1968年10月至1969年3月全国反阿尤布的运动导致了第二次军法管制，这是人们始料不及的结局。军队可以很快平息动乱，维持社会秩序，却无法使民众恢复团结并创立稳定的政治体制。国家将向何处去，是一个急需解决的问题。在这一点上，叶海亚与阿尤布的观点完全相反。阿尤布认定国家不幸的罪魁祸首就是吹毛求疵的政治家们，他们将一套不适合国情的政治体制硬塞给巴基斯坦人民，因此，“有限的”“基本的”民主制度要比完全照搬西方民主制度好得多。叶海亚则认为，政治混乱的原因是没有能建立起代表全体国民的制度，因此，必须给人民不受限制的民主，特别是要尽快重建宪政。叶海亚上台之初即明确表示，军队没有政治野心，实行军管的惟一目的是保障国民的生命、自由和财产安全，并为迅速恢复宪政创造条件。1969年8月，叶海亚在向全国的广播讲话中宣布，新一轮全国大选将在18个月内举行。

1970年12月7日，巴基斯坦举行了独立以来的第一次全国大选。穆吉布·拉赫曼领导的人民同盟取得了意料之中的胜利，获得东巴席位中的绝大部分，但在西巴却一票未得。阿里·布托新组建不久的人民党异军突起，在西巴取得了意想不到的多数，但在东巴也是一票未得。这样，穆吉布和布托分别成了东巴和西巴的领袖。按照规定，新一届政府将由取得多数资格的人民同盟来组阁。东巴人对大选结果欢欣鼓舞，旁遮普人则忧心忡忡，害怕东巴人会利用他们在议会中的多数制定对内他们不利的宪法。布托和穆吉布作为两大主要政党的领导人在许多重大问题上存在着根本分歧。双方各持己见，互不相让，这给即将召开的国民议会蒙上一层阴影。

1971年2月13日，叶海亚总统宣布，国民议会将于3月3日在达卡召开。2月中旬，布托和穆吉布就制定一部双方都能接受的宪法问题举行会谈，但没有达成任何协议。布托坚持要建立一个强大的中央政府，拥有收税、外交和接受外援等权力。而穆吉布则主张只给中央政府以外交、国防和发行货币的权力，其他权力归地方政府。布托因坚持对印度采取强硬政策而声名大作，穆吉布却努力寻求与印度建立更加密切的贸易关系，并减少用于克什米尔的防务费用。此外，双方就未来政府中的权力分配也未达成如何协议。会议不欢而散。

2月15日，布托指责穆吉布缺乏灵活态度，宣布他的政党将不参加3月3日召开的国民议会，并要求推迟国民议会召开的日期；如不推迟，或者西巴有任何一个政党参加国民议会，他都将发起一个“从开伯尔到卡拉奇”的抵制运动。人民同盟坚持国民议会应如期召开，西巴的几个小党无视布托的威胁，也赶到达卡，准备参加议会。事实上，国民议会的2/3议员已经聚集达卡。在这种情况下，叶海亚总统本应该努力调和两派矛盾，在维护政局稳定方面发挥应有的作用。但不幸的是，值此重要关头，叶海亚暴露了其性格上缺乏主见、优柔寡断和患得患失的弱点。2月28日，叶海亚在已经得到一些高级军官支持的布托的压力下，被迫让步，于3月1日宣布推迟原定于3日召开的国民议会。

