按照《明史》上的说法，当年朱棣打进南京城场景非常混乱。朱棣将麾下势力分为四股，以求稳固局面。最强的一批人，以徐达之子徐辉祖的名义，加入到了反抗军之中。第二支军队前往王宫，保护建文帝。第三部，将被建文帝陷害的诸位皇子从地牢里救出来。而第四部就是朱棣所率领的预备役部队了。

由于徐辉祖的顽强反抗，第一主力军团前进的速度很慢，双方陷入了僵持之中。不过这一路下来，倒也算是“顺利”，只有一支小队例外。因为被囚禁的人死的死跑的跑，所以这支第二小队并没有花费太多的功夫，就将所有的王爷都救了下来。不过，朱棣还没有来得及与自己的哥哥们好好叙叙，三军那边却传来了“皇宫大火”的噩耗。

朱棣吓得魂飞魄散，急忙增兵入宫扑灭大火，并下令所有人都必须“保护好”建文皇帝。因为大火太大，部下最后在瓦砾中发现了两个被烧成灰烬的人，他们推测这应该是建文皇帝的遗体。朱棣是个多疑的人，他不敢肯定这件事的真实性，所以才会迟疑要不要将这件事公之于众。就在朱棣犹豫不决之时，姚广孝这个“狗头军师”一眼就看出来了，他向朱棣发出了一个信号：这一定是皇上与太后，王爷要尽快把消息传出去。

朱棣何等精明，哪里听不出姚广孝话里的弦外之音。他毫不迟疑地说出了这两人的身份，然后搂着两人的身体痛哭流涕，说自己是来“惩处奸臣”的，为什么两人会被叛徒所杀。朱棣大叫一声，将建文皇帝的尸体埋了，然后和姚广孝商量着继位的事情。朱棣有雄心壮志，他也有登基之志，但是他知道，他这个“名正言顺”的登基并不容易，不但得不到民众的认可，就连南京城中的民众都会对他不满。姚广孝便向朱棣提议，让朱棣暂缓登基为帝，待得“天命所归”之后，再让他“名正言顺”的登基为帝。

而建文大帝，更是没人在意。至此，靖难之战告一段落。既然如此，建文帝为何非杀不可？如果你们去翻阅这一页的话，就会知道，不管建文帝做出什么样的决定，最后都是死路一条。当初建文帝自杀的事情传出后，很多人都对此表示怀疑。但朱棣却坚称，建文帝驾崩了。以他的城府，知道建文帝一天不死后患无穷。

毕竟，建文帝可是朱元璋钦点的皇位接班人，比起他现在只是一个“冒牌货”，实在是不知道要好多少倍。哪怕是暂时的囚禁，他也会想办法干掉对方。就算是建文帝真的下落不明，朱棣也绝不会将建文帝还在世这件事情公布出去。