贝加尔湖地区，自古以来就是东亚游牧民族和森林民族的居住地。汉代，此地有丁零；魏晋南北朝到隋唐，有铁勒、回鹘。蒙古崛起后，征服了此地的“林中百姓”，这里的民族自此融入了蒙古族，也就是“布里亚特”。明朝时期，布里亚特蒙古先隶属于瓦剌，后隶属于鞑靼。
1633年，贝加尔湖以东的茂明安部归顺后金，标志着后金的势力范围到达了贝加尔湖一带。之后，清朝入关，茂明安部也南下从军征战，贝加尔湖以东的地区就变得空虚起来。于是俄罗斯开始从西岸发展到东岸，并逐渐向黑龙江流域推进。
俄罗斯在蒙古高原北部的推进
从1643年开始，俄罗斯殖民者就从雅库茨克出发，翻越外兴安岭到黑龙江上活动。他们烧杀抢掠，无恶不作。清朝入关之初，由于忙于统一战争，因而无暇北顾。1651年，顺治开始亲政，也开始着手解决黑龙江问题。到1659年，清朝将俄罗斯殖民者赶出了黑龙江流域。
俄罗斯失败后，决定改变战略。他们决定在黑龙江的上游建立一个据点——涅尔琴斯克（尼布楚），然后让整个西伯利亚来为这个据点提供兵源、粮食、武器等保障。为了让据点更加安全，俄罗斯在贝加尔湖周边建立了大量的据点，其目的就是保障西伯利亚到尼布楚的运输安全。在尼布楚据点稳定下来后，俄罗斯就向东推进，在雅克萨重建了据点。
正在俄罗斯在黑龙江步步为营，稳步推进的时候，清朝和蒙古都出现了问题。清朝方面，顺治皇帝在1661年去世，康熙皇帝年幼，四大辅臣治理朝政。四大辅臣忙于争权夺利，出台了许多荒唐的政策，这里不用展开说了。当时对于俄罗斯的侵入，四大辅臣也是置若罔闻，根本不加以重视。
顺治时期，鄂温克族的领袖根特木耳曾多次抵御俄国殖民者，但四辅臣并没有给根特木耳加官进爵，根特木耳一怒之下就投靠了俄罗斯，成为了中国历史第一个有记载的投俄叛国贼。根特木耳的投敌影响很大，此人充当俄军的带路党，不断招降黑龙江上游的蒙古、鄂温克部落，使得俄国在黑龙江上游的殖民统治渐趋稳固。
根特木耳的居住地
蒙古方面，1662年，和托辉特部和札萨克图汗部发生了内战，和托辉特部出兵击杀后了札萨克图汗，引起了整个蒙古的震动。随后，土谢图汗、车臣汗对和托辉特部发动了战争，喀尔喀蒙古大乱。之后，僧格又带领准噶尔人对喀尔喀发动进攻，1640年建立的“卫拉特—蒙古联盟”自此瓦解。既然蒙古都乱了，那谁还有心思管俄罗斯在贝加尔湖以东的扩张呢？
准噶尔部原本是有一定能力阻止俄罗斯东侵的。在此之前，准噶尔部就多次在北部击退俄国殖民者，蒙古内乱后，准噶尔部又趁机占据了科布多（和托辉特部领地）、乌梁海（萨彦岭）和吉尔吉斯，已经到达了贝加尔湖的西南。但1670年，僧格去世，准噶尔又陷入了内乱。
1670年的局势
1669年，康熙帝铲除了鳌拜势力，开始了亲政。但随后又是平定三藩之乱和台湾郑氏的战争，清朝还腾不出手来管东北。直到1683年，台湾已经平定，康熙开始了对俄国的反击计划。康熙的宏观战略很宏大，那就是联合喀尔喀蒙古，夹击俄罗斯。清军在黑龙江清除雅克萨等据点，在向西推进。蒙古则向北推进，双方会师于尼布楚，将俄罗斯赶出贝加尔湖以东地区。俄国的史料记载“中国皇帝准备在阿穆尔河进行战争，并且唆使蒙古王爷们进攻色楞格斯克”“博格德汗（清朝皇帝）已经说服了蒙古人去援助他，以便和他们一起把俄国人赶出外贝加尔”。
为了将俄罗斯人从黑龙江赶出去，康熙对东北的防御做了大规模的调整。首先，在黑龙江设置常设机构——黑龙江将军，在黑龙江干流上建立永久性军事据点——瑷珲城。第二，建立从关内到黑龙江的运输补给系统，包括驿站、驿道，形成了松辽联运体系。第三，提高黑龙江士兵的待遇，以鼓励他们安心驻扎在此。随后，关内大量的粮食、军队、火炮、耕牛被运输到了黑龙江。
