随着旧日帝国的覆灭，尼西亚帝国成为了东罗马帝国的中心，尽管在1261年，巴列奥略的米哈伊尔八世光复首都，但这一事件依然标志帝国步入了自己的暮年。领土的缩水，制度的崩坏，经济的崩溃，这一系列磨难都在考验着这个东罗马帝国的最后一个王朝，而曾经闻名于世，踏足整个地中海世界的军团，此刻也在无数历史因素的作用下，变成了某种面目全非的东西。
1.帝国残墟
虽然巴列奥略成功驱逐了拉丁人，实现了帝国的再造，但摆在它面前的一个毋庸置疑的现实是：帝国早已光辉不再。两安德罗尼卡之战和两约翰之战这样频繁且长期的内战不仅消耗了大量资源，将突厥人引狼入室，也让帝国对周遭的变化反应迟钝。
最直观的破坏是领土和人口的缩减。自马其顿王朝和科穆宁王朝以来，虽然帝国不乏一时的中兴，长期来看版图却在不断缩水。东边至关重要的安纳托利亚被突厥人持续蚕食，西边的巴尔干领土也在塞尔维亚人和保加利亚人的紧逼下一点点后退。频繁的战争也对人口造成了致命打击。学者沃伦·特里高德认为拜占庭帝国于12世纪中叶时，全国人口约1000万，而到1281年，只余500万左右。
随领土和人口缩减而来的是必然的经济衰落。在戴克里先统治时期,东罗马帝国的年收入为940万索利多,至马尔西安统治末期,东罗马帝国的年收入为780万索利多,这在当时是相当可观的收入,进入中世纪以后,拜占庭帝国的年收入一直保持较高水准, 842年拜占庭皇帝狄奥斐卢斯为其继任者留下了700万诺米斯玛。从9世纪开始,帝国开始逐渐积累起财富，其富丽堂皇的形象也更加深入人心。10世纪中期，当克雷莫纳的柳特普兰德第一次来到君士坦丁堡时就感慨于壮丽的宫殿以及各种新奇的设施。1025年巴希尔二世去世时国家年收入已经达到 590 万诺米斯玛，其国库已有1400余万诺米斯玛的盈余,这无疑是一段非常富裕的时期。然而在帕列奥列格王朝时期,财政情况急剧恶化,米哈伊尔八世在位时期国家年收入进一步下降。安德罗尼卡二世统治时期拜占庭帝国年收入仅为查士丁尼时期年收入的12.37%,相较于拜占庭鼎盛时期的年收入则更加相去甚远。14世纪后半期皇帝约翰五世寒酸的婚礼更加直接的体现出拜占庭财政的捉襟见肘,根据记载:由于缺少金银制作的高脚杯,皇室成员只能使用粘土烧制而成的酒杯,并且皇帝的服饰和皇冠上也只能用假珠宝来装饰。在经济萎靡的背后，是意大利城邦的崛起和帝国给予意大利商人的一系列特权带来的商业竞争力下降，以及官方货币的迅速贬值，以至于出现了很多帝国地区反而使用意大利金币的窘境。
2.军团变迁
自公元三世纪起，罗马内外纷争不断，原先的公民兵制摇摇欲坠，有限的精锐力量也在内战中进一步损耗。为了应对这一情况，各个罗马军事领袖开始增加对蛮族士兵的招募。戴克里先的军事改革加重了这一倾向，他大大扩编了军团的数量，同时又确立了和一般步兵区分开的精锐野战军地位。在戴克里先之后，罗马愈来愈重视骑兵力量，而方便招募的蛮盟士兵也进一步减少了军团步兵的重要性。步兵们的装备精良程度大大缩水，训练水平也大不如往昔。他们越发依赖大量的轻步兵投射和密集的阵型，军队的主力也完成了向骑兵的转化。在查士丁尼的再征服时期，贝利萨留身边的精锐亲兵几乎全是骑兵。
面对这一情况，不少东罗马皇帝试图进行军事改革，扭转这一局面。客观来说，在希拉克略和莫里斯一世这样武功上颇有建树的皇帝当政期间，东罗马本国的步兵确实得到了振兴。但罗马皇帝对军区豪族的不信任以及频繁的内斗却让东罗马自出昏招，施行了诸如裁减地方边防军，打压乃至废除地方军区之类的举措。曼齐克特战役的失败更让帝国失去了重要兵源地，在那之后，帝国的军事力量更加依赖雇佣兵。自科穆宁王朝起，地方军区越来越偏向于单纯提供税收而非主力士兵，皇帝则使用税收维持近卫军和各类外族佣兵，在这一时期，帝国军队的装备与战术也越来越倾向于外族——无论是西欧人还是突厥人。
