公元184年2月，唐周告密，马元义被捕，官兵四处扑杀太平道信徒，并下令追捕张角等一干太平道骨干。
张角自称天公将军，张宝为地公将军，张梁为人公将军，在冀州提前起事；波才在颍川；张曼成、赵弘、韩忠、孙夏在南阳；彭脱在汝南、陈国；卜已在东郡；另有一直黄巾在广阳。黄巾发出了苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉的怒吼，从三个方向对洛阳成包围态势。
公元184年2月，冀州黄巾擒拿了冀州河北地区的安平王刘续和甘陵王刘忠，常山王刘暠弃国而逃，冀州大部分沦陷。
公元184年3月，张曼成攻入南阳，诛杀南阳郡守褚贡。3月7日，朝廷解除党锢。呼吁国人抵抗黄巾。并拜何进为大将军，布防洛阳；令皇甫嵩与朱儁分别出任左、右中郎将，率军四万余人，东讨豫州颍川黄巾，傅燮拜护军司马，从皇甫嵩部；张超拜别部司马、孙坚拜佐军司马，从朱儁部；侍御史太原王允拜豫州刺史，协同作战；卢植拜北中郎将，宗员为其副将，率军至冀州讨伐张角；江夏都尉秦颉为太守，与荆州刺史徐璆合力围剿南阳黄巾。
张曼成
公元184年4月，波才在长社击溃朱儁，皇甫嵩支援，二人被围困在长社；彭脱汝南黄巾在邵陵县大败汝南太守赵谦；广阳黄巾击杀幽州刺史郭勋，广阳太守刘卫。刘备跟随校尉邹靖讨伐幽州黄巾。
宛城
公元184年5月，皇甫嵩已火计大败波才军，又在阳翟县再次击溃波才部。何进已马元义案，杀中常侍封谞、徐奉。
公元184年6月，秦颉斩杀张曼成，黄巾余部已赵弘为渠帅，据守宛城。皇甫嵩、朱儁在汝南西华县击败黄巾渠帅彭脱，而后又平定了陈国黄巾。朱儁去讨伐南阳黄巾，皇甫嵩讨伐兖州黄巾。卢植数次击败冀州黄巾，张角、张梁据守广宗，张宝据守曲阳。左丰诬陷卢植消极作战，刘宏大怒，将卢植以罪征回，拜董卓为东中郎将接管冀州战事。
公元184年7月，董卓、郭典合力攻打曲阳，未克。
公元184年8月，皇甫嵩于东郡仓亭破卜巳、张伯、梁仲宁部；而后调皇甫嵩接管冀州战事。以罪召回董卓。朱儁杀赵弘、韩忠。
公元184年9月，战事不顺，张角病死。
公元184年10月，皇甫嵩于广宗斩杀张梁，将张角剖棺戮尸，传首京师，而后北上围攻曲阳。
公元184年11月，皇甫嵩攻破下曲阳城，斩杀张宝，冀州黄巾平定。
公元184年12月，朱儁杀孙夏，南阳黄巾平定。
公元185年，张牛角、张燕等黄巾余部领导了黑山军起义，逐渐发展壮大融合汇聚了冀州幽州黄巾余部，控制了常山、赵郡、中山、上党、河内等郡国的山谷，成为了一支不小的势力。
公元185年2月，扬州黄巾军攻打庐江郡舒县,其后黄巾余党戴风与安凤县起兵，被羊续剿灭。
公元186年2月，江夏赵慈发动兵变，杀南阳太守秦颉；6月荆州刺史王敏和南阳太守羊续攻杀。
公元187年2月，司隶河南尹荥阳县黄巾军叛乱，攻占中牟，3月被何苗剿灭。
公元188年2月，郭泰、杨奉、徐晃、韩暹、胡才、李乐与并州西河郡白波谷起义，肆虐太原河东等郡。
郭泰
公元188年4月，汝南郡葛陂黄巾何仪、刘辟、黄邵、何曼起义，11月大败鲍鸿
公元188年5月，马相、赵祗自号黄巾，攻占绵竹；6月王饶、赵播攻占广汉，啥益州刺史郤俭。马相自称天子，攻克巴郡，斩杀太守赵部。其后益州从事贾龙、主簿韩揆
公元188年10月，青州，徐州黄巾复起。陶谦以泰山贼臧霸、孙观、尹礼等人为将，大破黄巾。
公元189年，汉灵帝病逝。董卓进京。9月白波军与南匈奴单于于扶罗，进攻河内。董卓派牛辅讨伐白波谷黄巾，未成功。
公元190年，黑山军与各路诸侯结盟讨董；从这一年开始，黄巾开始了和各个诸侯合作纵横；孙坚在南阳郡讨伐黄巾残部。
公元191年，黑山军击邺城，为袁绍所败，11月，青州黄巾张饶攻打泰山郡，被应劭所败，复攻渤海，为公孙瓒大败。黑山军于毒、白绕、眭固部攻略东郡为曹操所败。
公元192年，青州黄巾进入兗州，杀兗州刺史刘岱，冬，降与曹操。
公元193年，白波黄巾联合黑山军进击冀州，为袁绍所败，郭泰下落不明，白波分散为杨奉、、韩暹、胡才、李乐四部；管亥围北海，杀宗宝。刘备解围，管亥遁走。3月黑山于毒攻占邺城，杀死了太守栗成，黑山军撤退；6月袁绍讨伐斩杀于毒。
公元195年，献帝东归，白波杨奉、徐晃洗白上岸。杨奉、董承利诱李乐、韩暹、胡才和南匈奴右贤王去卑勤王，共攻李傕，大破李傕。
公元196年，曹操讨伐葛陂黄巾，杀黄邵，何仪、何曼归降。李通与汝南捕吴霸，降其众，后归附曹操。6月献帝返回洛阳，胡才、李乐留于河东；7月，韩暹与董承争权，8月曹操迁献帝与许昌，韩暹投杨奉；11月杨奉、韩暹作乱，为曹操击败。二人投袁术，后又投吕布，其后杨奉为刘备所杀、韩暹预出逃并州，途中被张宣所杀；胡才为仇家所杀、李乐病死，白波谷黄巾覆灭。
公元200年，汝南黄巾刘辟叛乱。
公元202年，朱治讨伐吴郡黄巾余党陈败、万秉等部。留赞在会稽斩杀黄巾吴桓。
公元203年，乐进讨伐乐安黄巾。
公元205年，张燕归降曹操，黑山军覆灭。
张燕
公元206年，乐进、李典、张郃讨伐管承，管承逃与海上。
公元207年，青州济南、乐安黄巾徐和、司马俱等攻克郡县，杀害济南王刘赟，后为夏侯渊、吕虔所灭。
