母后皇太后一定是前朝皇帝的正宫皇后，是嫡妻，而圣母皇太后一般而言只是前朝皇帝的嫔妃，因为儿子做了皇帝才母凭子贵称为皇太后。古代嫡庶有别，母后皇太后的地位是高于圣母皇太后的。
母后皇太后和圣母皇太后统称两宫皇太后，这并非清朝首创，明朝也有母后皇太后和圣母皇太后两宫并尊的情况，比如明宪宗时期的钱太后和周太后，以及万历时期的陈太后的李太后。清朝两宫皇太后分别出现在清初顺治朝和清末同治、光绪两朝。
我们拿清末同、光时期的两宫皇太后为例来说明一下：公元1861年。三十一岁的咸丰皇帝驾崩，皇太子载淳即位，是为同治皇帝，同治帝生母慈禧太后为了获得朝政大权，联合咸丰帝皇后慈安共同发动了辛酉政变，废除了顾命八大臣，从而开始了近四十八年的垂帘听政政治生涯。
在垂帘听政的前二十年，帘子后面始终是坐着两位皇太后的，其中母后皇太后慈安坐在东边，圣母皇太后慈禧坐在西边，包括两位皇太后的寝宫也是大有说法的，慈安因为是中宫皇后出身，所以她住在紫禁城东侧的钟粹宫，而慈禧太后则住在紫禁城西侧的储秀宫。日出东而落于西，东边为大，西边为次。
不要小看这些细节。整个同治一朝和光绪七年之前，两宫太后虽然名为共同垂帘听政，但是慈安皇太后作为母后皇太后始终对与朝政大事有着最终的决定权的，而慈禧太后碍于嫡庶之分，虽有野心，也只能暂时压制，她在垂帘听政中实际上只负责一些朝政的日常和具体事务。
此外包括同治皇帝大婚时关于皇后的人选，也能看出，慈安皇太后的地位明显高于慈禧，同治皇帝最终选择了慈安太后推荐的阿鲁特氏为皇后。晚年的慈禧太后也曾亲口对她的御前女官德龄提起她经常受到慈安太后的欺负。
封建时代最为重视嫡庶观念，在普通家庭，庶出的儿子无法继承家产，庶出的女儿只能给人家做妾，民间尚如此，何况皇家，母后皇太后和圣母皇太后虽然相差一字，实质上差的就是嫡庶二字。
