1946年，国民党政府对政府机构进行了全面改组，其中国防部是最高军事指挥机构，不过国防部又分为国防部本部和参谋本部两大部分，那么国防部和参谋本部，这两者之间有什么区别？
1945年8月，日本投降，艰苦卓绝的抗战终于取得了胜利。国民政府从战时陪都重庆还都南京，随即开始着手实施政府机构的全面改组。
国民政府行政院（内阁），下设内政部、外交部、财政部、交通部、教育部、经济部、社会部、农林部、粮食部，以及国防部，总共十个部。
其中，作为最高军事指挥机构的国防部，是根据美军顾问团的建议，在中美国防体制一元化的原则下，将原来的军事指挥机构军事委员会，以及原来隶属于行政院的军政部一并撤销，随后将军事委员会和军政部下辖的各部、委、办、司、厅、局进行合并重组，改称国防部。
国防部虽然名义上隶属于行政院，但谁都清楚，举权历来都是蒋介石的禁脔，原来的军事委员会最高长官委员长就是蒋介石，在很多影视剧里都称蒋介石为“委座”，就是因这个军事委员会委员长的职位所来——不过，国民党对于上级的称呼，通常是不用“某座”，而是直接称呼职务，这都是一些影视剧的误导。
机构改组后，蒋介石出任总统，不兼任国防部长，但作为国防部上级部门的行政院，却很明白其中的厉害关系，对国防部事从不过问的。
蒋介石为了避免国防部掌控军权而自重坐大，就采纳了美军顾问团团长、盟军中国战区参谋长阿尔伯特·魏德迈中将的建议，对国防部采取了机构设置制衡的策略，将国防部分为国防部本部和参谋本部两大部分，相互制约。
国防部本部的最高长官是国防部长，同时作为政府首脑的最高军事幕僚长，负责为政府首脑提供咨询建议，但并负责对军队的直接指挥。
参谋本部的最高长官是参谋总长，是国防部长的第一僚属，并通过陆海空军总司令部，以及联勤总司令部，对全国军队实施指挥，包括战时与非战时一切军事行动的指挥。
所以，国防部长主要是政治层面的长官，负责行政管理，而参谋总长和国防部长平级，在组织架构上还在国防部长之下，但却是军事层面的长官，掌握军事指挥的实权。
首任国防部长为白崇禧 （陆军一级上将）。当时国民党军队一号人物是陆军总司令兼参谋总长何应钦，按理说何应钦出任国防部长是最顺理成章的，但这样一来，二号人物副总参谋白崇禧就将出任掌握军事指挥实权的参谋总长，着显然是蒋介石不愿意看到的。所以，蒋介石就任命白崇禧来担任国防部长。
国防部长之下，设国防部次长3人、国防部长办公室主任1人。
国防部次长3人分别是：林蔚 （陆军中将加上将衔）、秦德纯 （陆军中将加上将衔）、刘士毅 （陆军中将加上将衔），郭刚部长办公室主任为刘咏尧（陆军中将）。
国防部本部下辖10个司，分别是：
军职人事司，首任司长刘咏尧（兼）；
文职人事司，首任司长袁同畴（陆军中将）；
民用工程司，首任司长华振麟（陆军中将）；
预算财务司，首任司长闵湘帆（陆军中将）；
法规司，首任司长何孝元（陆军中将）；
特种计划司，首任司长赵援（陆军中将）；
人力计划司，首任司长赵学渊（陆军中将）；
工业动员司，首任司长陈自强（陆军少将）；
征购司，首任司长刘逸奇（陆军少将）；
土地及建筑司，首任司长马崇六（陆军中将）。
国防部参谋本部的最高长官是，他参谋总长，首任参谋总长是陈诚（陆军一级上将），他之前担任行政院军政部长，他是蒋介石的绝对心腹亲信，他的“土木系”是国民党嫡系中最大的派系。所以，蒋介石将这个位重要权高的职位交给陈诚，蒋介石才会放心。
