李自成攻破北京，仅仅在北京呆了42天，就在顺治元年（1644年）四月二十九日夜，率领人马黯然撤出北京城。
李自成出京后，就让左光先、谷大成二人率两万骑兵断后，又在撤退的路上，从卢沟桥一直到固安，沿路丢奔“盔甲衣服盈路”，这么做的目的是引诱吴三桂等率领的追兵拾取，借机延缓追兵。
李自成这个方法还真是有效，他暂时摆脱了敌人，得以西走。
李自成一路败退得很急，五月一日，李自成率军来到涿州，遭到了当地原明朝官绅冯铨等人的抗拒，攻城失利，加之追兵即到，只好弃之而去。
李自成撤出北京城后，这个消息马上就有人报告给了当时满清的实际掌权者多尔衮。多尔衮得到消息后，就在四月三十日下令诸王、贝勒、贝子等人，率领八旗兵追赶，吴三桂也受命追击。这就形成了李自成在前面跑，清军在后面紧紧追赶的形势。
其实在这个时候，清军才刚刚开进山海关，而且刚刚得到北京城，当然要稳固一下。于是吴三桂等所率的追兵，追到固关之后，便停止了追击，并很快撤回北京。至此满、吴、李三方大战告一段落，李自成与清军之间以固关为界暂时休战。
李鸿基
按理说此时的李自成虽然经过了一片石大战的失败，退出了北京城。但是他还是有着很强的实力的，但是之后的大顺军在和满清的八旗军战斗中，一败再败，果然没有和大明军队作战的那种威风，以致于大顺政权在第二年居然就遭到了覆灭，真是可悲可叹！
随着清军对大顺辖区展开进攻，许多原来的归降李自成的明朝官绅乘机脱离起义军，投降清朝，有的不仅自己投降清朝，而且利用自己的社会联系，帮助清朝搞招降。
这种一人投降，带动一片投降的现象当时在起义军中非常的普遍，无论是正史还是时人的笔记，都有着很多的记载，这就足以说明，这种大批的投降、招降，在当时属于常态。
前明官员大批的投降清朝固然和他们本身的趋炎附势有关系，但是不能否认的是，投降的原因和李自成起义军的追赃助饷政策有着很大的关系。李自成的追赃助饷，不仅在北京实行，而且在所能控制的所有地域都照行不误。这些从那些当时士大夫所写的纪闻就可以看出来。
正是基于这个原因，在李自成起义军撤出北京之后，晋、冀、鲁、豫地区，掀起了原明朝官绅屠杀大顺政权地方官吏、颠覆大顺地方政权的恶浪！
爱新觉罗・阿济格
李自成刚刚撤离北京不久，这些原明朝官绅的反叛活动就使得大顺政权在二十多天里基本上丢掉了山东、河北两省以及晋北、豫东地区，大顺政权在北方已经变得岌岌可危了。关于前明朝官员背叛李自成，投靠满清，即使是满清贵族也是觉得匪夷所思。这一点从阿济格的一封奏章可以了解一些端倪。阿济格在顺治二年（1645年）二月十七日向清朝廷报告"平定三秦”情况时说：“大军入边，沿途則，八战皆捷，秦属州县，攻下者四城，投降者三十八城。”
李自成是经过长期复杂的政治军事生活锻炼的农民起义领袖，政治经验丰富，个人修养也达到了一定的水平，因此在起义军的那些将领中，他不仅地位最高，而且在处理各种军政事务中，也最老练。
但是不可否认的是，李自成并不是一个超凡脱俗的完人。李自成的起义军撤出北京，政治形势变得对起义军极为不利，而且起义军从旗开得胜、蒸蒸日上，突然成为进退维谷，处境窘迫，这些对于李自成来说，无疑是一个残酷的打击。
如果李自成能够做到处变不惊，面对困境，逆流而上的话，那么起义军的前途也不会崩溃得那么快。但是李自成却没有做到，他此时却因忧虑、苦恼而急躁起来。他的脾气变得越来越暴躁，处理事情也更加的急躁。
李自成撤离北京后，性情也发生了很大变化。原先，李自成性格还算豁达，并非刚愎自用、戾狠猜忌之人。但他在仓促称帝后匆匆撤离京师西走途中，看到原先投降自己的大片区域又纷纷背叛自己，很多还投降了清廷，大顺的占领区转瞬间又落入清廷之手，原先归附自己的众多明朝旧官员此时又相率离自己而去，转而南逃或归降满清，所以他对部下变得不信任起来，疑神疑鬼，开始猜疑、防范、暴躁、嗜杀。
