平阴县的山林间，一座古寺静静矗立，寺中香烟袅袅，钟声悠扬。刘生和他的哥哥以及朋友王生，一同在这座寺庙里读书，他们渴望在这清幽之地，通过刻苦学习，考取功名，实现自己的抱负。
然而，命运却在不经意间给刘生开了一个残酷的玩笑。刘生不幸患上了时症，这是一种当时流行的可怕疾病，许多人都因此失去了生命。刘生在病痛的折磨下，精神恍惚，整个人仿佛被抽去了灵魂。一天，在意识模糊之际，刘生不知不觉中走到了一个地方。
那里围墙连绵不断，仿佛没有尽头。一座半开的月门出现在他眼前，门上写着“别有洞天”四个大字。刘生仿佛被一股神秘的力量吸引，径直走了进去。里面的房间曲折幽深，布局奇特，与凡间的建筑截然不同。刘生好奇地四处张望，心中充满了疑惑。
这时，一位披发女郎走了过来。她身姿婀娜，姿态优美，宛如仙子下凡。女郎看到刘生后，脸上泛起一抹红晕，显得有些害羞，她急忙掩门而入。刘生望着女郎离去的背影，心神荡漾，无法自拔。他的目光一直停留在那扇紧闭的门上，仿佛被施了定身咒一般。
就在刘生徘徊之际，一位老翁走了出来。老翁面容和蔼，眼神中透露出一丝神秘。他看到刘生，便问道：“年轻人，你为何会在这里站立？”刘生回过神来，回答说自己在附近的寺庙读书，看到这座华美的房屋，便不由自主地走了进来，流连忘返。刘生好奇地询问老翁的姓氏，老翁回答说姓“子”。刘生听后，心中有些疑惑，老翁似乎看出了他的心思，解释说自己是商王的后裔。
老翁热情地邀请刘生进屋，对他颇为恭敬。随后，老翁端上了食物，食物烹饪得十分精致洁净，散发着诱人的香气。刘生吃着美味的食物，心中对老翁的好感倍增。到了傍晚，天色渐暗，老翁留刘生住宿。刘生没有推辞，在这陌生而又新奇的地方住了下来。
第二天，一位客人来访。经过询问，得知是老翁的近邻。他们坐谈了一会儿，客人突然说：“老翁有一个心爱的女儿，听说刘生还未娶妻，我看你们二人十分般配，不如缔结婚姻，成就一段佳话。”刘生听后，大喜过望，他想起昨天见到的那位披发女郎，心中充满了期待。当晚，刘生就与新娘完婚。新娘美丽如仙，她的侍女就是之前那位披发女郎。婚后，他们的生活十分和睦，刘生沉浸在幸福之中，仿佛忘记了自己原本的生活。
有一次，刘生与老翁闲步，走出一扇洞门，却发现这不是之前进来的路径。门外是高山峻岭，峰峦叠嶂，仿佛与人世隔绝。老翁请刘生为洞门题字，刘生略作思索，挥笔写下了“古桃源”三个字。这时，他们忽然听到了诵经声，那熟悉的声音让刘生恍然大悟：“这里与山寺原来只隔咫尺之遥。我所读的书都亲手涂改过，那些都是我的心血所在，何不回去取来？”老翁听后，脸色变得黯然神伤，他缓缓地说：“你一旦离开，恐怕就再也回不来了。”
刘生惊讶地询问原因，老翁说：“这里将要发生天变，我打算选择其他地方迁居。”刘生说：“我只是回去片刻，难道不能等待吗？”老翁笑着说：“我只是开个玩笑而已！”
于是，刘生攀着藤萝越过山岭而出。一出山岭，他就看到了寺庙的后园。他看到哥哥正皱着眉头站在园中，仿佛在寻找着什么。刘生走上前去呼唤哥哥，哥哥却没有回应，径直走开。刘生心中疑惑，急忙拉住哥哥的衣袖，随他来到卧榻旁。这时，刘生突然感到一阵眩晕，等他再次清醒过来，发现自己正躺在卧榻上，哥哥和王生正焦急地看着他。
刘生于是详细讲述了之前的事情。王生听后，笑着说：“那只是墙壁间的鼠穴而已！我之前戏题的四个字还在呢。”他们验证了一下，果然如此。于是他们明白，在十二时辰中，“子”属鼠，这里无疑是一个鼠怪作祟的地方。刘生的哥哥担心他再次着魔，催促他回家。刘生病了一个多月才痊愈。他再次前往山寺时，发现那座房屋已经被大雨冲毁。他们沿着墙壁的痕迹寻找，果然发现了一个空穴，但老鼠已经迁徙无踪。他们穷尽曲折之路，直通后园的湖山石孔。石孔上有字，如豆大，勉强可以辨认，正是刘生之前所写的“古桃源”三个字。这段奇特的经历，让刘生对世间的奇妙和未知有了更深的认识，也成为了他心中一段难以忘怀的回忆。