参谋本部的组织机构远比国防部本部要复杂庞大，参谋总长以下设参谋次长3人、参谋总长办公室主任1人。
参谋次长3人分别是刘斐（陆军中将）、范汉杰（陆军中将）、郭忏（陆军中将），首任参谋总长办公室主任是钱卓伦（陆军中将）。
另外，还设有副总参谋长1人，首任副总参谋长是郭寄峤（陆军中将）。又是参谋次长，又是副总参谋长，确实看得一头雾水。相比而言，参谋次长级别要比副总参谋长高，三个参谋次长分管一部分业务，而副总参谋长则是辅佐、协助参谋总长来处理各种事务，职权上不如参谋次长。
1950年3月，“吴石案”之后，参谋本部进行了改组，增设1位参谋次长，这样参谋次长就有了4人。
参谋本部下辖4个总部、6个厅、12个局，分别是：
陆军总司令部，首任陆军总司令顾祝同（陆军二级上将）；
海军总司令部，首任海军总司令桂永清（海军二级上将）；
空军总司令部，首任空军总司令周至柔（空军二级上将）；
联勤总司令部，首任联勤总司令黄镇球（陆军中将）；
第一厅（人事行政），首任厅长于达（陆军中将）；
第二厅（情报），首任厅长郑介民（陆军中将）；
第三厅（作战），首任厅长张秉钧（陆军中将）；
第四厅（后勤），首任厅长赵一肩（陆军中将）；
第五厅（编制训练），首任厅长方天（陆军中将）；
第六厅（国防科研），首任厅长钱昌祚（陆军中将）；
国防部副官局，首任局长陈春霖（陆军少将）；
国防部预算局，首任局长赵志尧（陆军少将）；
国防部新闻局，首任局长邓文仪（陆军中将）；
国防部测量局，首任局长晏勋甫（陆军中将）；
国防部民事局，首任局长王开化（陆军中将）；
国防部保安局，首任局长杜心如（陆军中将）；
国防部监察局，首任局长彭位仁（陆军中将）；
国防部史政局，首任局长吴石（陆军中将）；
国防部军法局，首任局长刘千俊（陆军少将）；
国防部兵役局，首任局长徐恩平（陆军少将）；
国防部保密局，首任局长郑介民（兼）。特别说明一下，保密局的前身就是大名鼎鼎的军统（军事委员会调查统计局）。1946年3月军统局代理局长戴笠（1938年4月新军统成立后，戴笠一直只是副局长，正局长都是由蒋介石侍从室第一处主任兼任，1945年3月戴笠才担任代理局长）因飞机失事丧生，加上机构改组。军统局被裁撤，一拆为四，核心业务和骨干人员改组成保密局，其余人员并入国防部参谋本部二厅和内政部警察总署。军统的武装力量忠义救国军则整编为交通警察部队。
国防部预备干部管理局，首任局长蒋经国。
从国防部本部和参谋本部的组织机构设置来看，很明显，参谋本部的职权要远远大于国防部本部。也正因为如此，第二任国防部长是阎锡山，和白崇禧一样，是非嫡系的高级将领，说明国防部长更多是政治上的考虑，位高但权不重，比闲职也好不了多少。而第二任参谋总长是顾祝同，第三任是周至柔，都是蒋介石的嫡系亲信将领，这就充分说明了国防部本部和参谋本部的区别。
最后，还需要说明的事，1946年国民政府设立的国防部长和参谋总长，都是由军人来担任。这和美国有所不同，美国的国防部是1947年才设立，比国民党政府的国防部还晚了一年。而且美国实行“文官治军”的原则，所以国防部长必须是文官，现役军人只有在退役七年后才能担任国防部长。而且，国防部长的职权和级别都要比军职的参谋联席会议主席（相当于总参谋长）要高，参联会主席只能根据总统和国防部长的命令才能指挥军队的作战行动。
