1645年4月中旬，也就是清顺治二年，张献忠带领军队抵达重庆，很快便发起围攻。6月18日，他派奇兵攻占了重庆城外围的关键要隘佛图关，这可是江城的重要屏障。彼时，城中守军实力不弱，各地援军也陆续进城。众将请求守城并主动出战，可四川巡抚陈士奇却不许，觉得他们想借出战逃跑，要将其禁锢城中死守。
张献忠攻城许久未克，还损失了不少兵力。他便采用穴地爆破攻城，让士兵掘开城外墓地，挑出未腐烂的棺材板。选数百精兵顶着棺材板靠近城墙，以棺盖挡箭矢、砖石，轮番在城根挖地道，趁夜运入火药点火。巨响后城墙塌了一大截。此攻城法很有效，两百年后太平天国时，太平军和湘军还用，屡试屡成，步骤基本相同。
6月23日，张献忠采用穴地攻城之法，轰塌了一段城墙，大军顺着缺口如潮水般涌入。地势险峻的重庆山城就此沦陷。破城后，张献忠的军队挨街逐巷地搜杀守军与官员，许多百姓也遭殃，街巷里尸骸遍地、污血横流。一些明朝官员换上百姓衣服想逃走，张献忠悬赏让百姓指认，官员基本全被抓住。3万多明军守兵无法突围，全部投降成了俘虏。
据《明史纪事本末》所载，张献忠下令军士把俘获的明朝各级官员押至校场，他亲自逐个审问。首先，他唤出重庆知府王行俭，要求其交出府库钱粮账册，随后让他跟随几位张军师爷去库中进行点验和交接。
随后，张献忠将前任四川巡抚陈士奇唤出。陈士奇本已卸任，只因接替他的新川抚龙文光迟迟未到，故而还没离开。张献忠直截了当地说：“朝廷就是被你们这些贪官搞坏的！”这话并非只针对陈士奇，被俘官员谁听都合适，接着他继续说道：
若巫山十三隘安排了守兵，我便晚进几日，好让你们有时间做准备。可如今局势弄成这般模样，不将你千刀万剐，实在难消此恨，难合天理！（《蜀警录》）
陈士奇下令撤走巫山十三座要隘的全部守军。大明连帝都北京都失了，长江边这十三座小关隘丢了也不足为奇。派兵死守用处不大，况且张献忠大军此前因长江涨水，在巫峡、夔门、万县等地滞留了3个月呢。
然而，这句质问已暗示陈士奇性命堪忧。（铁马冰河wu）紧接着，先前的四川巡抚陈士奇与完成钱粮交割的重庆知府王行俭，一同在众人面前被处以凌迟之刑。
众多官员看到这残忍的场景，个个吓得浑身发抖。巴县令王锡六为人正直，实在忍不了张献忠的无理狡辩，直接站出来，义正言辞地说道：
咱们这辈人该死就死，可别冤枉杀害无辜的老百姓啊！
王锡六觉得没必要费这么多口舌，直言若要动手就冲着他们这些当官的来，别滥杀无辜百姓，给老百姓一条活路，没必要牵连他们。
张献忠咧嘴一笑，说道：“你这小子还挺有种，俺老张欣赏。行，那就遂了你的愿。”接着便吩咐刽子手把王锡六砍了头，倒也让他去得干脆。
数十位大小官员，有的被碎尸，有的被斩首，校场之上惨叫不断，鲜血横流。张献忠把被俘官员杀光后，让人把活捉的瑞王朱常浩带出来，狞笑着与吓得发抖的瑞王对话。瑞王原本封在汉中，李自成部将马科打到汉中、川北时，他逃到重庆。城破时，其爱妃刘氏投井，他想追随却没勇气，被张献忠军队活捉。
张献忠笑容满面，很是客气地离座与瑞王攀谈起来，问：“王爷，你难道不清楚我军比李自成的军队厉害得多吗？”瑞王一脸茫然地看着张献忠，不明白他的意思。毕竟明末最强流寇是李自成，这是人尽皆知的，张献忠这么说太自夸了，不过瑞王只能心里想想。
张献忠接着道：“你既晓得怕李自成，从汉中逃来，那更该怕我，早该跑路。”瑞王认同，悔没早离重庆。老张话风突变：“你没及时跑，我只能杀你，这是你命数，别怪我狠。”说完挥手示意，刽子手拖走吓破胆的瑞王朱常浩千刀万剐，他比陈士奇等人待遇好点，先杀后剐，还配了上等棺木收殓残骸。
明军守兵被俘数量庞大，老张没精力逐一审理，便下令砍下这些俘虏的右手，然后把他们一并释放。校场一侧，凄惨的哀嚎声连绵不断。仅半日，地上就堆满残肢，污血在盛夏暴雨冲刷下肆意流淌。
听闻重庆那场惨剧，四川各地人心惶惶，不少胆小官吏直接投降，不过部分仍难逃被献军诛杀的命运。7月4日，张献忠自泸州兵分三路直逼成都，为显决战决心，他下令焚毁所有大小船只，让马步将士都从陆路向成都进发。
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