高甲戏音乐以“泉腔”弦管为主，兼收傀儡戏、梨园戏和民间小调，既有清婉缠绵的音韵，又有激昂刚健的腔调。打击乐多取自京剧的锣鼓经，但丑旦戏仍保留响盏、双铃、小叫的轻快活泼的音响。特色乐器有南琵琶、二弦、南嗳。
“合兴班”的音乐曲牌大量采用南音，同时也吸取闽南民间的锦歌和傀儡调。表演则吸收梨园戏的“七步颠”“舢舨行”“相公爷摸”以及傀儡戏“跑马”等程式。
高甲的音乐调式以商调式为最多，宫、羽调式次之，徵、角调式较少。以五声音阶为基础，调门分洞管、品管两类，洞管以洞箫的管孔命名，有五空四伬调(C调)、倍士调(D调)、四空调(F调)、五空调(G调)；品管以品箫(笛) 的管孔命名，有小工调(E调)、品倍士调(F调)、小工四空调(A调)、小毛弦调(B调)；品管比洞管同一孔位的调高小三度。节拍形式有紧七撩(8/4 拍)、紧三撩(4/4拍)，紧一撩(2/4拍)，紧叠(1/4拍)、慢头( 散板)等。用泉州话演唱，同腔同调，本嗓发声。
高甲音乐结构形式为曲牌体，常用曲牌有[浆水令]、[玉交枝]、[双闺]、[福马郎]、[北调]、[水车]、[大环着]、[胜葫芦]、[望远行]、[金钱花] 等，还有吸收民间小调如[病子歌]、[担水歌]、[长工歌]、[灯红歌]、[五更鼓]、[十步送哥]、[十二生肖]、[守节歌]、[雪梅歌]、[廿四拜歌] 等。
传统乐队6 人，文乐以南嗳(小唢呐) 为主，其次是品箫(笛)、大嗳(大唢呐)、二弦；武乐有鼓、板鼓、大锣、碗锣、大钹、小叫、响盏等，后增设琵琶、洞箫、三弦、短笛、二胡、京胡、瓢弦、月琴、小提琴、大提琴等，乐队也相应扩大至10 余人。
高甲器乐表演时主要由锣鼓经和大、小吹组成。
特色乐器有南琶、南嗳和响盏。
锣鼓经
有通用和专用之分。通用的有[空关]、[大碰场]、[三催紧]、[正滚四大柱] 等；专用的有[三不和战介]、[文四大柱]、[小锣介] 等。配合唱腔、道白和曲牌音乐的鼓点，分别称为曲介、白介、牌介；用大锣鼓演奏的称为大锣鼓介。
大 吹
用大嗳(大唢呐) 主奏，配大锣鼓介，用于各种排场，如[傍妆台]、[文弟子]、[武弟子]、[点绛唇]、[静板] 等。
小 吹
用嗳仔(小唢呐) 或品箫(笛) 主奏，配小锣鼓介，用于各种文戏场面，如[北元宵]、[柳青娘]、[火石榴]、[粉红莲]、[北上小楼]、[小开门] 等。
