在五胡十六国后期，前秦一度统一了北方。但是因为内部矛盾尚未解决，所以其宰相王猛在临终之际殷殷劝告苻坚：“晋虽僻陋吴、越，乃正朔相承。亲仁善邻，国之宝也。臣没之后，愿不以晋为图。鲜卑、羌虏，我之仇也，终为人患，宜渐除之，以便社稷。”但人心不足蛇吞象。太元七年（382年）十月，苻坚就有意征讨东晋。当时太子苻宏及朝中一众大臣都坚决反对。“坚既有意荆、扬，时慕容垂、姚苌等常说坚以平吴封禅之事，坚谓江东可平，寝不暇旦。融每谏曰：‘知足不辱，知止不殆，穷兵极武，未有不亡。且国家，戎族也，正朔会不归人。江东虽不绝如綖，然天之所相，终不可灭。’坚曰：‘帝王历数岂有常哉，惟德之所授耳！汝所以不如吾者，正病此不达变通大运。刘禅可非汉之遗祚，然终为中国之所并。吾将任汝以天下之事，奈何事事折吾，沮坏大谋！汝尚如此，况于众乎！’”尚书左仆射权翼及太子左卫率石越却都以东晋君臣和睦，且当时为重臣的谢安及桓冲都是人才，皆予以反对。这说明大家心里都明白：前秦迅速统一北方，虽然军事上很成功。然时间太短，地方治理一塌糊涂，人心不稳。若是一次大败，就可能万劫不复。
苻坚得不到支持，复问慕容垂的意见。慕容垂当然愿意看到苻坚栽跟头了，便说道：“弱并于强，小并于大，此理势自然，非难知也。以陛下神武应期，威加海外，虎旅百万，韩、白满朝，而蕞尔江南，独违王命，岂可复留之以遗子孙哉！《诗》云：‘谋夫孔多，是用不集。’陛下断自圣心足矣，何必广询朝众！晋武平吴，所仗者张、杜二三臣而已，若从朝众之言，岂有混壹之功乎！”
苻坚闻后大悦，遂亲率百万大军讨伐东晋。结果丢了大脸，惨败而归。
淝水之战后，苻坚早年对鲜卑、西羌降伏贵族“有罪不诛”政策的宽容政策这时候开始逐个展现出其弊端。
首先起兵的就是慕容垂。
当时，苻坚新败，身边没有多少人马。而慕容垂因为负责荆州方向，几乎没有损失，麾下尚有三万精兵。两支人马会合后，慕容德对慕容垂说：现在秦弱，不如进攻关中。这长安原本也不是苻家的天下！慕容垂觉得不妥。他认为趁人之危太卑鄙了，就算要复国，也得坦坦荡荡。于是，慕容垂在将苻坚送回洛阳，交出兵权后，才借故离开，带领族人返回关东，伺机复国。
慕容垂东返的同时，慕容暐的弟弟慕容泓、慕容冲也在关中打出大燕旗号，招兵买马，猛攻长安。
苻坚
眼看前燕贵族背信弃义，苻坚非常恼火，就把慕容暐叫到面前大骂道：“今泓书如此，卿欲去者，朕当相资。卿之宗族，可谓人面兽心，不可以国士期也！”但大骂一顿后，苻坚还是不忍心诛杀慕容暐，待他如从前一般。
苻坚是烂好人，慕容暐可不是。不久后，慕容暐秘密召集族人，准备设伏袭杀苻坚。然因消息泄露，彻底惹恼苻坚，以致长安城中一千多慕容氏族人被屠灭。自此之后，灭人国者如果不忍心对亡国家族下绝杀令，劝谏者往往以苻坚例，致使后代亡国之皇族，少有保全者。
慕容暐是慕容廆的正统继承人，他这一死，慕容垂和慕容冲就解脱了。
太元十年（385年），经过一年多时间的奋战，慕容垂夺回邺城。同年正月，慕容冲在阿房城称帝，国号燕，史家称之为“西燕”。第二年正月，慕容垂自立为帝，国号仍为燕，史称“后燕”。后来，慕容垂的主要对手就是西燕。
都是一个祖宗，为什么还要兵戎相见？因为西燕换领导人了。
慕容泓是最初的领导人。后来大伙觉得他威望不足，又转而拥戴慕容冲。慕容冲干了一年多的领导人，也被大臣做掉。其后一年，西燕又换了四任领导人。最终，前燕宗室慕容永率部众在山西立足，西燕政权这才稳定下来。而慕容永是慕容廆之弟、慕容运的孙子。也就是说，慕容永与慕容垂关系疏远。两家存在正统之争，自然就少不了要兵戎相见。
后燕形势图
