日本御前会议决定发动太平洋战争后，大本营便着手制定对美、英、荷的战争指导计划，到1941年10月制定出了《对英美荷战争指导纲要》，主要内容包括战争目的、指导方针、攻占范围、占领地处理纲要以及经济战、外交战、思想战指导纲要等。12月，日军大本营又制定了《关于促进结束对美、英、荷、蒋战争的草案》，该草案后来在大本营一政府联席会议上通过。草案规定，日本应对英美等国实行闪击战，摧毁西方国家在东亚及西库太平洋地区的统治，确立战略优势；同时确保重要资源地和主要交通线，形成长期自给自足的态势，以一切方法引诱并歼灭美国在太平洋的海军主力。

日本攻占东南亚是以夺取橡胶、石油、锡矿等战略资源和保障海上交通线安全为主要目标。为达成此目标，日本把第一阶段作战目标定为缅甸、马来亚、荷属东印度群岛、婆罗洲、菲律宾、关岛、威克岛、新几内亚、香港等地。其中菲律宾和马来亚是两个主要方向。日本海军主张从菲律宾向西转南方的进攻路线，陆军则倾向从马来亚向东进攻。经过协调，日本最后决定同时对菲律宾和马来亚两个方向展开袭击，再合攻爪哇方向。

日本海军本来在1940年制定的计划是在第一阶段迅速歼灭东南亚盟军海军力量夺取制海权；协同陆军攻占菲律宾和法属印支、关岛，酌情夺取婆罗洲、马来亚和新加坡，尽力削弱美国海军力量。第二阶段联合舰队主力在东洋海区歼灭英美舰队主力。很明显这个计划是要在第一阶段占领南方要地，第二阶段歼灭英美舰队，但在敌人主力舰队尚存的情况下，日本海军输送陆军是很危险的。后来，日军大本营采取了山本五十六的在开战之初首先袭击珍珠港以摧毁美太平洋舰队的计划。

同1940年的计划相比，最终作战计划主要有两点修改：一是采纳了山本袭击珍珠港的计划；二是综合陆军先取新加坡、海军先夺菲律宾的方案，决定同时进攻菲律宾和马来半岛。