晚期的帝国军队主要分为四个部分：中央军、地方军、雇佣军以及附庸军。由于财力和人力的窘迫，此时的中央军人数十分有限。通常为2000-6000人，极少情况下会超过一万人。中央军通常由贵族子弟和外族佣兵组成，由于财政上的问题，皇帝很多时候不得不将中央军驻扎在地方以供给其日常需求。虽然不乏有皇帝试图减少对雇佣兵的依赖，但东罗马频繁的内战使得双方不得不依赖速成而相对可信的外族雇佣军。罗马军队绝大部分由巴尔干的斯拉夫人以及安纳托利亚的突厥人组成，而本土部队则被视作无关痛痒的笑柄。
3.帝国军队
王朝初期，帝国同安纳托利亚的塞尔柱人结好。此时的塞尔柱人早已四分五裂，政令不行，为了防备土库曼小领主的劫掠，帝国花费重金抚慰尼西亚地区的边疆居民，让他们不要离开自己的家园，而是以农兵的形式驻扎，这些人被称为“高地人”（highlanders）。这些高地人对尼西亚国家起着至关重要且相当危险的作用，他们充当了突厥掠夺者和尼西亚帝国山谷之间的缓冲。历史学家帕西墨雷斯写道，皇帝为了维持东部边境，“转向山区，用来自各地的强大定居者来保护他们。”不久之后，面对越来越大的压力，他们“没有让那些住在山上的人（对突厥人）置之不理，这些人没有留下来的动机，如果敌人以某种方式攻击，他们就准备移民....。但他们给所有的人免税，对他们中最杰出的人给予优待，对那些有进取心的人给予诏书。”给予这些人各种好处的政策，包括免税，以及给予少数人特别的普诺尼埃特权（科穆宁时期开始实行的，给予土地和优惠政策换取兵役，效仿西欧军事的政策），旨在促进对边境地区的控制，因为尼西亚皇帝知道，持久的控制就代表边疆的可控，并且还能偶尔进入塞尔柱领土进行掠夺。严格来说，这些人甚至不算士兵，他们只是享有特殊政策的平民，作为地方民兵存在。
这一时期，大批的库曼人也逃离故土，不堪蒙古人的袭击侵扰而向东欧统治者寻求庇护。他们中的很多人去了匈牙利，但也有一批来到帝国进行劫掠。皇帝用外交和金钱攻势安抚他们，让他们为帝国服务。库曼人以两种身份为帝国服务：预备役轻骑兵和常备部队。库曼后备轻骑兵驻扎在小亚细亚。有些人可能生活在帝国的边缘，过着更危险的高地生活，他们可能在安纳托利亚的山丘上和土著居民一样，从事着农业和游牧的混合生活，同样地，他们充当着尼西亚农民和突厥游牧民族之间的缓冲。这些人经常被征召到欧洲参加战役。这些战役中，库曼人往往是定居点被召集起来，然后再回到他们那里。他们的用处在于，作为帝国的居民，他们可以随叫随到，而且由于他们是一个纯朴的、热爱战争的民族，他们以服兵役为条件来维持自己的定居点，所以他们愿意参加战役，而且很少花费国库。然而库曼人同样有士气低落和纪律散漫的问题，在十三世纪末的失败后，这些部队便基本销声匿迹。而另一批作为常备军的库曼人，人数不多，却成功的融入了希腊化，成为了帝国的一部分。
拉丁人也是重要的兵源，他们往往都是雇佣兵，并且参与了多场战斗。相比其他外族佣兵，拉丁士兵的士气更高昂，表现更稳定，这使得他们更被皇帝所依赖。一个代表性的标志是法兰克军督职位的设立，而第一个军督登上了皇帝之位，这使得其更有历史意义。希腊人以“kavallarios”称呼他们，这一词原本是代表骑兵，但在这一时期可能更多代表骑士，以表现拉丁人的特殊地位。皇帝会给予表现突出的拉丁人普罗诺埃特权，一方面作为奖励，另一方面以此抵消现成的军酬。这一转变看似是权宜之计，实际上却改变了拉丁士兵的性质，让他们从雇佣兵变成了某种小军事贵族，或常备佣兵。
