1937年1月20日，根据美国宪法第20条修正案，罗斯福提前宣誓就职。权力的欲望是没有穷尽的，尽管他已经成功连任，民主党也把持了美国39个州的州长位置；尽管他已经控制了国会参众两院，参议员中民主党籍议员超过了2/3，但罗斯福仍不满足。他将目光投向了最高法院。
1933年的春天，罗斯福刚一上任颁布了一系列的法案，得益于这些法案的实施，美国从经济衰退中被拯救了出来。但最高法院裁决新政中的6项法案违宪，还否决了总统对独立管制委员会成员的人事任免权。这一点并不意外，也并非罗斯福行事草率。面对当时的紧迫局面，很多法案都是在很短的时间内制定出来的，国会为了尽快将法案付诸实施，在审议和表决时也大开绿灯，这虽然提高了效率，但法案细节往往没有经过仔细推敲，留下了很多瑕疵。
如果罗斯福能够正确看待这一点，他应该将法案一步步完善，但他没有这么做，而是认为最高法院在为自己设置障碍。于是他决定向法官们开刀。就是在这种想法的驱使下，罗斯福在第二任期的前半段犯下了三个错误，也差点毁掉了自己的政治生涯。
1936年2月2日星期六，罗斯福在白宫为最高法院大法官举行年度晚宴。在受邀宾客中，9位大法官来了7位，另外两位因身体不适缺席。在宴会上罗斯福谈笑风生，吃过晚餐后他和两位担任大法官的旧友一边畅谈，一边品尝着白兰地和雪茄。没有人意识到这次晚宴背后隐藏的杀机。
罗斯福早在1935年1月就计划改组最高法院，他让司法部长卡明斯寻找对策，目的是撤换一批最高法院大法官，以便自己能控制最高法院，从而将联邦政府的白宫、国会和最高法院都掌握在手中。
卡明斯和罗斯福多次商谈，最初前者提出一个迂回策略，也就是沿用之前民主党成功使用的办法，以提出宪法修正案来达到扩充商业条款为目的，这样就可以让新政颁布的法案不再违宪。但罗斯福不同意，他给出的理由是程序太繁琐，其实卡明斯并没有领会罗斯福的意图。
卡明斯又提出增设最高大法官的办法，总统有提名权，这样也能将自己人安排进最高法院。参议员阿什赫斯特提出等大法官中有人主动去职再填补空缺，或者限制最高法院的上诉管辖权。这几个方案后来都被否定了。
在司法部像小山一样高的档案中，卡明斯找到了一个好方法。现任大法官麦克雷诺兹在1913年担任司法部长时曾经提出过一个议案，要求法官任职10年或者年龄超过70岁，允许总统在参议院的同意下推荐新的法官。当时9名大法官有6人符合上诉条件，如果这个议案重新提出并通过，最高法院里支持总统的人将占多数。
罗斯福对这个办法非常满意，为了不提前泄露消息，知晓此事的人仅有几个人，就连参众两院的议长和多数党领袖事前也毫不知情。
2月5日，罗斯福召开紧急内阁会议，在会上宣布了自己的提案。他解释说，现在最高法院的工作效率低下，去年共有803宗诉讼提交，被最高法院受理的仅有108宗，所以有必要增加最高大法官，以提高工作效率。
稍微有些政治头脑的人都知道这项法案的分量，当消息传到首席大法官查尔斯·休斯那里时，他当时正在和大法官们开会。会场上死一般的沉寂，每个人都在仔细阅读草案内容，他们清楚一场暴风雨即将到来。
罗斯福犯了一个低级错误，他给出的理由并不成立。根据历史统计，休斯领导的最高法院工作效率并不低，而且与以往相比，受理诉讼的比例还算是高的，所以用效率来支撑这项法案并不充分。还没等休斯发难，参众两院的多数党领袖首先表达了不满。这样一项重大问题，总统都没有事先透露一点风声，更谈不上与议员们商量。
众议院议长班克黑德、多数党领袖雷伯恩和司法委员会主席萨姆纳斯要么沉默，要么直接反对，没有人支持罗斯福。萨姆纳斯甚至拒绝让众议院司法委员会审议该草案，将它直接甩给了参议院。
参议院议长、副总统加纳一贯支持罗斯福，但他也公开反对这项议案。参议院多数党领袖鲁滨逊持谨慎态度，他表示不赞成该提案，但觉得应该支持总统的决定。参议院司法委员会主席阿什赫斯特此前给罗斯福提过建议，但他对这项提案内容并不知情，他的态度和鲁滨逊一致。
由于分歧太大，阿什赫斯特把审议听证会推迟到3月举行，他希望到那时无论是赞成还是反对，都能够听到一种清晰的声音。3月22日10时听证会如期举行，此前对议案持反对意见的代表人物惠勒首先发言。他强调自己不愿意反对总统的决策，但不认同总统对最高法院效率低下的指责。然后他拿出了一沓信纸，那是最高法院首席大法官休斯让他带给参议院的一封信。
作为一名德高望重的首席大法官，甚至历届首席大法官都会避免活跃在公众争论中，所以参议员们得知休斯采取行动时相当意外。休斯在信中反驳了罗斯福的责难，然后他又写道：“增加大法官意味着一件案件需要更多人临讯，更多人参与会议，更多人参与讨论，更多人做出判决，因此反而降低工作效率。”
