淮军收复嘉定后，太平军常熟守将钱桂仁、骆国忠与诈降天朝的长洲团练头目徐佩瑗相互串通、勾结，图谋反叛降清。嘉定、青浦被淮军攻占后，钱桂仁、骆国忠等认为时机已到，遂于同治元年（1862）十一月底袭杀忠于天朝的近千两广老战士，献城投降。常熟北倚长江，南邻苏州，东接太仓，骆国忠等人的叛降，不仅使太仓处于被清军东西夹击的形势，且严重威胁太平军苏南根据地首府苏州（李秀成创建苏福省省会） 的安全。
苏南太平军得知常熟有变， 迅速调兵前去围攻叛军。李鸿章一面遣黄翼升率淮扬水师由长江水路赴援常熟，先以外籍雇佣兵“常胜军”前往，后又派淮军大将刘铭传率数千将士增援；一面命总兵程学启带7000人马 ，会同2000雇佣军攻打太仓。
同治元年十二月至同治二年（1863）正月，双方在常熟、太仓两地展开激战。进攻太仓的华尔“常胜军”被太平军击溃，死伤300余人，残部狼狈逃回松江；在常熟交战中，太平军也略占上风，击退淮军后夺回福山（今常熟市海虞镇福山村）。（铁马冰河wu作品）随后，华尔在宁波慈溪之战中伤重毙命。二月，新任常胜军统领戈登率两千新招募的华勇驰援常熟，其中有200名炮兵，以重炮猛轰围城太平军 。慕王谭绍光见敌军火力凶猛，其援军又源源不断开至， 遂撤围退守苏州。
三月，淮军、常胜军再攻太仓，先调数十尊大炮猛轰4个多时辰，太仓城墙被轰塌数处，旋即出动步兵向被被炸塌的城墙缺口缺口轮番冲锋。这样反复冲杀3次，这次以较大的代价击溃守军，攻下太仓城。4月，又以同样的战术攻占昆山。这样，苏州以北、以东的门户相继被清军攻破，这两个方向就完全暴露在中外联军的炮口下。
为了一举攻克李秀成的老巢苏州城，李鸿章调兵遣将，已增兵至4万余人，旋兵分四路，从几个方向进击：程学启部主攻苏州；李鸿章、刘铭传率淮军主力以及黄翼升的淮扬水师进窥江阴、无锡；潘鼎新、周盛波等等分守金山卫等处，以为后援；戈登所率的常胜军则作为补充力量随时应援前三路。
4月，刘铭传部率先攻占江阴、常熟之间的要塞杨舍，并以8月一举攻破江阴，并趁势进围无锡，使无锡、扬州的太平军自顾不暇，不敢也无力大举进援苏州。程学启与戈登的常胜军合兵于6月先攻取苏州南面的屏障吴江及其附近村镇太平军构筑的营垒、军堡。为牵制嘉兴太平军反扑吴江，驻防后路的潘鼎新等部也缓慢前移，突然袭夺嘉善的门户西塘。
南路淮军获胜后，程学启立即挥兵进占苏州娄门外的跨塘等要地。8月中旬，程学启、戈登与新近来援的湘军李朝斌太湖水师合力击退李秀成亲自指挥的大反攻，并乘胜攻克号称“水陆要枢，苏垣锁匙”的宝带桥。当年9、10两月，程学启和戈登雇佣军又先后攻破了苏州外围重地蠡口、黄埭、浒墅关，并连日发起猛攻 ，用大炮轰塌娄门、齐门、葑门、盘门外长墙十余里，摧毁军堡十余座。
在这种危殆情势下，守城太平军人心惶惶，部分将领意志崩溃，思想动摇，以郜永宽、汪安钧、伍贵文为首的8位守城将领，更是频频暗中出城向程学启、戈登乞降。
李秀成察觉到军心不稳，城中暗流汹涌，却不采取提防措施，声称天京孝陵卫被湘军攻陷，自己引军西去救急，遂擅自离去。郜永宽等原本敬畏忠王，还不敢有所行动，今见他率亲信出走，遂肆无忌惮，开始密谋反叛。
10月24日，汪安钧在一次军事会议上将毫无防备的慕王谭绍光刺死。次日，程学启、戈登率军顺利进入苏州城。一日后，程学启憎厌郜永宽等人索价太高，撺掇李鸿章摆下鸿门宴 ，将8个太平军叛徒全部擒杀。程学启随后率部大开杀戒，将8个叛将的部下围杀殆尽。
占领苏州后不到10天，淮军又攻下了无锡。至此，江苏南部只余常州、镇江以及江宁三府部分地区仍被太平军占据 ，其余州县全被清军攻陷。
