1943年初，李仙洲升任集团军总司令。三年后，他却被降级使用，到王耀武的绥靖区当了副司令，不直接掌握部队。其中缘由，李仙洲认为，一是蒋介石对他不满，二是积怨于汤恩伯。 1939年9月，时任92军军长的李仙洲接到军政部长何应钦发来的电报，说蒋介石想派他去山东，具体事宜到重庆面谈。 李仙洲到重庆后，老蒋召见他时说：“你做好入鲁的准备，配合鲁苏战区的于总司令（于学忠）。” 当老蒋得知92军的三个师中，21师由北方人组成，另外两个师一个以广东人为主，一个主要是四川兵员后，又提出只保留21师，其余两个师，和由北方人组成的两个师调换。 不过直到1943年初，老蒋派李仙洲部入鲁依旧还是计划，此时于学忠在日伪军的进攻下，处境极为困难，向重庆屡发求援急电。 92军的大部分中高级军官，对救援于学忠都持消极态度，李仙洲也受此影响，部队迟迟未动。老蒋采取大棒加萝卜的手段，一面"严令李仙洲军速行计划入鲁勿得延误"，另一面又将李仙洲升任28集团军总司令。 李仙洲这个集团军总司令，多少有些名不副实，除了他的基本部队92军外，后来划入的部队，都是汤恩伯系统的，军、师长有事越过李仙洲，直接向上对汤恩伯汇报，李仙洲对部队的控制度有限。 若李仙洲带着92军早一年入鲁，于学忠的处境要好得多，那时候鲁苏战区的局面尚有挽回的余地。等到了1943年4月，李仙洲带着92军等部二万多人浩浩荡荡入鲁时，由于鲁苏战区的师长吴化文等人率部投日，转而带着日军扫荡，于学忠差点被俘，亲信参谋处长战死。难以支撑的于学忠，不得不带着残部退往皖北。 鲁苏战区的惨败，让老蒋颇为震怒，去电斥责李仙洲。之后李仙洲入鲁的半年，毫无进展，二万多人损失了一半，老蒋见再待下去，整个92军就要全部报销，不得不电令李仙洲率部离开山东。 李仙洲入鲁前后的表现，让老蒋对他的能力产生怀疑，对他也不再有往日的重用了。 李仙洲遭弃用，还有一个重要原因，那就是和汤恩伯交恶。汤恩伯担任第一战区副长官兼苏鲁豫皖四省边区总司令时，92军驻扎阜阳时，隶属四省边区司令部。 有一天，汤恩伯叫来李仙洲说：“听说你在阜阳办了一个训练班？” 李仙洲说：“刚办了不久，主要是培养排长一级的军官。” 汤恩伯不悦的说：“此事我怎么不知道？训练班按理都应由司令部管理，你随后把训练班移交过来。” 李仙洲说：“这个训练班是报请军委会军训部同意的，我这个训练班主任，也是上头任命的。” 汤恩伯听后，阴沉着脸离开，两人结下了梁子。由于之后汤恩伯没有少在老蒋面前打李仙洲的小报告，使得老蒋对这个学生的好感度大降。 抗战胜利后，李延年以第一战区副长官的身份，率部进入山东受降，临出发时他去找山东老乡李仙洲聊天，李仙洲直言说：“你带去受降的部队，陈大庆是汤恩伯的人，你怕指挥不动。” 李延年不以为然的说：“这是蒋校长的命令，我不信陈大庆敢不听。” 不出李仙洲所料，当李延年到了徐州后，准备率部北上时，19集团军总司令陈大庆的部队却拖延不前，使李延年这个受降长官成了光杆司令，不得不另调部队去济南。 李延年到徐州不久，老蒋去电让李仙洲到重庆来一趟。李仙洲本以为是让他率28集团军去某地受降，很是高兴，不料见面后，老蒋却告诉他，让去山东配合李延年受降。 李仙洲一听要给李延年当副手，明知故问的说：“校长，李延年升战区长官了吗？” 老蒋疑惑的回答：“他一个月前才任命的第一战区副长官，还升什么官。” 李仙洲说：“校长，我给李延年这个副长官当副手，也没有副副这个职务啊。” 老蒋听后一脸的不高兴，随便说了几句后，结束了谈话。1946年初，蒋军进行军事建制调整，取消了集团军，李仙洲被调去第二绥靖区任副司令，对比李延年调任徐州绥靖公署副主任兼第九绥靖区司令官，可以看出李仙洲的失势。 第二绥靖区的司令，由王耀武担任，这就使得李仙洲很是尴尬，因为王耀武是黄埔三期生，比李仙洲小十岁。蒋军的黄埔一期生中，李延年、李玉堂、李仙洲这三个山东籍的，都当过集团军总司令，算是发展的不错，但和山东老乡王耀武相比，三人无论是名气还是能力及受老蒋信任程度，都和王耀武差距不小，“三李不如一王”的说法流传很广。 王耀武对李仙洲的到来，倒是非常欢迎，每次见面都以黄埔老大哥对待，从不摆长官架子，两人相处也算融洽。 王耀武到山东后，一直觊觎省主席的职务，有一天，他写了一封信让李仙洲带着亲手交给老蒋。从王耀武的言语暗示中，李仙洲估计信中内容和谋求山东省主席有关。 老蒋看了李仙洲带去的信后，突然问：“你对山东省主席有无想法？” 李仙洲说他并无想法，老蒋又问：“省府秘书长呢？” 李仙洲说：“我对政务没有经验，干不来的。” 老蒋听后，也就没有再说什么。李仙洲回去后不久，老蒋就将山东省主席何思源调离，王耀武如愿接任。不过讽刺的是，志得意满的王耀武，后来还是和李仙洲在功德林相见了。
