1966年的“运动”爆发后，时任福建省委第一书记的叶飞也受到了冲击。
叶飞
“运动”初期，叶飞根据中央精神，结合福建实际，在6月16日召开的省委全委扩大会上提出了一些设想，他说：“‘运动’作为当前的中心工作，要统一安排，做到三大革命一起抓，运动、生产两不误，以革命促生产。 对‘运动’要有领导、有计划、有重点、有步骤地进行，省、地、县机关的运动要分批开展。”
叶飞还按照中央的指示，为了稳定局势，向福建各地的大、中学校派出了工作组。但是派工作组在这次“运动”中却不灵了，学生们不听工作组的，而且对工作组也照反不误。对这种反常的现象，叶飞一开始难以理解，但没过多久，北京就传来消息，毛泽东不同意派工作组，说工作组“起坏作用，阻碍运动”，应当“统统驱逐之”。叶飞没有办法，只好要求立即撤出工作组。
1966年7月底，叶飞赴北京参加党的八届十一中全会，毛泽东在会上对各地派出工作组进行了严厉的指责。叶飞在这次全会上虽然由中央候补委员递补为中央委员，但他的心情一点也不轻松，8月7日，他给毛泽东写了一封信，检讨自己的错误，信中说：
我最严重的错误，就是存在相当严重的资产阶级个人主义思想意识没有改造好。骄傲自满，迷信自己，“我”字当头。个人和组织的位置没有摆好，开会“一言堂”，有时个人决定问题，违反了民主集中制，没有充分发挥集体领导的作用。
叶飞和家人
毛泽东收到信后，当即在信的内文中作了批示。在“我最严重的错误，就是存在相当严重的资产阶级个人主义思想意识没有改造好”一句的“相当”后面批示“不是相当而是极端”，在这句末尾批示道：“不是没有改造好，而是根本没有得到改造。不然不能解释何以犯下了下述那些错误。”毛泽东还要求把这封信作为八届十一中全会的文件，印发与会代表。
叶飞回到福建后，向各地委、市委书记传达党的八届十一中全会精神时，心情沉重地说：“派工作组犯了方向路线错误，这一次大家在劫难逃！这一关不好过啊！”
10月9日，叶飞赴北京参加中央工作会议，他再次在会上受到了批判。会后陈毅请华东的几位省、市主要负责人陈丕显、叶飞等人到家中吃饭，并嘱咐大家：“无论多么困难，都要坚持原则，坚持斗争，不能当墙头蒿草，哪边风大，就跟哪边跑。”叶飞没有想到，这竟是他与陈毅的最后一次见面，这番话也成为了陈毅最后的赠言。
陈毅和叶飞
1967年11月，叶飞正式被“隔离审查”，此后由于受到非人的折磨，他的身体越来越差，到1972年底已出现心律不齐、心跳过速等病症。1973年6月，经叶剑英指示，叶飞才住进了总后304医院。
有一天，陈毅的夫人张茜到医院看望叶飞，她和叶飞的妻子王于畊拉起了家常，王于畊说：“老叶的病现在好多了，只是怕出院后一回去又要复发。我们能不能跟组织报告一下，出院后不再回去呢？”
张茜说：“我看可以考虑，最近邓小平、谭震林、李井泉已经恢复了名誉，乌兰夫也解放了。只是这事找别人不行，周总理也做不了主，非主席点头不可。”
张茜的一番话令叶飞茅塞顿开，他马上给毛泽东写了一封信，信中检讨了自己的过错，叙述了自己的苦恼，希望组织能解除对自己的“监护”，以利于自己学习提高，改正错误。
叶飞和妻子
毛泽东收到叶飞的信后，在6月25日作出批示：“纪、汪酌处，此人似可解放，分配工作。”随后他把信批给了中央负责组织工作的纪登奎和中央办公厅主任汪东兴。
不久以后，叶飞被安排住进了中组部万寿路招待所，结束了6年多的拘禁生涯。此时毛泽东又作出了第二次批示：“既已解放，应立即分配工作。”
1973年8月，叶飞在党的“十大”上当选为中央候补委员，叶飞对此感到非常欣慰，他又可以为党和人民做点事了！
1974年12月下旬，四届人大的筹备工作进入最后阶段，“四人帮”插手人事安排，企图组阁。面对这种严峻的形势，已经癌症晚期的周恩来专门和王洪文一起飞往长沙，向毛泽东汇报四届人大的人事安排。
毛泽东和周恩来
毛泽东一见到周恩来和王洪文，就摇着手对王洪文说：“不要搞‘四人帮’，团结起来，四个人搞在一起不好！”
王洪文听后红着脸说：“以后不搞了！”
随后王洪文拿出拟定的国务院各部部长的名单，请毛泽东过目。毛泽东看到交通部长这个职务的旁边写着上海一个“造反派”头目的名字，他先是愣了一下，然后提起笔将其圈掉，并在后面一笔一画地写下了两个字：叶飞。
“四人帮”在政府机构中非常重视交通部长这个职位，他们曾直言不讳地说：“一个地区一个省市是一个点，而交通部是一条线，涉及到全国。”所以四届人大人事安排一开始，“四人帮”就串通一气，拼命争取这个位置，但没想到在洞精察微的毛泽东面前，他们的阴谋彻底破产了。
在不久后的四届人大一次会议上，国务院副总理李先念对叶飞说：“叶飞同志，这次请你出来当交通部长，你觉得怎么样？”
叶飞（左）
叶飞回答说：“李副总理，我服从组织决定，接受任命。”
李先念听后大喜：“好，这就好！”
1975年1月，叶飞正式出任交通部长，他上任后没有辜负党和人民的重托，对交通部进行了全面的整顿和恢复，使山头林立、问题成堆的全国交通战线很快出现了新的气象。
