康熙二十一年（1682年）正月，持续了八年的三藩之乱刚刚平息，明珠就迫不及待地向康熙帝上了一道奏折，弹劾靖南王耿精忠，说“耿精忠负恩谋反，罪过大于尚之信”。
靖南王耿精忠康熙帝当即下令，将耿精忠及其亲信白显忠、徐文耀、王世瑜等人凌迟处死。至此，参与三藩之乱的三位藩王都死掉了，而耿精忠则创造了一个记录，成为清朝唯一被凌迟处死的藩王。大家对凌迟处死应该很熟悉，这是一个非常残酷的刑法，犯人身上的肉被一刀刀割掉，以一种缓慢而痛苦的方式死去。耿精忠好歹是个王爷，而且娶了康熙帝的堂姐为妻，是皇亲国戚，康熙帝却一点面子都不给，连个全尸都没给他留下。只能说，不怪康熙帝残忍，只怪耿精忠太作，结果把自己给作死了。耿精忠之所以能成为三藩之一，还要从他的祖父耿仲明说起。毛文龙驻守皮岛的时候，收了很多养子养孙，耿仲明、尚可喜和孔有德恰在其中，是他的孙辈。崇祯二年（1629年），袁崇焕杀毛文龙，引起了将士们的不满，许多人都逃往他处，耿仲明和孔有德则投奔了山东登莱巡抚孙元化。在孙元化处，耿仲明和孔有德的处境并不好，与总兵黄龙关系不睦，加之局势混乱，最终二人被迫反叛明朝，占据登州与明军对抗。为了收复登州，崇祯帝派遣大军围剿，耿仲明和孔有德抵抗一年有余，终归不支，于是率部投降了后金。由于耿仲明和孔有德带去了后金急需的船舰、红夷大炮和工匠，所以皇太极非常重视二人，授予了二人很高的官职。
1636年，皇太极登基称帝，改国号为大清，对汉人实施拉拢政策，为了树立典型，他将耿仲明封为怀顺王，孔有德封为恭顺王，另一位稍晚投降后金的尚可喜，则被封为智顺王。因为这三位汉人藩王的封号中都有顺字，故被称之为三顺王，此三人为大清南征北战，是清朝入关的大功臣。而在清朝入关的时候，在山海关投降多尔衮的吴三桂，也被清廷封为平西王，清初异姓王的数量增加到四个。清朝入关后，为了统一全国，清朝下令吴三桂进军云贵川，同时改封孔有德为定南王，令其出征广西；改封耿仲明为靖南王、尚可喜为平南王，令二人出征广东。在出征广东途中，耿仲明很倒霉，他的部下私自藏匿逃人，结果有人上书弹劾他，说论罪应该被杀头。所谓逃人，就是不堪压迫，从八旗逃走的奴隶，私自藏匿逃人，在清朝是很重的罪。多尔衮执法严明，于是派人调查耿仲明藏匿了多少逃人，结果查出了三百人，耿仲明连忙上书请罪。就如何处理耿仲明，多尔衮召开了一次会议，会议的结果是耿仲明不是主谋，不用杀头，只用削去爵位即可。多尔衮认为这并不是什么大事，况且朝廷正值用人之际，应该宽大处理，爵位也不用削了，罚点钱就可以了。很快，多尔衮就将处罚耿仲明的诏书发了出去，但还没等诏书抵达，耿仲明自以为必死无疑，又觉得自己是“二进宫”（早年曾投降后金，后来回归明朝），迟早会被清算，为了不连累家人，最终选择了自杀。
多尔衮得知后，感到痛心疾首，但认为耿仲明不是令终，做出了“不予赐祭，亦不允袭爵”的处罚。直到顺治帝亲政，耿仲明之子耿继茂这才承袭爵位，当时孔有德已经战死，因其没有儿子，所以爵位被废除，清初四藩就此变成三藩。事实上，清朝对耿家还是不错的，耿仲明死的时候，耿继茂虽然没有袭爵，但得以继续统帅耿仲明的部队，后来因为平定广东有功，顺治帝就顺势让其承袭靖南王爵位。耿继茂袭爵之后，为了向朝廷表达忠心，于是一面拼命为清朝冲锋陷阵，一面将三个儿子耿精忠、耿昭忠、耿聚忠送到北京当人质。与耿继茂做法相同的还有吴三桂和尚可喜，他们都送儿子到北京当人质了，这是因为他们很清楚的知道，清朝并不真的信任他们。当然了，当时清朝还未平定全国，需要三藩为自己效力，于是极尽拉拢之策，将公主嫁给三藩的儿孙们，又让皇子娶三藩之女为妻。在这种背景下，耿精忠于1655年娶了顺治帝的大哥豪格之女为妻，还被封为一等子爵。1660年，鉴于台湾郑氏屡屡侵犯福建，为了保护福建安全，顺治帝下令耿继茂移镇福建。至此，三藩各自的势力范围正式形成，其他两藩中，吴三桂坐镇云南，兼辖贵州，尚可喜则继续坐镇广东。
