琉球群岛曾经附属于萨摩藩藩主岛津氏。1609年，萨摩藩派大将桦山久高入侵当时的琉球国，开始了日本对琉球的征服。

日本后阳成天皇年间（1592年—1596年），小笠原贞赖发现了一个岛屿，就将其命名为小笠原群岛。琉球群岛和小笠原群岛的地理位置重要，很早就受到了欧美列强的重视。第一次鸦片战争后，清朝被迫向英国等欧美列强开放了五个港口（广州、厦门、福州、宁波、上海）。因此，游弋在亚洲海面的欧美列强的船不断增多，欧美列强希望在琉球群岛和小笠原群岛建设储存煤炭、淡水、粮食等的设施，以便补给往来于欧美和清朝的船。然而，当时德川幕府严禁外国船接近日本沿岸。

1843年10月10日，一艘英国军舰来到琉球八重山群岛。英国军舰的船员登陆后，便开始测量山野、海边。英国军舰在这里停泊了50天才离开。

12月1日，一艘英国船来到宫古岛，登陆测量山野、海边。当时，琉球人竭力阻止英国人登陆，但力不从心。英国人在宫古岛逗留了半个月才离开。

1844年3月11日，一艘法国军舰在琉球那霸港停靠。据军舰上的法国人讲，军舰离开中国广东后遇到暴风，船体受到损伤，他们想在这里修理船并补充粮食、柴薪、淡水等。琉球人为法国人提供了修理船所需要的木材，并提供了粮食、柴薪和淡水。法国人又说奉法国国王的命令，想和琉球建立永久的通商关系。琉球人没有答应，法国人说琉球只要答应和法国交往就行，通商一事等法国海军将领来后再议。琉球人说：琉球是清朝的藩国，琉球也和日本通好，琉球无权和其他国家通好。

法国军舰临走之时，留下一名法国人、一名清朝翻译在岛上，等法国海军将领来后做翻译。过了几天，这名法国人对琉球人说：英国人对琉球垂涎已久，如果琉球和法国交好，法国可以确保琉球的安全。

当时，英法两国正在亚洲争夺殖民地，琉球也是两国争夺的目标之一。琉球能够幸存，是欧美列强势力均衡的结果。1845年7月2日，一艘英国船来到琉球八重山群岛，要求补给粮食，在这里停泊数日后离去。

1846年4月5日，一艘英国船从中国广东出发来到琉球那霸港，船上有一名英国医生及其妻儿和一名清朝人，一共五人登陆。英国医生说：我们奉英国陛下之命来到这里，打算买地定居。我可以在这里给岛上的人治病。

1846年5月6日，一艘法国军舰从广东来到琉球那霸港，说在这里等待法国海军将领的到来。1846年5月13日，法国海军将领让-巴蒂斯特·赛西尔率领舰队来到琉球那霸港，向琉球人出示与清朝缔结的条约的副本，要求与琉球通商。琉球地方官说回禀国王之后再做答复。琉球人经过商议，拒绝了法国人的要求。让-巴蒂斯特·赛西尔答复说在奏请法国国王之后，再来琉球商议。之后，让-巴蒂斯特·赛西尔率领舰队离开了琉球。1846年6月7日，让-巴蒂斯特·赛西尔率领军舰来到日本长崎，要求补给柴薪、淡水、粮食，并递交给长崎奉行一封信，请求日方如果发现法国船遇难，予以搭救，获救的法国人可以委托给荷兰船或清朝船遣返。之后，让-巴蒂斯特·赛西尔率领军舰离开了长崎，前往宁波。让巴蒂斯特·赛西尔又派一艘军舰到琉球那霸港，接回了一名法国人，前往宁波。

小笠原群岛位于伊豆南面的海上，外国船经常在这里出没。1827年，英国船长比彻利乘测量船“布罗索姆”号来到小笠原群岛。以英国国王的名义宣布占有小笠原群岛。其实，早在1593年，日本人已经发现并占据了小笠原群岛。1675年，日本人在八丈岛遇到大风浪，漂到了小笠原群岛。当时，岛上还没有住人，日本人就称小笠原群岛为“无人岛”。后来，日本人也没有在小笠原群岛开展殖民活动。1830年，一群欧美人开始在小笠原群岛殖民。领头的是一个叫索沃里的美国人，此外还有英国人、丹麦人和南洋原住民。索沃里在这里定居下来，种菜、种粮，给到这里的外国船补给物资，攒了数千美元。

1837年，因虎门销烟而为中国人熟悉的英国驻广州商务监督义律提出:“应早日在波宁群岛建立小规模海军基地，以实现船只在该地区和中国周边海域的定期靠港。”1853年迫使日本开国的美国海军上将佩里，在致海军负责人杜宾的信中也指出“在从加利福尼亚经由日本直通中国的航路上，小笠原群岛是最合适的补给地……可以通过条约来将日本的函馆、下田和此处及琉球的那霸作为对美国船只的开放地……因此我强烈建议整顿小笠原群岛的相关设施。按我的计划，应尽快在小笠原群岛的主岛父岛上建立殖民地”。原本闭目塞听，对海外变幻置若罔闻的日本，终于不得不对近在咫尺得威胁做出回应。

1853年，马休·佩里率领舰队在小笠原群岛停靠，看到岛上住着三十一个人。此外，法国船和俄国船都来过这里。在日本对外开放港口之前，小笠原群岛和琉球一直是外国船避难和补给柴薪、淡水、食物的地方。随着和清朝贸易量的不断增加，美国迫切需要开辟一条连接太平洋沿岸各州和清朝之间的蒸汽轮船航线。因此，美国人需要把小笠原群岛作为中继地，建设储存煤炭、粮食的场所。

1861年，幕府终于以“咸临丸”向小笠原諸島派遣了巡撫使，并开始向岛上移民。幕府为了保障自身东南海疆的安全，不惜拿出自己早就否定的《小笠原民部系图》和《巽无人岛记》中”小笠原貞頼发现小笠原諸島“的传说，作为小笠原諸島属于日本领土的证明。

1875年，英国将这些岛屿的所有权转交给日本。1876年，明治政府向各国宣示小笠原岛为日本领土，1880年编入东京府，日本在该群岛建立居民点并建立统治，1886年设置小笠原岛厅。二战期间，美国军队和日本军队为争夺小笠原群岛展开连番激战，美国前总统乔治·布什驾驶的战斗机在此被击落，险些丧命，硫磺岛战役更是名留青史。

1945年，美国海军占领该群岛，并强行迁离了所有日本居民。

1951年旧金山对日和约规定该岛为美国托管的“联合国托管地”。日本为收复小笠原群岛进行了20多年的斗争。1962年3月肯尼迪曾表示该岛属于日本。1967年起日本人民展开要求美国归还冲绳和该岛的运动。1968 年 4月5日，美国和日本在东京正式签订美国归还小笠原群岛协定。6月26日，协定正式生效。从此，小笠原群岛的行政、立法和司法权归还日本，美国仍继续保留在岛上的军事设施和军队，日美间签订的安全保障条约及其他军事协定的适用范围也随之扩大到该岛。