第一次亲征

康熙二十九年（1690年）五月，噶尔丹借口追击喀尔喀，率兵3万自库楞湖（今呼伦湖）沿大兴安岭西麓南下，兵锋指向北京。大清派兵抵抗，却以失败告终。于是，清廷发兵10万，采取分进合击的方略，进击敌人。而康熙亲率禁旅进驻博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）督军，最终打赢了乌兰布通之战，噶尔丹败走。

第二次亲征

康熙三十三年（1693年），清廷诏噶尔丹前来会盟，噶尔丹抗命不至，反而遣兵侵入喀尔喀，康熙遂决定诱其南下一战歼之。清军为这次战争做了大量的准备，噶尔丹率骑兵3万，东掠位于克鲁伦河流域的喀尔喀蒙古车臣汗部，然后沿河而下，进驻巴颜乌兰（今乌兰巴托东南）以东地区，清廷发兵约10万，分三路出击，最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。

第三次亲征

康熙三十六年（1697年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死，至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束。

康熙之所以三次亲征也要打败噶尔丹，有这么几个原因。

第一，噶尔丹野心很大，要一统蒙古，甚至要吞并大清。

康熙第一次亲征是因为噶尔丹追击喀尔喀，兵峰直指北京。这对康熙来说是不能接受的。关键是噶尔丹野心很大，他一心想要一统蒙古，而这显然损害了大清的利益，是康熙所不能接受的。

第二，噶尔丹和沙俄勾结，指不定做出什么事。

沙俄在东北不断侵略中国领土，康熙不得不反击，也与沙俄签订了条约。但在康熙的眼里，一张协议不能彻底解决问题。而噶尔丹与沙俄勾结，将对大清北地造成巨大的威胁和影响。