在魏晋南北朝时期，哲学思想和理论被统称为魏晋南北朝哲学。这个时期有369年的历史，其中只有西晋的35年实现了统一，其他时候都是分裂的，这种分裂让这个时期的哲学思想变得多种多样。主要的哲学思潮包括魏晋玄学、南北朝佛学、儒教经学和道教思想。魏晋玄学在两汉神学经学衰落之后，以简约、精致、思辨性强、覆盖广泛的形式出现。
正始年间，何晏、王弼通过《老子》《庄子》《周易》三玄阐述玄学贵无理论，认为“有之所始，以无为本”，提倡“天地万物以无为本”，并强调“崇本息末”“举本统末”，将秦汉宇宙生成论转变为魏晋宇宙本体论，理论思维上实现了重大发展。郭象反对世界万物有主宰，认为万物自生独化，而裴倾强调万物自然产生，提出“崇有”思想。
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王弼的贵无理论以自然为本，名教为末，玄学家的末流以此为放荡虚浮的依据，受到裴颌和郭象的批评。阮籍、嵇康因反对司马氏集团的虚伪礼教，表现出反儒倾向，提出“越名教而任自然”的命题。玄学家在阐释三玄时还强调发挥义理之学，提出了与玄学本体论一致的“得意妄言”、“得意忘象”等方法。欧阳建对此提出批评，强调言尽意论。此外，魏晋年间还有其他哲学家提出各自的思想，如杨泉提出“立天地者水也，成天地者气也”的自然观，鲍敬言提出针对门阀士族的“无君论”思想。
东晋时期，玄学与佛学开始融合，名士与名僧通过讲佛教般若学来补充、发挥魏晋玄学，形成佛教玄学，并出现六家七宗。中国僧人深入研究佛教理论，结合中国实际，创新和发展，形成佛教中国化。佛教在南北朝时期因统治者支持而占据统治地位，形成特殊僧侣阶层。鸠摩罗什及弟子僧肇在关中形成般若学研究中心，道安及弟子慧远在庐山形成兼容大小乘的佛教研究中心，道生阐述了独创的涅槃佛性论。
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南北朝时期，佛教宣扬灵魂不灭、转世轮回、因果报应，适应了统治者欺骗人民和自我麻醉的需要，但也遭到无神论者的反对，引发神灭与神不灭之争。东晋末年的戴逵、南朝初的何承天，以东汉桓谭“烛火喻形神”的神灭思想反对神不灭和三世轮回。范缜继承并发展前人的无神论思想，宣传富贵贫贱皆是自然现象，否认萧子良宣扬的佛教思想。范缜的《神灭论》和《答曹舍人》论述“形神相即”和“形质神用”思想，批判了佛教神学的理论基础神不灭论。范缜的思想克服了先秦以来唯物主义者以烛火喻形神理论上的缺陷，将无神论推向新阶段。
魏晋南北朝时期，道教也得到进一步发展，由民间原始道教上升为服务于统治者的道教。道教代表人物包括葛洪、寇谦之、陶弘景。在道教哲学上，葛洪等视“道”为造化之根、神明之本及天地之元。道教徒将“道”人格化为神，将老子神化为天尊等。葛洪、陶弘景还提倡炼丹以求长生之术，其中保存了丰富的药物学、原始化学及天文学科学知识。
魏晋南北朝时期的佛教和道教在生死、形神等问题上看法不同，但也互相吸收。北朝寇谦之撰《老君音诵诫经》，模仿佛教戒律形式；南朝陶弘景撰《真诰》记述真人弟子学佛，吸取佛教地狱转生说。佛教中也有受道教炼丹求长生思想影响的地方。佛教和道教还存在互相争夺宗教正宗地位的斗争。
魏晋南北朝时期，儒家经学虽然失去独尊地位，但作为官方肯定的维护封建宗法制度的经典依据，仍保持思想文化上的正宗地位。王肃是魏晋朝廷典章礼制的重要顾问。何晏的《论语集解》和王弼的《周易注》构成玄学经学。东晋时期，经学得到发展，韩康伯以玄学解《易》，范宁集解《春秋谷梁传》等。经学力破汉代经学家法界域，融合儒道，义理、训诂并行不悖。南朝经学因封建宗法制度的需要，在政治、伦理、哲学等方面都有经注，并在训诂之学、义理之学方面得到很大发展。北方少数民族因社会制度的需要，更热心于儒教经学。北朝封建制度的建立，道德风俗的树立，更热衷于训诂典章制度，呈现出南北不同的学风。
魏晋南北朝时期，儒、道、释三教之间存在互相排斥和争辩，争辩又促使三教互相
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融合，为宋明理学的产生奠定了基础。
魏晋南北朝哲学是中国哲学史上的一个重要时期，这一时期哲学思想呈现出多元发展的态势。
从本体论角度来看，魏晋南北朝时期的哲学家们对宇宙的本原和本质进行了深入的探讨。他们提出了诸如“有生于无”、“无中生有”等哲学观点，试图揭示宇宙万物的生成和变化规律。这些观点不仅丰富了中国哲学的思想宝库，也为后世哲学的发展奠定了基础。
在认识论方面，魏晋南北朝时期的哲学家们强调直觉和体悟在认识过程中的重要性。他们认为，通过直觉和体悟可以把握事物的本质和真理，而无需依赖繁琐的逻辑推理和概念分析。这种认识方式体现了中国哲学注重直观、强调内省的特点。
此外，魏晋南北朝时期的哲学还涉及伦理学、政治哲学等多个领域。在伦理学方面，哲学家们探讨了道德的本质、善恶的标准以及道德修养的方法等问题。在政治哲学方面，他们则关注了政治权力的来源、君民关系以及政治制度的合理性等问题。这些探讨不仅反映了当时社会的政治状况和思想风貌，也为后世政治哲学的发展提供了有益的借鉴。
总的来说，魏晋南北朝哲学是中国哲学史上的一个重要阶段，它承上启下，连接了先秦哲学和隋唐哲学，为中国哲学的发展注入了新的活力和思想资源。