耿继茂刚到福建的时候，就开始大规模圈地修建王府，他征调数千名工匠日夜赶工，用最好的木料和石材，最终修建了一座豪华府邸，被称之为耿王庄，他还在王府中豢养了很多珍稀野兽，比如从印度进口的大象。为了修建王府，耿继茂低价从百姓那里收购土地，导致许多百姓流离失所，甚至有人因为反抗而被活活打死。1671年，耿继茂去世，耿精忠承袭爵位，成为第三代靖南王，他的两个弟弟则继续留在京城当人质。耿精忠是个什么样的人？跟爷爷耿仲明一样，耿精忠既不忠于明朝，也不真心臣服清朝，他看重的只是自身利益，他继位之后马上开始在福建横征暴敛，聚敛钱财，还向百姓摊派沉重的徭役，百姓苦不堪言。不过，耿精忠这个人没有大智慧，目光短浅，重小利而无远谋，野心却极大，早在他还在北京当人质的时候，就因为轻信“天子分身火耳”之言（火耳即为耿），而产生了当天子的想法。耿精忠袭爵之时，康熙帝已经产生了削藩的想法，因为南明已经平定，三藩的作用被削弱，却继续当土皇帝，而且每年都向朝廷要钱，朝廷一半以上的财政收入都要交给三藩。
实际上，三藩都富得流油，他们不但垄断了各自封地的税赋，不用上交给朝廷一分钱，而且拥有许多特权，比如举荐官员，西南地区的地方官，尤其是武将，几乎都是三藩的部下。更要命的是，三藩除了纸面上的兵力之外，都暗中招纳了投降的南明将士，他们的兵力加起来有好几十万，显然是暗藏造反之心。康熙帝见三藩盘踞数省，俨然已经成为独立王国，还不断勒索朝廷，压榨百姓，美其名曰防范南明残部和各地土司，其实就是在玩养寇自重的把戏。因此，康熙帝认为撤藩是必须要进行的，要不然清朝的安全得不到保障，那就更不要提发展了。三藩又何尝不知道自身处境，但各自做法却不相同，吴三桂和耿精忠的想法一样，那就是积极发展自身实力，随时准备造反。只有尚可喜是真心效忠清朝的，他觉得自己在广东捞够了钱，足够养老了，于是在1673年主动上书归老辽东，留长子尚可喜继续镇守广东。以此作为契机，康熙帝决定开始撤藩，因为三藩“撤亦反，不撤亦反，不如先发制人”。于是，康熙帝同意尚可喜退养辽东，同时以广东无战事为由，拒绝尚之信留守广东，让其率全族前往海城，所部则继续留在广东，由广东提督代管。吴三桂和耿精忠得知此事后如坐针毡，于是也主动上书请求撤藩，意在试探朝廷。
对于此事，清廷展开了激烈讨论，以索额图为首的绝大多数人都反对撤藩，只有以康熙帝和明珠为首的少数人支持撤藩。为何这么多人反对撤藩？因为他们知道一旦撤藩，三藩必反，朝廷不一定打得过，万一打输了，自己的荣华富贵就将化为泡影。但是，康熙帝坚持撤藩，只不过他预估不足，认为三藩在京城都派了人质，不会那么快造反，他还有运作的时间。于是，康熙帝就下了道诏书，同意吴三桂和耿精忠的请求，同时下令三藩都撤到关外驻守。尚可喜当然是无所谓的，但他的儿子尚之信，还有吴三桂、耿精忠，就都坐不住了。先说尚之信，广东是对外通商口岸，是个富得流油的地方，尚可喜刚到广东的时候，就垄断了广东的贸易大权，每年收入数百万两白银，再加上税收和其他收入，年入千万两以上。尚可喜的部下跟着他打了几十年仗，现在好不容易可以富贵无忧了，却要回到关外吃土，所以都反对撤藩，以尚之信最为激烈。吴三桂和耿精忠的想法类似，除了考虑经济因素之外，对权力的追求，也是他们不愿意被撤藩的重要原因之一，他们还担心一旦被撤藩，自己将由清朝摆布，可能连活下来都难。于是，吴三桂第一个站出来造反，很快就占领了湖南，朝廷军被打了个措手不及，根本不是他的对手。