这一决定激起了东巴认的强烈反对。数以万计愤怒的工人、学生和专业人员举行游行示威，抗议总统的出尔反尔，并首次喊出孟加拉独立的口号，而在此以前，东巴仅仅要求在联邦内部寻求自治。3月3日，东巴举行总罢工，商店、工厂和政府机关等一律关门，整个东巴陷于瘫痪。穆吉布声称，总统推迟召开国民议会是屈从于少数人的压力，号召他的支持者在一切领域内开展反对中央政府的非暴力不合作运动。中央政府对此则进行了武装镇压。穆吉布指责军队象占领军一样对手无寸铁的民众开火。3月4日，穆吉布表示，为了保持巴基斯坦的团结，他愿意与布托分掌政权，在东西两翼分别设立一名总理，但布托不予响应。为了挽回局势，叶海亚于3月6日宣布收回推迟召开议会的决定，声称议会将于3月25日召开。作为回答，穆吉布次日在达卡的一次聚会上宣布参加国民议会的4个条件，即：必须立即将权力移交给选出的人民代表；撤销军法管制；召回军队；调查军队“对东巴群众屠杀”的问题。曾经抵制国民议会的布托也宣布他的党将参加3月25日的国民议会。一时间，巴基斯坦政局似乎又出现一丝光明。

遗憾的是，巴各政治势力相互间缺乏合作的诚意，致使事态一步步滑向无法挽回的深渊。3月9日，以巴萨尼为首的人民同盟极端分子召开大会，声称全力支持穆吉布，并宣布：巴基斯坦已经不可能再保持一个统一的国家了。东巴的总罢工仍然在继续，参加者的队伍不断扩大，甚至包括了全部文官和国防工厂里的工人。中央政府不仅没有撤销军法管制，反而采取更加严厉的镇压措施。

3月15日，穆吉布宣布接管东巴的行政，并下达35条指示，包括拒绝中央政府向东巴征收所得税，停止向中央政府缴纳关税和销售税，以及东巴的税收归东巴政府等。东巴与中央政府的矛盾已经转化为直接的对抗。3月15日，叶海亚抵达达卡，与穆吉布举行为期10天的秘密会谈，讨论解决危机的办法，布托也于21日到达达卡。布托在会晤中警告穆吉布，如果他的人民党被排斥在联合政府之外，西巴就会出现大乱。但穆吉布作为议会中最大党的领袖却拒绝向叶海亚保证将邀请布托进入政府，坚持他有权选择政治伙伴。谈判又一次失败。22日，叶海亚再次无限期推迟国民议会的召开。这次会谈的失败揭开了巴内战的序幕。

25日，穆吉布号召东巴人民为赢得东巴的“解放”而准备作出最大牺牲。同一天，叶海亚以东巴法律和秩序已经失去控制、人民同盟分裂国家为由，派军队进驻东巴。军队的介人，使东巴局势急转直下。几周之内，数千人被杀，几万人沦为难民，东巴与中央政府彻底决裂。4月10日，人民同盟的一部分成员在印度组建“孟加拉临时政府”。孟加拉民众也通过各种形式与中央军队展开对抗。巴基斯坦的内战引起了外国势力的干预。

11月21日，印度在苏联的支持下入侵东巴，12月16日占领达卡，巴基斯坦军队宣布投降。1972年1月8日，已经接替叶海亚出任巴基斯坦总统的布托承认国家分裂的事实，宣布无条件释放穆吉布。10月，孟加拉国正式成立。1975年10月，孟加拉国与巴基斯坦正式建立外交关系，巴基斯坦从法律上正式承认孟加拉不再是巴基斯坦的一部分，而是一个主权国家。

考虑到巴基斯坦东西两翼之间在政治、经济、文化、传统、语言以及种族等诸方面的巨大差异，彻底分开未尝不是最终解决双方矛盾的一种选择，但之所以在1971年走到分裂这一步则具有很大的偶然性。事实上，1969年阿尤布下台后的巴基斯坦政局尚处于很好的控制之下，只是由于叶海亚采取了一系列不恰当的措施，才最终使双方蓄积已久的矛盾全面爆发。叶海亚的上台完全是一种偶然，他只是恰恰在阿尤布倒台之时担任巴基斯坦的最高军职。与阿尤布不同的是，叶海亚既无从政经验，对未来国家的去向更是胸中无数。他上台伊始即完全废除阿尤布时期留下来的政治体制，但对于如何在这片废墟上建立起新的政治大厦却束手无策。他不信任文官，因而也就无法从文官那里获取帮助。他在性格上缺乏主见，优柔寡断，在巴基斯坦刚刚从反阿尤布的骚动中恢复过来、急需社会安定时，贸然提出立即举行全国大选，“还政于民”，这表现出他对巴基斯坦的国情缺乏正确的判断。当全国的民主参与热情因大选而被充分鼓动时，他又没有能及时加以引导，在很长一段时间内坐视国内两大政治派别互相争斗，并公开袒护布托，两次推迟召开国民议会。这种出尔反尔的做法不仅激起了东巴人的愤怒，也使自己的威望和信誉下降到极点。因此，叶海亚个人的无能和失策无疑是导致国家分裂的直接原因之一，但不是根本原因。

