第二届国务院政府任期6年，自1959年4月~1965年1月
1959年第二届国务院政府组成部门共64个，分布如下：
一、部委机构
共39个部委
外交部、国防部、国家水利电力部、国家地质部、国家煤炭工业部、国家石油工业部、国家化学工业部、国家机械工业部、国家冶金工业部、国家纺织工业部、国家轻工业部、国家铁道部、国家交通部、国家邮电部、国家商业部、国家粮食部、国家对外贸易部、国家对外经济联络部、国家文化部、国家教育部、国家卫生部、国家劳动部、国家人事部、国家财政部
国家计划委员会、国家经济委员会、国家科学技术委员会、国家基本建设委员会、国家农业委员会、国家林业委员会、国家体育运动委员会、国家民族事务委员会、国家华侨事务委员会
国家统计局、国家工商行政管理局、国家物价局、国家税务局、国家广播事业局
国家审计署
二、直属机构
共14个直属机构
中国民用航空局、国家气象局、国家测绘局、国家标准局、国家计量局、国家专利局、国家版权局、国家地震局、国家海洋局、国家环保局、国家核工业局、国家航空航天工业局、国家机械电子工业局、国家轻工机械局
三、办公机构
共6个办公机构
国务院办公厅
国务院法制局
国务院研究室、国务院侨务办公室、国务院港澳事务办公室、国务院台湾事务办公室
四、 秘书厅
共1个秘书机构
国务院秘书厅
第二届的组成机构，有较大的调整和优化，变化总结如下：
1、部委机构调整
数量：由35个增加到39个
撤销：司法部、监察部、重工业部、燃料工业部。
新增：冶金工业部、化学工业部、煤炭工业部、石油工业部、电力工业部、水产部、农垦部、物资管理部、对外文化联络委员会等。
2、直属机构调整
数量：由20个增加到24个
新增：国务院外事办公室、国务院农林办公室、国务院财政办公室、国务院文教办公室；
3、办公机构调整
数量：由8个减少到6个
撤销：国务院法制局、国务院人事局。
