敦煌博物馆成立于1979年，现馆建成于2011年。建筑方案由中国建筑设计研究院建筑大师崔恺主持设计，整个建筑外形、色调融长城、烽燧及古城堡式建筑等文化符号于一体，美观、庄重、大方。现馆建筑面积7500平方米，内设展厅、文物库房、放映厅、休息厅等，以《华戎交会的都市》为展览主题，共设6个展厅。博物馆内设施齐全，功能完善，是弘杨敦煌文化、展示敦煌古代文明的重要窗口，也是敦煌学又一个重要的研究基地。
现馆藏石器、陶器、铜器、瓷器、丝绸、汉简、砖刻等14类馆藏文物13481件（套），其中，一级文物138件（套），二级文物411件（套），三级文物1404件（套）。上迄新石器时期，下至明清时代，以汉唐文物最为丰富，史料价值最高，是古丝绸之路兴盛辉煌的历史印记。
1、唐•十万颂般若波罗蜜多经
敦煌博物馆里藏着许多珍贵的文物，其中之一就是唐十万颂般若波罗蜜多经的第一卷第五十三品。这幅画卷不仅是佛教艺术的珍品，更是历史的见证。
2、魏晋唐等朝代彩绘/画像砖等
这些画像砖通常以陶土制成，表面施以彩绘，题材广泛，包括人物、动物、花卉、神话故事、佛教题材等。敦煌博物馆的彩绘画像砖在艺术表现上具有鲜明的地域特色和时代特征。它们继承了汉代的绘画传统，同时又吸收了外来文化的影响，形成了独特的敦煌艺术风格。这些画像砖的色彩鲜艳、线条流畅，构图讲究对称与均衡，体现了古代工匠高超的技艺和审美情趣。
3、唐•彩绘陶镇墓兽
国家一级文物，唐代，高100厘米，面长50厘米，宽32厘米，1995年新店台——佛爷庙墓群出土。镇墓兽是我国古代墓葬中常见的一种神兽，是为镇摄鬼怪、保护死者灵魂不受侵扰而设置的一种冥器。从考古发现的情况考察，镇墓兽最早见于战国楚墓，流行于魏晋至隋唐时期，五代以后逐步消失。
4、十六国•北凉石塔
北凉石塔，这座公元304—439年间建造的石质佛塔，是敦煌三危山王母宫的珍贵遗物。它的高度为36厘米，底径为12.7厘米，现藏于敦煌市博物馆。作为中国现存最古老的佛塔之一，这座石塔不仅是中国十四座北凉石塔中的一员，更是佛教艺术与传统文化结合的生动例证。
5、元•梵文沙符木刻板
敦煌市博物馆藏。一级文物，1979年敦煌马圈湾硝场出土。长15.6厘米，宽10.5厘米，厚1.6厘米。木刻板为长方形。红色。板中刻一佛二菩萨。佛左、右刻有舍利塔。空间刻有莲瓣。佛、塔外周刻梵文经。图案阳刻，梵文阴刻。一面涂金色，用墨线绘“八宝”图案，四周刻莲瓣纹。
6、藏文“六字真言”石经版
元代。西湖马迷兔附近出土。长32厘米、宽26厘米。
7、魏晋•通信校尉 银印
魏晋“通信校尉”银印。长2.5厘米、宽2.5厘米、高2厘米。七里镇三号桥墓葬出土。
8、汉代《太初历》简册
在敦煌博物馆的众多珍宝中，一件汉代《太初历》简册尤为引人注目。这件简册长36-37厘米，宽0.6-1.3厘米，以木质制成，采用编册横读的方式，字迹清晰可见，书写方式为隶书。根据考证，这份历书简册正是汉武帝时期推行的《太初历》。这份在敦煌清水沟汉代烽燧遗址出土的《太初历》简册，是我国迄今为止发现的最早、最完整的《太初历》简册。它不仅具有极高的历史价值，也为我们研究汉代历法和文化提供了宝贵的实物资料。
9、汉木篦
西汉，一级文物。木质，长9厘米、宽6.2厘米、厚0.7厘米。1992年悬泉置遗址出土2011年省考古所移交。
10、汉熊足砚
汉代，一级文物。1982年敦煌市南湖林场汉墓出土。直径12厘米，高2.5厘米。灰色，石质较细，圆形，圆形石砚下有等距离的三足，三个足为熊头造像，圆目怒齿，雕刻精致。砚池平整，微凹。砚外缘有一圈下陷小台，似为盖盖的合口，盖佚。外沿阴刻一周锯齿纹。
