昆明海关前身为1889年成立的“蒙自关”，1942年始称“昆明关”。1950年云南解放后，昆明关成为了中国共产党领导下的人民海关。1980年昆明关正式更名为“昆明海关”，是首批升格为正厅局级的9个直属海关之一。成立于1928年春的中共蒙自关党支部，是中国共产党在海关行业建立的第一个党的基层组织。
昆明海关是受海关总署领导的直属海关，业务管辖范围为云南省内各项海关管理工作。目前，昆明海关有内设部门21个、隶属海关单位31个（含风险防控分局）、隶属海关派驻机构7个、事业单位16个。昆明海关机构覆盖云南省16个州（市），辖区口岸通道众多，公路、铁路、航空、水运、电网、油气管道等监管门类齐全，自贸区、综保区、跨合区等业务兼具。
昆明海关的主要职责包括：依法在管辖范围内开展海关监管、征收关税和其他税费、查缉走私、开展出入境检验检疫、编制贸易统计并办理其他海关业务。
新时代新征程，昆明海关坚持用习近平新时代中国特色社会主义思想凝心铸魂，深入学习贯彻习近平总书记给红其拉甫海关全体关员重要回信精神，铸忠诚、担使命、守国门、促发展、齐奋斗，扎实推进智慧海关建设和“智关强国”行动。立足边关特点，弘扬“求实、扎实、朴实”海关文化，全面履行守国门、促发展职责使命，为强国建设、民族复兴积极贡献力量。
现任领导党委委员、关长：李晋
李晋，男，汉族，1970年9月生，中共党员，山西长治人，1991年7月参加工作，大学学历，公共管理硕士专业学位。
现任昆明海关关长、党委书记（正厅局级）。
党委委员、副关长：江兴培
江兴培，男，1965年6月出生，汉族，重庆垫江人，中共党员，研究生学历，1990年7月参加工作，二级关务监督。
现任昆明海关副关长、党委委员（副厅局级）、一级巡视员。
党委委员、副关长：柯志强
柯志强，男，1971年3月出生，汉族，中共党员，中央党校大学学历，三级关务监督。
现任昆明海关副关长（副厅局级）、党委委员。
党委委员、副关长：王志文
王志文，男，1972年9月出生，汉族，中共党员，党校研究生学历，一级关务督察。
现任昆明海关副关长（副厅局级）、党委委员。
党委委员、党委纪检组组长：冯钟军
冯钟军，男，汉族，1973年8月出生，党校研究生学历，中共党员。
现任昆明海关党委委员、党委纪检组组长（副厅局级）。
党委委员，缉私局局长兼督察长：郑军
郑军，男，汉族，1968年11月出生，中央党校大学学历，中共党员。
现任昆明海关党委委员、缉私局局长兼督察长（副厅局级）。
