1965 年1月，第三届全国人大组建了第三届国务院领导机构。
第三届国务院政府任期10年，自1965年1月~1975年1月
1965年第三届国务院政府组成部门共64个，分布如下：
一、部委机构
共49个部委
外交部、国防部、公安部、安全部、监察部
财政部、中国人民银行、商业部、对外贸易部
民政部、粮食部、农业部、林业部、农垦部、水产部、劳动部、水产部
铁道部、交通部、邮电部、文化部、教育部、高等教育部、卫生部
化学工业部、建筑材料工业部、水利电力部、地质部、建筑工程部、物资管理部、森林工业部、城市建设部
机械工业部、第一机械工业部、第二机械工业部、第三机械工业部、第四机械工业部、第五机械工业部、第六机械工业部、第七机械工业部
治金工业部、煤炭工业部、电力工业部、石油工业部、纺织工业部、轻工业部、第二轻工业部
国家计划委员会、国家经济委员会、国家建设委员会、国家科学技术委员会、国防科学技术委员会、国家民族事务委员会、体育运动委员会、中国文字改革委员会、对外文化联络委员会
二、直属机构
共22个直属机构
中国民用航空总局、国家海洋局、旅游事业管理局、国家房产管理局、外文出版发行事业局、国务院科技干部局、国家编制委员会、国家物价委员会、国家统计局、国家计量局、中国气象局、中央气象局、国家测绘总局、对外经济联络总局、国务院宗教事务局、广播事业局、新华通讯社、中国科学院。
三、办公机构
共7个办公机构
国务院外事办公室、国务院文教办公室、国务院农林办公室、国务院财贸办公室、国务院工交办公室、国务院政法办公室、国务院国防工业办公室。
四、 秘书厅
共1个秘书机构
国务院秘书厅
第三届国务院的组成机构，有较大的调整和，变化总结如下：
一、部委机构
数量：由39个增加到49个。
新增：第一轻工业部、第二轻工业部、第三机械工业部、第四机械工业部、第五机械工业部、第六机械工业部、第七机械工业部、第八机械工业部、物资管理部、高等教育部等部委。
二、直属机构
数量增加：由14个增加到22个构。
调整新增：全国物价委员会、中国文字改革委员会、国家编制委员会、中央工商行政管理局、广播事业局、国家档案局、国务院宗教事务局等直属机构。
三、办公机构
数量增加：由6个增加到7个。
调整新增：国务院外事办公室、国务院内务办公室、国务院农林办公室、国务院工业交通办公室、国务院国防工业办公室、国务院财贸办公室、国务院文教办公室等办公机构。