米海尔八世收复君士坦丁堡后，便开始着手重建帝国军队。他雇佣了大量本地少数民族，设立了四个军事部门，并开始重建帝国海军。皇帝用土地吸引这些山民和海民为他效忠，同时鼓励失去了拉丁君主的农民们回到君士坦丁堡。米海尔八世致力于收复拉丁帝国失地，同时压制其他东罗马势力，确立自己的正统地位。这些努力有成有失，总的来说，米海尔八世确立了巴列奥略的正统地位，但依然难以根除盘踞在周边的强大威胁。在他主政期间，拉丁士兵的存在感大大降低，很大程度上是有意为之。用当时的评论家的话来说，东罗马人很难信任这些人会在对抗意大利人（乃至其他西欧势力）的战斗中派上多大用场。对应的，库曼人和突厥人士兵的比例大大增加。这一政策也深远影响了后世皇帝。
在拉丁征服之后的一段时间里，直到米海尔八世登基后，突厥人才成为拜占庭军队中的重要组成部分。毫无疑问，尼西亚军队的队伍中有一些突厥人，但他们的人数肯定很少，因为资料中几乎没有提到他们的存在。相反，米海尔八世在位期间，由于他在伊科尼翁（科尼亚）的塞尔柱宫廷流亡的经历，大大增加了参加首都战役的突厥人的数量。1256年，由于担心受到不完全清楚的迫害，米海尔逃到了罗姆塞尔柱苏丹伊兹·丁·凯卡乌斯二世的宫廷。在1257年初回到尼西亚之前，他在苏丹的麾下与蒙古人作战了几个月。他指挥的是谁还不清楚。根据格雷戈拉斯的说法，他领导着苏丹的希腊臣民：“因为在他（苏丹）之下有许多臣民（deoulomenoi）罗马人，他命令将他们分配给帕拉奥洛戈斯将军麾下的一支军队，无论是罗马人还是外国人，他们都穿着本国的装备和武器，以引起蒙古人的恐慌，他们会以为罗马人的联军刚刚到来。”然而，帕西墨雷斯说，米海尔带着许多亲密的伙伴来到伊科尼翁，他“与那些在帝国旗帜下的人作战”。米海尔本人，在他后来创立的一所修道院的章程的自传体段落中，声称他指挥“波斯人”，也就是突厥人。
米海尔八世不信任安纳托利亚边境地带的“高地人”，因为这里曾经爆发过拥立前朝皇室的叛乱（即使大概率是虚假身份），他决心加强对此地的控制，取消了本地人的税收和土地特权，并且强令他们入伍作为正规编制的士兵，以薪酬而非土地支付军饷。根据当时学者的说法，改革的后果是“灾难性的”。许多士兵逃到山上流落成寇，他们在那里聚众劫掠过往居民或袭击轴重队。还有很多人直接朝突厥人叛逃或投降。剩下的帝国士兵也深受欠饷之苦，帝国东部的边境受蚕食在此埋下伏笔。客观来说，米海尔八世此举并非盲目愚蠢，他实现了自己控制东部维持稳定的目的，使得他得以按照自己的战役规划，将更多的精力投入到西部战线上，但正如无数统治者的重大决策那样，世间从无完美。
米海尔八世为继业者留下了一个千疮百孔的帝国：它四面皆敌，防线空虚，财政赤字严重，又有着严苛到难以忍受的税收。安德罗尼科斯二世试图阻拦突厥人的渗透，但数次战役皆以失败告终。由于财政上的愈发窘迫，他不得不将米海尔八世重建的军队大大缩水，舰队也被裁撤。他吸纳了克里特土民和逃亡的阿兰人进入军队，试图改善东部边境士兵的待遇。但显然，这需要一次土地改革，而本地的贵族，神职人员乃至普罗诺埃士兵们都对此极为不满。叛乱和阴谋让改革难以推行，士兵们甚至想要自己拥立一位爱护士兵的军官作为凯撒，这位凯撒最终被受贿的小队士兵暗杀，军队被重整，但情况依然毫无好转的迹象。1303年，面对突厥人在安纳托利亚日益增长的进攻，安德洛尼科斯考虑在小亚细亚进行最后一次改革。形势要求采取激烈的行动：“由于这些情况，似乎有必要采取剩下的一项措施：从君主手中夺走给修道院，教堂和帝国贵胄的普罗诺埃土地，并将所有东西——甚至包括附属于单个僧侣牢房的土地——分配给士兵，这样他们就会留下来保卫自己。”安德洛尼科斯要么是想把所有这些财产作为土地赠予士兵，要么是计划将普罗诺埃进行转封，让原来的土地持有者变成普罗诺埃士兵。这两种情况都有可能产生更多的士兵，使他们有更好的理由留下来战斗，尽管本地人并不反对这个计划，但帕西墨雷斯指出，由于安纳托利亚行政管理的崩溃和人口的外逃，这个计划从未实现过。
