明朝恢复了汉人统治，朱元璋一方面承袭了宋代的专政以及帝王对文官制度的威势，另一方面也延续了蒙元无视制度的暴政。
朱元璋删除了儒家经典中质疑君权的内容，如《孟子》中“君之视臣如土芥，则臣视君如寇雠”“君有大过则谏；反覆之而不听， 则易位”“闻诛一夫纣矣，未闻弑君也”等几十条，甚至此前曾将孟子移出孔庙。
朱元璋设立的特务组织锦衣卫以及之后的东厂、 西厂（合称“厂卫”），取代了蒙元的千户来管束、监察全国，东厂、 西厂由宫中的亲信太监担任首领，只对皇帝负责。 明末以无锡的东林书院为中心，以江南士大夫为主的东林党兴起。
东林党人讨论自己在宇宙之间，在国家、民族、社会之间，应如何发挥人格的良心，如何保持自身的独立，如何对抗各方的威权，如何用民间的舆论抗衡统治者的暴政，其活动开展得非常艰难，遭受到宦官专权势力的不断打击，不少东林党人更被厂卫杀害。