吴三桂家大业大，是清朝的头号目标，他能选的路只有造反这一条，但耿精忠就不一样了，他并不是必反不可的，至少不需要马上跟着造反。这一点，耿精忠的母亲周氏是有认识的，他告诉耿精忠，现在吴三桂造反了，你要是跟着造反，倘若吴三桂取胜，必不容你，即便容你，你也不过继续当藩王，又何必跟着造反呢？周氏还说，现在最好的做法就是静观其变，保存自身实力，谁有利就效忠谁，这样才能立于不败之地，甚至能实现利益最大化。还别说，周氏虽然是一介女流，见识却一点不差，但耿精忠却一句都没听进去，很快就在福建起兵响应吴三桂。跟耿精忠一个德行的，还有孔有德的女婿孙延龄以及尚之信，他们都先后起兵响应了吴三桂。1674年3月，耿精忠派兵包围福建总督府，拘禁总督范承谟（范文程之子）及幕僚五十余人，然后四处拉拢党羽，以反清复明为口号收买人心。不久，耿精忠自称总统兵马大将军，分三路大军进攻江西、浙江等地，同时派人联系台湾郑经作为后援，一时声势大振。得知耿精忠在广东造反，身在北京的耿昭忠、耿聚忠都快吓尿了，于是赶紧上书请罪，痛斥耿精忠的无耻行径。康熙帝为了大局着想，让二人不要恐慌，安心在家待命，不要到处跑（其实就是变相软禁），同时派人安抚耿精忠，只要他停止造反并驱逐郑经，可以继续在广东为王。
相比较而言，康熙帝对吴三桂就没那么客气了，吴三桂刚造反的时候，他就杀掉了吴三桂的大儿子吴应熊及世子吴世琳。这件事也从侧面说明，耿精忠确实不是必反不可，至少不应该那么早造反，他在吴三桂和康熙帝看来，都是值得拉拢的对象，他完全可以待价而沽，随势而动。康熙帝招抚耿精忠的时候，耿精忠已经攻陷浙江、江西多地，军队人数也发展了十几万人，声势十分浩大，他的野心也极度膨胀，所以对康熙帝不予理睬。康熙帝也不含糊，任命康亲王杰书为大将，率军奔赴浙江与耿精忠作战，九月抵达金华。不久，耿精忠占领温州等地，又派遣麾下大将徐尚朝率军五万攻打金华，书杰则派遣都统巴雅尔迎战，一战就击败耿军，耿军损失二万余人。耿精忠不甘心，又让徐尚朝率军五万攻打金华，结果依然战败，再次损失二万余人。之后，在书杰的指挥下，清军在浙江多次击败耿精忠，耿精忠被迫往福建方向撤退，却不料后院起火，郑经竟然出兵跟他抢占地盘。当初，耿精忠请郑经出兵福建，是因为郑经比吴三桂离自己近，可以支援自己。作为条件，耿精忠答应将自己在福建沿海的战船以及泉州、漳州两地送给郑经。
但是，与郑经结盟之后没多久，耿精忠的兵力和地盘迅速扩充，郑经那点兵力已经起不到太大作用了，于是对郑经产生轻视和敌意，非但不履行诺言，还下令开启海禁，试图逼迫郑经回到台湾去。郑经也有自己的小算盘，他打算借着三藩之乱捞一把，却被耿精忠给忽悠了，于是怒而率军攻打福建沿海，重点对金门、泉州和漳州等地发起进攻，很快就占领了这些地方，继而又向福建腹地进发。耿精忠怒不可遏，于是一面对抗清军，一面与郑经死磕，吴三桂得知消息感到很无语，便派人去调解，双方虽然握手言和，重新划分了地盘，但梁子已经结下，很难再继续合作了。没过多久，郑经就因为不满足而再次攻打福建各地，耿精忠气得直咬牙，于是将主力从浙江撤回福建，打算跟郑经大干一场。趁这个机会，书杰发兵全力攻打耿精忠，收复了浙江全景，并于1676年8月破仙霞关，进入到福建境内。当时，耿精忠与郑经相互攻伐不断，损失了不少地盘，再加上军队缺少粮食，军心动摇，所以战斗力大大减弱。很快，书杰就攻下了建宁、延平二府，耿精忠有被清军和郑军合围的风险，大势已去，已经无力挽回了。