太元十九年（394年），后燕与西燕的战争落下大幕。这年六月，后燕军鲸吞山西八郡七万余户，西燕灭亡。慕容垂灭掉西燕后，大致恢复了前燕巅峰时期的疆域。
此时，如果慕容垂年轻一点，他很有可能统一北方。但世上没有返老还童药，从石虎时代就从军，先后打过后赵、冉魏、东晋、前秦、西燕，纵横四十年，一生没有败绩的慕容垂此时已年快七十了，且百病缠身。留给他的时间不多了。最要命的是，后燕的西面，一个新兴的帝国正在悄然崛起。
太元元年（376年），前秦攻灭代国，也就是鲜卑拓跋部。苻坚是烂好人性格嘛，所以代国被灭后，原代王拓跋什翼犍的孙子拓跋珪便得以幸存。十年后，拓跋部趁乱复国，后改称魏王。即北魏的开国皇帝。
拓跋珪这会才十五岁，却已经展现出了超强的领军能力和政治才能。但慕容垂不知道拓跋珪的底细，只当他是小毛孩。趁此机会，拓跋珪一面向后燕称臣，麻痹慕容垂。一面积极向漠北扩充地盘，连续降服库莫奚、高车、叱突等部。等到后燕灭了西燕时，北魏经过发展，俨然成为北方一霸。
北魏背靠大漠，腹地辽阔，一时半会灭不了。而慕容垂年逾七旬，二十岁出头的拓跋珪就算什么也不干，耗也能耗死慕容垂。鉴于此，慕容垂只得将希望寄托于太子慕容宝的身上。
慕容霸
为了锻炼慕容宝，太元二十年（395年）五月，慕容垂集结八万精兵，以慕容宝为主帅，征讨北魏。大军出征前，一个叫高湖的大臣劝谏慕容垂，说：“魏，燕之与国。彼有内难，此遣赴之；此有所求，彼无违者。和好多年，行人相继。往求马不得，遂留其弟，曲在于此，非彼之失。政当敦修旧好，乂宁国家，而复令太子率众远伐。且魏主雄略，兵马精强，险阻艰难，备尝之矣。太子富于春秋，意果心锐，轻敌好胜，难可独行。兵凶战危，愿以深虑！”高湖说的有理，但慕容垂不听，结果肠子都悔青了。
得知后燕大举讨伐，拓拔珪主动示弱，将牲畜和财产转移到了黄河以西，一千多里外的地方。
慕容宝年轻气盛，本就瞧不起拓跋珪，又见拓跋珪主动后撤，心里更加自大。同年八月，后燕军抵达黄河东岸，正准备渡河时，突然狂风大作，将几十艘战船刮到了北魏军一侧。船上三百多全副武装的士兵被北魏军俘虏。“秋七月，慕容垂遣其子宝来寇五原，造舟收谷。帝遣右司马许谦征兵于姚兴。东平公元仪徙据朔方。八月，帝亲治兵于河南。九月，进师，临河筑台告津，连旌沿河东西千里有余。是时，陈留公元虔五万骑在东，以绝其左；元仪五万骑在河北，以承其后；略阳公元遵七万骑塞其中山之路。”
“宝之发中山也，燕主垂已有疾，既至五原，珪使人邀中山之路，伺其使者，尽执之。宝等数月不闻垂起居，珪使所执使者临河告之曰：‘若父已死，何不早归！’宝等忧恐，士卒骇动。”“燕魏相持积旬，赵王麟将慕舆嵩等以垂为实死，谋作乱，奉麟为主；事泄，嵩等皆死，宝、麟等内自疑。冬，十月，辛未，烧船夜遁。”时间一长，后燕大军人心浮动。有将领认为慕容垂已死，打算另立新君。十月下旬，见众将士无心恋战。慕容宝只好下令撤军回国。
这时候，黄河还没结冻，北魏军又没有渡船。慕容宝认为拓跋珪追不上自己，就没有留下斥候侦察。但不料十一月初，黄河突然结冻，拓拔珪喜出望外，令堂兄拓跋遵领骑兵七万，堵塞燕军南归之路。自己则挑选两万精骑踏冰渡河，日夜兼程，追到了参合陂（位于今内蒙古凉城东边的岱海，一说位于今山西阳高）。
当时，后燕军在陂东的一条河边扎营。
参合陂之战示意图
拓跋珪了解情况后，连夜部署，令士卒悄悄登上山头。第二天清晨，后燕军一觉睡醒，发现漫山遍野都是北魏军，顿时混乱不堪。拓跋珪趁势驱兵攻击，后燕军轧死、淹死者数以万计。慕容宝带着溃兵逃亡，还没喘口气，又遇上拓跋遵的七万骑兵。最终，除几千人追随慕容宝逃脱外，其余五万多人，以及包括鲁阳王慕容倭奴在内的几千文武官员，全做了俘虏。参合陂之战，后燕元气大伤。