1947年印巴分治后，南亚次大陆的东西两翼组成一个穆斯林国家——巴基斯坦。东西两翼虽然共同经历了二百年的殖民统治，但当强敌消失之后，这两个民族除了信仰同一宗教外，几乎不存在任何共同之处了。巴基斯坦成立以后，东西两翼间的诸多矛盾便逐渐暴露，突出表现在三个方面。

首先，国语之争。巴基斯坦是一个多语言国家，除知识阶层较通用的英语之外，主要有孟加拉语、乌尔都语、信德语和旁遮普语等。孟加拉语一直是东孟加拉的民族语言，具有悠久的历史，为绝大多数孟加拉人所采用。而1951年人口普查显示，东孟加拉中会讲乌尔都语的人只占其总人口的1%。尽管如此，巴基斯坦中央领导人却认为，乌尔都语受阿拉伯语和波斯语影响较深，较正统地体现了伊斯兰文化传统，因此应该以乌尔都语为惟一国语；相反，孟加拉语属印欧语系，衍生于古印度语言中的梵语和俗语，因此被认为侵染了印度教文化和思想而不适于提倡。孟加拉人却认为，孟加拉语是其民族世世代代劳动和创造的结晶，孟加拉的文学、艺术和科学曾对人类文明作出过卓越贡献，否定孟加拉语就是对孟加拉民族历史不尊重。当然，国语之争的背后也难以掩藏一种实际利益之争，因为如果确定乌尔都语为惟一国语，那么孟加拉人在西巴基斯坦人竞争政府部门职位时将明显处于不利地位。

1947年9月，东孟加拉激进的学生提出以孟加拉语作为国语的要求，遭到中央政府的拒绝。此后，学生们先后成立“国语行动委员会”和“各党学生行动委员会”，这标志着要求确立孟加拉语为国语之一有组织的群众运动已经开始。1947年12月15、16日，达卡大学的部分教师和学生举行了连续两天的集会和示威游行，对中央政府歧视孟加拉语的政策表示抗议。但中央政府在这一问题上的态度却并未改变。1948年2月25日，在巴基斯坦立宪议会第二次会议上，总理里约夸特依然认为，必须以穆斯林民族的语言——乌尔都语作为通行语。1948年3月，真纳第一次出访东孟加拉，在达卡对学生们的讲话中明确说：“让我十分清楚地告诉你们，巴基斯坦的国语将是乌尔都语而不是别的语言，任何想把你们引入迷途的人，实际上都是巴基斯坦的敌人。”

中央政府的固执态度和真纳的讲话使东孟加拉人很不满，在东孟加拉学生、知识界引起了强烈的政治骚动。1948年2、3月间，东孟加拉人不断举行大规模的罢工、罢课、集会和游行示威活动，并与警察发生暴力冲突。在此形势下，确定国语之事暂时被搁置下来，但问题并未得到解决。东孟加拉人的强烈反对终于迫使中央政府在1956年的宪法中承认孟加拉语和乌尔都语同为巴基斯坦国语。事实上，巴基斯坦的政府文件、货币、邮票等上面却只使用英语和乌尔都语。东孟加拉人强烈地意识到，他们引以无限自豪和骄傲的民族语言、历史文化传统仍然没有受到应有的尊重。由此，以语言运动为开端、以争取自治权利为主要内容的东孟加拉政治运动逐步展开。