为了尽快平定福建，从而腾出兵力对付吴三桂，康熙帝下令书杰“以时事晓谕耿精忠早降”，书杰不敢怠慢，于是写信给耿精忠，说只要耿精忠投降，可以继续保留王爵，清军还可以配合他一起攻打郑经。耿精忠见信后，干了两件事，首先他交出总统将军印，并杀掉了范承谟，因为范承谟知道太多对他不利的秘密了，必须让其永远住口；其次，耿精忠让人秘密准备战船，准备坐船逃往他处，他认为只要自己保住了兵力，就有跟吴三桂和康熙帝讨价还价的资本。然而，耿精忠还是没能逃走，因为他的亲信大将徐文焕已经暗投清军，徐文焕掌握重兵，用欺骗的手段诓住他，使他无法出城。无奈之下，耿精忠只得袒身露体，率文武百官出城投降，康熙帝言而有信，让其保留了靖南王爵位，率部与郑经作战。耿精忠没得选，为了赎罪，他率部拼命攻打郑经，最终击败了郑经，郑经最终灰溜溜离开福建，返回台湾去了。这还没完，耿精忠又发兵攻打广东，多次击败尚之信大军，还占领了潮州，不久穷途末路的尚之信也投降了清朝。到这个时候，三藩之乱的形势就发生了逆转，除了耿精忠、尚之信之外，王辅臣等众多将领也投降了清朝，吴三桂陷入到孤军奋战的境地。
种种迹象表明，吴三桂失败是迟早的事情，但前提是耿精忠、尚之信等人不再反复，一旦二人再次反叛，那战事将持续更久。然而，就在这个时候，耿精忠的部下，以及他的两个弟弟耿昭忠、耿聚忠，却向朝廷告发他“降清后尚蓄逆谋之心”，引起了康熙帝的警觉。耿精忠起兵之后，对于闽浙战场，康熙帝最初制定的战略是“郑经宜用抚，耿精忠宜用剿或用间”，即不主张招抚，而是剿灭。为何如此？因为康熙帝很清楚耿精忠的为人，既然无法争取，为了断掉吴三桂羽翼，只能坚决铲除。只不过，随着战事的进行，形势发生了巨大变化，康熙帝为了团结一切力量对付吴三桂，这才在耿精忠战败之时对其进行招抚，目的是让其为己所用。康熙帝及时改变策略，起到了很好的效果，但这不代表他信任耿精忠，当耿精忠的部下告发其谋反后，康熙帝就产生了杀心，只不过当时三藩之乱未平，时机还不成熟。那么，耿精忠的部下和弟弟为何要告发他有谋反之心呢？耿精忠不傻，当然不会在这个时候选择谋反，他的部下和弟弟之所以要诬告他谋反，也只是为了将功赎罪罢了，因为只有这样，才能证明当初响应吴三桂造反，是耿精忠一意孤行的，自己只是被迫的。
为了稳住耿精忠，康熙帝将众多弹劾奏折留中不发，还派人对耿精忠进行安抚，耿精忠则完全不知道发生了什么，还卖力进攻叛军。一直到1680年，三藩之乱进入尾声，只差攻入昆明消灭最后的残军，就能取得最终胜利了，康熙帝这才着手对付耿精忠。当时，康熙帝一点都不客气，直接下诏说耿精忠心存异志，要耿精忠入朝觐见，说明情况。耿精忠这才反应过来，自己投降清朝，其实就是被清朝当枪使，最终还是要遭受清算的，就很后悔不听母亲的劝谏。现如今，叛军几乎被剿灭，自己就是砧板上的鱼肉，与其抗争，不如积极表现，或可保全性命。于是，耿精忠没有反抗，遵旨入京，结果康熙帝根本不留情，以“负恩谋反罪”革去其王爵，交给司法部门继续审理。当然了，杀耿精忠很容易，但耿精忠还有许多部下在福建等地，为了免生事端，康熙帝做了周密的安排。康熙帝派人到福州接管了耿精忠的部下，这些人在耿精忠入京后都心神不宁，生怕自己被牵连进谋反案，结果康熙帝派人告诉他们，除了耿精忠等首要人员之外，其余人一概不问，这些人便高兴地接受朝廷的安排。在做完这件事之后，康熙帝开始给耿精忠定罪，结果群臣都说应该凌迟处死，康熙帝却不同意，这是为了保险起见，他打算等到三藩之乱彻底平定再说。
一直到1682年，耿精忠的部下全部被收编，他由此成为孤家寡人，罪名也盖棺定论，舆论也一边倒要杀他之后，康熙帝这才批准明珠的奏折，将其凌迟处死。耿精忠死后，范承谟的儿子范时崇为了报仇，还割下他的肉作为贡品以祭奠父亲。对于耿精忠的家属和两个弟弟，康熙帝则予以优待，并让他们负责安抚福建各地，雍正时期设立的汉军八大家，包括尚可喜家族、耿仲明家族等在内，唯独没有吴三桂家族。耿精忠不听母亲周氏之言，造反后又无法团结盟友，他的死亡，其实是他自己一步步做出来的，怪不得别人。（来源：围炉煮酒话春秋）