李鸿基
宋企郊原本是明朝扬州府推官，以贤良著称，归降李自成后颇受倚信，被任为吏政府尚书。在撤军途中，有人密告李自成，说宋企郊用人不公，任人唯亲，其亲朋好友及乡党大都得到美差。李自成勃然大怒，也不派人仔细访察，在撤往关中的路上不分青红皂白地让人用铁链把宋企郊“锁其颈”加以治罪，像对待囚犯一样将其押送西安。直到抵达西安后，李自成察觉有异，这才下令将宋企郊释放，仍任原职掌吏政府。这一惊一乍， 已让宋企郊苦不堪言，心灰意冷。
“以故太常卿张第元为兵政尚书”，“第元之从于韩城也，自成猝问之曰：‘尔家在河北，无恙乎？’第元仓卒，不识忌讳，递应曰：‘人皆以其为贼官，相屠害。’自成大怒，立诛之”。一个堂堂兵政府尚书就因为一句“无心快语”而丢了脑袋。李自成对如此重要的官员尚且随意加害，或如同儿戏，这使他麾下所有的文武官员都惶恐不安，生怕哪天不测之祸就会降临到自己头上。
张始然也是明朝旧官，他归降大顺政权后被李自成委任为刑政府尚书。张始然目睹宋企郊和张第元的遭遇后，心里很害怕，深怕办事不合李自成心意，给自己惹来杀身之祸，故竭力谄媚、迎合李自成。一次拟奏疏时有点疏漏，遣词造句不够注意，李自成看了他的奏章后显得有些生气，但未当场发作。张始然看到李自成面带怒意，心中非常恐惧，回家后竟然和老婆一起双双自缢而亡。
巩育是大顺政权礼政府尚书（相当于明廷礼部尚书），李自成命他“更定威仪服式”，由于他制定的君臣礼仪和官服制式不合李自成之意，竟被施以杖刑，“杖之几毙”。一个礼部尚书竟差点被当众活活杖死，这种情况在卷帙浩繁的中国历史上也是极为罕见的。
户政府尚书李天笃因小过而遭贬谪，事后李自成忽然想起来，认为处罚太轻，旋即再次下令追加处罚令，命“缢杀之，妻子财物皆赏军”。这些都是大顺政权高级官员，在李自成喜怒无常的淫威下尚且朝不保夕，一些低级官员则更是常因小过失而被处以极刑，如何用刑、怎样惩治，似乎轻罪重判更合李自成心意，“民有盗人一鸡者论死，惴惴莫敢犯法”，这种严刑峻法在李自成攻占北京之前几乎从没见到。他这样做似乎是杀人立威，想用高压来控制部下，以防麾下将士、官吏背叛自己。实际上这种高压政策却适得其反，和他的初衷背道而驰，不少部下甚至心腹因担心自己遭遇不测而想方设法地逃跑。
唐通
唐通本是明宣府总兵，李自成攻居庸关时他率众投降。李自成很信任降将唐通，曾受命率部开赴山海关接替吴三桂军防务。后吴三桂因家变“冲冠一怒”，旋而复叛，击走唐通夺回山海关。李自成在山海关一片石大败失利后，唐通随之西撤，奉命随李过、高一功驻守保德、河曲黄河一线。在清军、吴三桂军步步紧逼的情况下，唐通屡屡受挫，旋又率部投降了清军，突然向李过、高一功部发起进攻。他后来甚至率军开到李自成的家乡陕北延安、米脂一带，大肆抓捕、屠戮大顺军的眷属、亲朋故旧，同时派兵第二次掘了李自成的祖坟（第一次是明朝米脂县令边大绶带人平毁李氏祖坟）。
随后，李过率军击走了唐通，但河曲、保德一带却被清军占据，严重地扰乱了大顺军的防务，关中也变得岌岌可危起来，给大顺政权造成了极大危害。唐通的反叛及大地刺激了李自成，也使李自成对降将们更不放心，甚至对一些降将采取监视措施。
李自成于顺治元年（1644年）八月间返回西安，随即在城内修建“祖祢庙”，以祭祀父祖在天之灵。八月二十一日是李自成生日，他在当天身穿山龙衮衣，到祖祢庙里举行隆重的祭祀仪式。从他设立祖庙一事可以看出，他要在其老巢西安长期据守，他要固守关中，把陕西腹地建成大顺政权的统治核心或根据地。但是，他这一计划不久就彻底沦为泡影。