其次，在政治权力分配上，东巴人受到了不公平对待。在英国殖民统治时期，东孟加拉的大多数穆斯林都是贫苦农民，文化水平普遍偏低，他们很少有机会在英国殖民机构中担任公职，即使有也都是些极低下的职位，而其他可供当地人担任的较好职位几乎全部被印度教教徒所垄断。1947年印巴分治时，在为巴基斯坦选拔的133名印度文官中，仅有1名是孟加拉人。此外，英国殖民统治时期，英属印度的军队也主要从西巴的旁遮普和西北边境地区招募。因此，自独立时起，巴基斯坦中央政府和各省级的决策部门就被西巴人所控制。这种不平衡的状况越来越引起东巴人的不满。

东西巴之间权力分配的不平衡随处可见。在重要的政府官员中，仅从人数上看，东巴与西巴大体相当。1947—1958年期间，东西巴在政府总理、部长、副部长、国务部长、制宪议会和国民议会议员中的人数基本保持平衡。表面上看，东西巴已处于同等地位了，事实上却并不如此。东巴人即使身居高位也会处处受牵制，根本无法掌握实权，也无法为东巴人争取到其本应得到的利益。例如：纳泽姆丁任总督时，实权被里约夸特总理所掌握，而当他改任总理之时，当时的总督古拉姆·穆罕默德又控制了实权。类似的情况在各部部长中亦不鲜见。

在军队高级长官中，东巴人所占的比例很小。在巴基斯坦独立的最初十年，96%的军队高级官员是西巴人，东巴人中能够担任高级军官的人实在是屈指可数。以1956年为例，中将、少将中只有1人来自东巴；准将和上校中仅各有1名，而西巴则分别有34名和49名；在中校和少校中中，东巴人各有2名和10名，西巴则分别有198名和590名。在海陆空三军军官中，东巴人同样很少。1955年时，东巴人在海陆空三军中拥有的军官数分别是7、14和60名，而西巴则分别为593、894和640名。一直到1971年孟加拉国诞生时，仅有两名孟加拉人达到星级军衔。1958年以前，高级军官在巴基斯坦政治生活中并不直接参与各项决策。随着国内政治动荡不定，军队在镇压一次次社会动乱中势力逐渐膨胀。在1958年和1969年，巴基斯坦全国陷入严重的政治和经济危机，军队两次直接接管政府，实行军法管制，高级军官开始左右国家政治的各项活动。西巴人在军队中的绝对优势地位使他们根本无意于听取东巴人的建议，也很少真正为东巴的利益考虑。

在高级文官中，东巴人同样处于少数地位。巴基斯坦独立初期的10年中，93%的高级文官是西巴人。尽管巴基斯坦自独立以来，文官队伍不断扩大，但直到1969年，秘书级文官都是西巴人或印度来的移民。1969年后，叶海亚加快对东巴文官的提拔，但占据重要职位的高级文官仍然是西巴人。巴基斯坦独立初期，真纳和里约夸特都十分重视和依赖文官，导致文官的权力日渐加强，文官可以轻易地绕过内阁和议会作出各种决定，把持了从中央到地方的各级决策机构。东巴人因为拥有的高级文官数目太少而在国家政策决策中几乎没有发言权。

东巴人不仅在权力机构中受尽排斥，而且中央政府还不尊重东巴省政府和东巴领导人，随意地予以解散或解职。1954年，东巴省立法议会选举中，东巴的联合阵线取得胜利，以法兹努尔·哈克为首席部长组成东巴省政府，然而中央却百般刁难，最终解散了东巴省政府。另外，克瓦贾·纳泽姆丁和苏赫拉瓦迪任总理时，都因试图改善东巴的状况而被中央政府解除职务。1970年大选中，东巴的人民联盟在选举中获得国民议会中超过半数的议席，本应当由人民联盟组织政府，但巴基斯坦中央政府却一再推迟召开议会，阻止东巴人民联盟依法组阁，最终导致东西巴矛盾不断上升，爆发了内战。

