中华人民共和国西藏地区人民海关成立于1962年5月10日，1974年9月1日成立拉萨海关，统一管理西藏地区海关事务，1984年6月9日，拉萨海关升格为正厅级机构。
根据党中央作出的“将国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”的改革部署要求，自2018年4月20日起，原西藏出入境检验检疫局统一以拉萨海关名义对外开展工作。2018年8月24日拉萨海关新一届党组成立，2019年10月25日调整为党委。
拉萨海关现下辖10个正处级隶属海关单位，分别为：拉萨贡嘎机场海关、八廓海关、聂拉木海关、吉隆海关、普兰海关、亚东海关、日喀则海关、狮泉河海关、林芝海关和拉萨海关风险防控分局。总关机关内设13个处室，分别为：办公室（党委办公室）、法规处、综合业务一处、综合业务二处、卫生检疫处、动植物和食品检验检疫处、口岸监管处、企业管理和稽查处、缉私局、财务处、科技处、督察内审处、人事教育处（党委组织部）；其他内设处室3个：机关党委（思想政治办公室、党委宣传部）、监察室（党委纪检组）、离退休干部办公室；党委派驻纪检组3个；事业单位4个：后勤管理中心、技术中心、保健中心、电子口岸数据分中心。
现任领导党委书记、关长：王宏翰
王宏翰，男，汉族，1977年8月出生，中共党员，本科学历。
现任拉萨海关关长、党委书记。
党委委员、政治部主任：赵秋霞
赵秋霞，女，汉族，1965年9月出生，甘肃武威人，中共党员，中央党校大学，三级关务监督。
现任拉萨海关政治部主任、党委委、一级巡视员。
党委委员、副关长：索朗罗布
索朗罗布， 男，藏族，1965年10月出生，西藏噶尔人，中共党员，大学本科。
现任拉萨海关副关长，党委委员。
党委委员、党委纪检组组长：姬璞
姬璞，女，蒙古族，1977年4月生，大学，中共党员。
现任拉萨海关党委委员、党委纪检组组长。
党委委员、副关长：吴刚
吴刚，男，汉族，1973年4月生，大学，中共党员。
现任拉萨海关副关长、党委委员。