为了弥补这种情况，他向西方求援。1302年，阿拉贡-西西里国王腓特烈二世刚刚结束战争，加泰罗尼亚佣兵正在寻找新的工作。他们的领袖罗杰·德·弗洛尔曾经是十字军圣殿骑士团的成员，后来被驱逐出境，他曾经是一名海盗，他联系了安德洛尼科斯二世，并为他的军队提供服务。经过谈判，安德洛尼科斯急切地同意提前支付他们四个月的工资，工资是正常雇佣兵工资的两倍，并给罗杰本人提供了贵族头衔，让他娶了皇帝的侄女为妻。1303年9月，佣兵团到达君士坦丁堡，一支由加泰罗尼亚人、阿拉贡人、卡拉布里亚人和西西里人组成的军队，大约有6500人，这还不包括水手、士兵的妻子、情妇和孩子。由于文化，宗教的不相容，以及性情的暴躁和军纪涣散，这支佣兵团深受同僚以及市民厌恶。他们也多次和其他士兵产生口角乃至发生火并。佣兵们的优厚待遇也让其他士兵感到不满，阿兰人因为他们眼里皇帝的不公处置感到十分恼火，许多人离开了帝国。
1304年春季，皇帝命令加泰罗尼亚佣兵团发动了迅猛的攻势。他们确实战果显赫，收复了安纳托利亚西部的诸多大城市。但由于人数有限无力驻扎，这些战果并没有维持太久，反而，他们的劫掠和勒索导致本地希腊人和他们的关系更加恶化。他们甚至对不允许他们“取用”战利品的帝国城市发动了围攻，直到皇帝将他们召回，并承诺增加薪酬。
加泰罗尼亚佣兵团驻扎在加里波利，皇帝答应补发欠薪，并额外追加薪酬，双方的态度似乎有所缓和。但很快情况就改变了，佣兵团领袖罗杰去拜访米海尔九世的帝国军营，而和他们素有仇怨的阿兰人就在这支军队里。阿兰人的领袖谋杀了罗杰，骚乱发生，佣兵们发誓报复。
1305年7月，佣兵团在色雷斯的一座小镇大败帝国军队。时人记载佣兵团不到2500名骑兵，其中只有十分之一是职业军人，而帝国有14000骑兵和众多步兵，结果却出乎预料。左翼阿兰人的溃败有极大的影响，这些阿兰人四散到色雷斯，想要带上自己的妻女逃到保加利亚，却被加泰罗尼亚人追上，大多都被杀死。这些加泰罗尼亚佣兵意识到自己不可能盘踞在帝国的中心太久，于是他们迁向伯罗奔尼撒。他们接受了雅典和底比斯的统治者沃尔特公爵的雇佣，最终又背叛了他，击败了他麾下的骑士军队，占领了雅典。而跟随他们的突厥人则四散劫掠，并再度击败帝国军队，若不是塞尔维亚人的协助，帝国还要遭受更大的损失才能镇压他们。
（崛起的奥斯曼人军队）
再征服的失败标志着帝国进入漫长的寒冬。不久之后，米海尔九世去世，帝国陷入了漫长的内战。在此期间，奥斯曼人在安纳托利亚崛起，而迟暮的帝国对此彷然未觉。直到莱佩尼卡的战场上扬起奥斯曼人的旗帜，帝国被迫向新的霸主缴税纳贡，人们方才察知，荣耀已成过往。
结语
总得来说，晚期的帝国军队由于训练缺失，兵源的复杂，已然难以实行某种需要高度协调的战术。而雇佣兵的习性以及帝国财政的窘迫则使得帝国军队指挥混乱且士气低落。也因如此，帝国军队更偏向小规模的袭扰和防守，尽量不进行正面的大规模战斗。而如何将这么一支多个民族混杂的部队指挥妥当，也很大程度上依赖于雇佣兵兵源的素质和指挥官的个人魅力。因此，一位平庸的指挥官即使占据字面上的人数优势，也难以发挥出其效果，而漫长的内战更是耗尽了帝国的资源，最终皇帝也只能目睹那新月旗帜的审判降临。