再次，在经济建设过程中，中央政府偏袒西巴，忽视甚至损害东巴的利益。巴基斯坦独立之初，1947年12月，巴基斯坦政府还正在组建过程中，曾经在英属印度任过职的赛尔·阿斯巴德就公开说：“如果巴基斯坦要强大，中央必须首先强大。”由此，他建议从各省抽取部分税收供中央政府统筹分配，中央政府严格控制全国经济发展的决策权，并重点发展工业。他的建议被真纳所采纳并很快付诸实施。在这种思想的指导下，中央政府的政策只注重中央所在地西巴的利益，而忽视甚至于损害与中央所在地相隔甚远的东巴利益。这主要表现在以下几个方面。

第一，巴基斯坦片面重视工业，忽视农业发展。由于巴基斯坦的工业基础主要集中于西巴，东巴基本以农业为主，尤其是黄麻的生产占主要地位，因此在中央政府重视工业、忽视农业的政策之下，受害最深的无疑是东巴。

第二，东巴的外汇收人被西巴占取。独立初期，西巴的工农业产品出口几乎处于停滞状态，正是东巴因其黄麻等初级农产品的大量出口，成为巴基斯坦外汇收入的主要来源。尽管东巴是外汇收入的主要赚取者，但其中相当部分却为西巴所用。

第三，中央政府通过不合理的税收体制，大量侵占属于东巴的税收收入，导致东巴经常出现财政赤字。

巴基斯坦独立初期，东巴虽落后于西巴，但主要是在基础设施方面，在其他方面，两者的差距并不大。然而，由于中央政府一贯采取偏袒西巴、损害东巴的政策措施，使西巴每年从东巴夺走大量财富，致使东西巴的差距越拉越大，两者发展极不平衡。1949-1950年度，东巴的人均收人比西巴只低18%，到1969-1970年度时则已低62%，20年间，东西巴人均收入差距增加44个百分点。

巴基斯坦中央政府在政治、经济、文化上不平等地对待东西巴，一味地把东巴置于不利地位，激起了东巴人的极度不满，最终东巴人在人民联盟和农工党的领导下发展成有组织的抗议。1966年2月，穆吉布·拉赫曼代表人民联盟提出著名的“六点纲领”。此后，东巴各阶层人民广泛投人到争取民族权利的斗争中。自1968年11月起，巴基斯坦局势不断恶化，整个东巴淹没在人民运动之中。东巴学生各党行动委员会在运动中扮演了突击队的角色，并提出十一点要求章程。该章程与人民联盟提出的“六点纲领”共同成为东巴人民争取自治斗争的行动纲领。1971年3月26日，驻吉大港地区的第八东孟加拉团领导人之一的齐亚·拉赫曼少校率军占领了吉大港电台，宣布东巴脱离巴基斯坦而独立，成立孟加拉临时政府。从此，东巴的人民运动演变成争取独立的武装斗争。在印度的直接干预下，1971年12月，孟加拉获得独立，成立孟加拉人民共和国，东西巴正式分裂。印度的直接干预、苏联对印度的公开支持是东西巴分裂的重要外部因素。1971年3月26日，巴军队进驻东巴后，印度就公开表示要插手东巴。此后，印度还为东巴提供枪支弹药和资金援助，并支持流亡印度的东巴人在印度的加尔各答成立孟加拉临时政府。1971年11月21日，印度以大批难民流入印度为由公然派兵进入东巴基斯坦，与巴军正面交锋，占领了达卡和大部分地区，最终迫使巴军投降，孟加拉获得独立。对于印度插手东西巴战争之举，苏联政府给予了积极支持，向印度提供大量武器装备，并三次否决了联合国安理会提出的印巴停火议案。

诚然，印度的直接干预和苏联对印度的支持是东西巴分裂的重要外部因素。然而，东西巴在政治、经济、文化上的矛盾和东巴受到的不平等待遇是导致分裂的内部因素。内因是主导，外因只有通过内因才能发挥作用。