慕容宝逃回国内，不甘心失败，便怂恿老爹亲自出马。慕容德也对慕容垂说：“虏以参合之捷，有轻太子之心，宜及陛下神略以服之，不然，将为后患。”之前不听劝，现在没办法，慕容垂也只能亲自挂帅出征。
太元二十一年（396年）三月，慕容垂亲率大军秘密出发，凿开太行山道，出其不意地奇袭北魏军刚刚占据的重镇平城（山西大同），击毙拓跋珪的弟弟拓跋虔，威震北魏全境。
得知慕容垂亲自前来，拓跋珪吓得不轻，一度竟不知往哪里逃。但就在这时，慕容垂死了。
四月下旬，后燕军行至参合陂。望着那巍巍的山坡上，无名河谷中，堆积如山的燕军尸体，慕容垂羞愤呕血，病情加重，最终病逝于军中。随后，慕容宝继位。曾经最有希望统一北方的后燕，顿成一盘散沙。
得到慕容垂病故的消息，拓跋珪立即出击，发兵四十万，进攻晋阳（山西太原）。此役，后燕军惨败，晋阳失守，并州陷落。慕容宝大惊失色，急忙召集部下商议对策。然而众人吵吵嚷嚷，商议半天，没个结果。最终，慕容宝将意见汇总，做了一个最糟糕的决定：各地守军紧闭城池，打持久战。等敌人疲惫后再进攻。
拓跋珪
后燕军坐困愁城，北魏军如入无人之境。很快，后燕国土就被北魏军拦腰切断。拓跋珪也没想到后燕溃败得这么迅速，心生入主中原之意。而慕容宝这时候还做着白日梦。
此后，回过味来的慕容宝与拓跋珪几次交手，都是惨败。损兵数十万。至隆安二年（398年），败局已定，慕容宝只好放弃中原，将都城迁回龙城。迁都不久，慕容氏高层内讧不断，慕容宝被杀。此后几年，后燕皇帝变成高危职业。
义熙三年（407年），后燕大将冯跋拥立慕容宝的养子慕容云继位。仍以燕为国号，史称“北燕”。但慕容云是高句丽人。因此可以说，后燕实际上灭亡了。
北边的慕容氏族人跑回了老家，留在中原的族人回不去，便在慕容德的带领下，南走河南滑台，后于山东建立新政权，史称“南燕”。
北魏入主中原之初，由于消化占领区需要一些时间，便没有对南燕、北燕发动进攻。这两个小朝廷，也得以苟延残喘。
慕容超
义熙元年（405年），慕容德病死，其侄子慕容超（慕容德的兄长慕容纳之子）继位。
慕容氏似乎有个规律：慕容皝的儿子都是枭雄，而孙子却大多是废物。慕容超也不例外。上位不久，慕容超搞得南燕民不聊生。东晋大将刘裕见此良机，乘势北伐，灭亡南燕，重新将山东半岛复为晋土。慕容超被晋军活捉后，随亲族数千人，一起被押往建康（今南京）斩首。至此，建国十三年，传国仅两代，由慕容氏建立的最后一个燕国宣告覆灭。
但政权消亡，不等于慕容氏退出历史舞台。后燕覆灭时，慕容恪之孙慕容腾投效北魏，被封为燕郡王，延续了慕容氏的嫡传血脉。慕容腾的曾孙慕容绍宗在北魏分裂后，为东魏屡立战功，跻身唐、宋武庙六十四将（宋为七十二将）之列。慕容绍宗有两个儿子，一个叫慕容士肃，曾仕北齐，官至散骑常侍，后因谋反被杀。另一个叫慕容三藏，又名慕容建中，历仕北齐、北周、隋朝，官至大将军、叠州总管，被封为河内县公。是大隋开国文武大臣之一。
另外隋唐交替之际，当初改姓为“吐谷浑”的吐谷浑王族，改回了慕容姓。
时间来到五代十国时期，慕容氏又冒出两个大佬。一个是后汉高祖刘知远同母异父的弟弟慕容彦超，据说是慕容吐谷浑的后裔。后周初年，慕容彦超勾结南唐反周，兵败自杀。一个是北宋开国元勋慕容延钊，据说是慕容廆的后裔。对慕容延钊，赵匡胤一生以兄呼之。因此北宋一朝，慕容延钊的后人混得风生水起。而随着时代发展，慕容延钊及其后人，早就融入了汉族，从不以鲜卑人自居。
