如果说建文帝在中央官制改革中尚有些不尽如人意的话，那么他在对地方官制的改革上就相对显得更为稳妥和更受人们赞许。从洪武三十一年六月即登基即位的第二个月开始，建文帝就下令“省并州县，革冗员”，对地方官制实行改革。
据相关资料来看，在建文帝执政的四年当中，大明总共撤销了9个州、39县、73个巡检司、49个河泊所、15个递运所、48个水马驿、109个税课局、41个税课司和一批县级的官吏，如同知、推官、知事、丞簿等，还精简了一些地方上的茶课司、僧会司、僧纲道纪司、道纪司、道正司、道会司、道会所、盐课局、盐课司、批验盐引所和闸关等大批的税务机关，裁去了府州县学训导104个及其他一些官吏。建文帝改革地方官制、精简机构的举措中有个最大的特点，那就是撤销的机构大多与税收有关，整个建文四年仅增设了一个河泊所。
大量地方机构尤其是税务部门的裁撤，大批冗官冗员的淘汰，减轻了广大人民的负担，也有利于社会经济的发展，所以说，从这个意义上来看，建文帝确实是人们所喜爱的“仁慈之君”。对此，后世的史学家朱鹭曾颇有感慨地说道：“然在后世，民残于多牧，禄廉于元员，重以中官出使，道路绎骚，则汰官、省邑二事，固亦有足采者。未可谓建文时政，毕竟非也。”在建文“四年之间，今日省州，明日省县；今日并卫，明日并所；
今日更官制，明日更勋阶；宫门殿门，名题日新。虽以干戈位悠，日不眼给，而曾不少休”。换句话来说，建文帝执政四年，搞了四年的“新政”，而官制改革贯彻于建文朝的始终。理性而言，从整体来看，“建文新政”中的官制改革基本上没有什么可过多指摘之处，更不能说建文君臣迂腐，他们是有建设性的革新人物，应该予以肯定。但有一点要说的是，建文帝推行这项改革的时机不是太好。
“建文新政”开始没多久，他的叔叔朱棣就在北平发动叛乱，在这个非常时刻，建文帝官制改革还在不断进行，这对建文朝自身统治的稳固极为不利。所以我们看到建文帝在后期被朱棣兵围南京城时，派出了齐泰和黄子澄等人外出“讨救兵”——号召各地勤王，可地方上响应者寥寥，建文帝是个好皇帝，出现这样的尴尬局面，这就很能说明问题了。
