎在议会预算委员会上对此事进行了强烈的追问。恰巧此时山本内阁刚刚提出海军补充预算方案，于是这桩海军贿赂案件受到了社会更广泛的关注和批评。随着案情的不断曝光，包括藤井光五郎少将和泽崎宽猛大佐在内的海军中高级军官纷纷被卷入其中。2月10日，在野的同志会、国民党等在日比谷公园举行集会，对海军的腐败大加抨击。愤怒的民众再次攻击了国会议事堂。

事件还在不断升级。3月12日，英国著名的Vickers公司又被查出在1910年日本海军购买“金刚”号战舰时曾通过三井物产公司向当时的舰政本部长松本和中将（事发时担任吴镇守府司令官）行贿40万日元。三井物产的饭田义一和山本条太郎等被捕，松本和也被撤职并被判入狱。

受到这一系列事件的影响，山本内阁提出的7 000万日元追加海军预算最终未能通过，但原先的8 400万日元预算仍旧继续得到执行。最终，山本内阁不得不于1914年3月24日因此次丑闻而提出了总辞。是为日本史上有名的“西门子事件”。在这次事件中可以很明显地看到日本陆海军之间深刻的矛盾。如果说山本之取代桂太郎上台是海军对陆军的一次胜利的话，那么他的内阁因西门子事件而下台就可以说是陆军对海军的一次胜利了。而原先支持陆军的三井系财阀在这次事件中转而与海军同流合污，我们或许只能以商人万事利字当先来解释了吧。