雅克萨之战
1685年到1688年，清军对雅克萨据点发动了两次进攻，俄军战败，史称“雅克萨之战”。随后，俄国派出代表，表示可以和清朝进行谈判。俄国派遣的使者是戈洛文，他带着火枪兵506人、哥萨克1400人到达黑龙江上游，其目的是保住尼布楚和雅克萨，争取将黑龙江以北纳入到俄国版图。
按照康熙的原计划，现在蒙古大军应该向贝加尔湖挺进。1685年，土谢图汗派遣8000骑兵到达贝加尔湖以南，对俄国的据点进行骚扰。不过，由于蒙古军队缺乏火炮，因而无法攻克沙俄的城堡。即使如此，当时谈判对于清朝来说是比较有利的。清朝派遣索额图等为代表，康熙的意见是以贝加尔湖作为中俄边界线，索额图又增加了勒拿河。当时，清朝只了解勒拿河上游的走向，是东西走向，对于下游未知。提出以勒拿河为界，实际上，就是要将雅次库克以南的大片区域纳入版图。
1688年，清朝和俄国的谈判团到达尼布楚，进行了艰难的谈判过程。正当双方讨价还价的时候，情况发生了巨大的变化——噶尔丹东侵。僧格被杀后，噶尔丹从西藏回到准噶尔，夺取了准噶尔的最高统治权，随后对外扩张，灭叶尔羌汗国，征服哈萨克，建立了一个面积超400万平方公里的汗国。
噶尔丹改变了过去历代珲台吉对俄国的敌对态度，选择和俄国合作。为什么噶尔丹要和俄国合作呢？因为噶尔丹的野心很大，他想吞并整个蒙古高原，重现成吉思汗的伟业。想要击败喀尔喀蒙古不难，难的是喀尔喀蒙古背后是清朝。为了实现自己的霸业，噶尔丹就选择和俄国合作，共同对付清朝。
噶尔丹东侵后的局势
就在清朝和俄国使团在尼布楚进行讨价还价的关键节点，噶尔丹突然带领3万精锐的骑兵（装备大量的火枪）对喀尔喀蒙古发动了进攻。喀尔喀蒙古哪里能能够抵抗，很快就兵败如山倒，噶尔丹如同脱缰的野马，从科布多杀到了呼伦贝尔，贯穿整个喀尔喀。随后，俄国的戈洛文又趁机对喀尔喀北部发动了进攻，蒙古军惨败。
喀尔喀的几位大汗在惨败的情况下，被迫转移到了清朝直接管辖的漠南地区，康熙也对他们进行了安顿。
噶尔丹东侵，彻底大乱了康熙帝的计划。现在，谈判团被俄国、准噶尔势力南北包夹，形势非常危及。而最关键的地方在于噶尔丹在继续南侵，他击溃喀尔喀蒙古后，还继续南下，试图夺取整个漠南蒙古。如果漠南蒙古沦陷，那么满蒙一体就瓦解了，这会严重动摇清朝的统治基础。一旦蒙古沦陷，北京、东北都会直接暴露在准噶尔汗国和沙俄的威胁之下。所以，现在的主要问题不是黑龙江问题了，而是蒙古问题了。
为了尽快解决黑龙江问题，康熙帝决定对俄国进行退让。最终，双方签订了《尼布楚条约》，条约规定外兴安岭—额尔古纳河作为中国和俄罗斯的边界线。同时，俄国答应不再援助噶尔丹。清朝代表提出要划定喀尔喀蒙古和俄罗斯的边界线，遭到了戈洛文的拒绝。戈洛文的理由是喀尔喀地区现在属于准噶尔汗国管辖，不属于清朝。
尼布楚条约签订后的东北
《尼布楚条约》是清朝签订的第一个国际性条约，是中国近代领土主权化的一个开端，也是中国疆域清晰化的重要开端。虽然清朝放弃了贝加尔湖以东、额尔古纳河以西的大片土地，但也成功将外兴安岭以南保住。条约签订后，清朝得以专心对付准噶尔汗国。此后的几十年，清朝军队在蒙古高原、青藏高原以及西域和准噶尔进行了长期的拉锯战，最终将外蒙古、青海、西藏、新疆纳入到了版图之内，清朝面积也随之扩大一倍。