第一次听证会无果而终，这对罗斯福已经是一个相当大的打击。参议院里有69名民主党籍参议员，超过2/3多数，这种情况下没能得到多数人支持，已经预示着党内开始分裂。
休斯没有彻底站在总统的对立面，他和身后的最高法院作出了妥协。在接下来裁决《最低工资法》和《劳动关系法》时给予了罗斯福支持。如果罗斯福能见好就收，那么后面的危机也就到此为止，但他没有这么做。
在接下来的几个月，法案在参议院进行了多次讨论都没有结果。7月14日，居中为难的参议院多数党领袖鲁滨逊在家中突发心脏病去世。而罗斯福因为鲁滨逊“办事不力”竟拒绝参加他的葬礼，此举激怒了众多议员。参议院议长、一直唯罗斯福马首是瞻的加纳当着他的面说：“你失败了，提案不会获得通过！”7月20日，参议院以20:70否决了这项提案。
对最高法院的攻击失败后，罗斯福相当窝火。他认为国会的议员们“背叛”了他，所以他又决定对国会开刀。
鲁滨逊去世后就需要寻找一个替代者，候选人有两位，分别是哈里森和巴克利。其实这两个人都是罗斯福的坚定拥护者，在刚刚结束的与最高法院的斗争中也支持罗斯福，所以无论谁当选对罗斯福都没有负面影响。
根据以往的经验，罗斯福承诺不会干涉选举，但临近投票时，罗斯福改变了立场，他希望巴克利能当选，因为对方更好相处。白宫公布了一封罗斯福写给巴克利的信，信的开头写着：“我亲爱的阿尔本……”
这是一个明显的个人倾向，议员们察觉到了一个可怕的事实，总统在直接干预国会内部选举。抗议声不仅出现在参议院内部，当罗斯福让自己的心腹，邮电部部长法利给芝加哥市长打电话，让后者支持巴克利时，法利拒绝了。一些议员在总统的压力下改变了立场，转而支持巴克利。最终巴克利以38:37击败哈里森。
这场胜利毫无意义，人们加深了对总统的怀疑，觉得他愈发奸诈。副总统加纳愤怒地表示：“总统侵犯了立法部门的权力，没有一个总统应该这么做！”同时哈里森还担任着参议院财经委员会主席的职位，他如果想破坏或者拖延白宫今后的立法事务简直易如反掌。
众议院的情况也好不到哪里去，资深的议员对执行新政的那些“小鬼们”傲慢的态度越来越不满。当有人主张建立一个新的民主党领导机构（暗示踢走罗斯福）时，没有人出面表示反对。
罗斯福这个时候还是没有意识到问题的严重性，他邀请议员们来白宫做客，其间却挖苦他们说：“那些背叛我的人应该带着保镖一起来。”
罗斯福在1937年犯下的第三个错误发生在经济领域。1937年的春天，美国国内生产总值已经显著回升，薪水发放记录显示民众收入有了明显提高，钢铁业开工率达到80%，道琼斯指数从低位34点回升到190点，失业率降到12%，是1933年的1/3。如果算上公共资源保护组织和公共事业署创造的就业机会，实际失业率仅为4%。
亮眼的数据让罗斯福认为美国已经完全走出了经济危机，也是时候大幅削减政府开支、维持财政预算平衡了。6月起，公共事业署的项目被大幅缩减，农业补助金也同样削减，美联储将存款准备金率提高了一半。1937年的财政赤字因此减少到了27亿美元，比去年的43亿削减了超过三成。
大幅度减少公共支出超出了经济承受能力。10月19日，道琼斯指数遭遇重挫，到10月底已经跌至115点。工业生产收缩，至当年底产量只有产能的19%。夜总会和旅店纷纷倒闭，汽车销量大跌。至1938年3月，失业人口增加了400万人。《纽约时报》的商业指数跌到85，几乎将1935年以来取得的成果全部吐回。
面对因政府减少支出导致的经济低迷，内阁的意见分成两派。财政部部长摩根索认为：现在应该“解开绷带、扔掉拐杖，让经济自立，看其能不能依靠自己的力量站起来”。大多数人表示反对，认为应该将支出恢复到原来的水平。罗斯福在这件事上选择了观望，这和1930年胡佛的做法一样。在1938年1月国会重新开会时，他甚至都没有提及经济问题。摩根索对罗斯福说：“我觉得您在玩火。”
在涉及民生和弱势群体的问题上，人们看到罗斯福也不像以前那么热情。例如当时美国南方严重的“白人对黑人使用私刑”的问题已经越来越严重，自1933年以来，在公共场合被处以绞刑的黑人达到83人，平均每年17人。人们开始不满足于此，南方甚至出现了在社区庆典上公然对黑人实施绞刑，疯狂的男女和小孩在刑前还会折磨这些无辜的受害者。
罗斯福对这些问题仍然采取旁观的态度，他似乎在用一种消极的方式表达内心的愤怒。与此同时，他的几个子女都陆续成年，长女安娜在经历一段失败的婚姻后，与新闻记者在西雅图成了家，《西雅图邮报》的老板给罗斯福的女婿提供了一份3万美元的高薪，这还不包括销售提成，安娜也成了一名专栏作家，年薪1万美元。这样的薪水已经远远高于当时的平均工资水平。
长子詹姆斯更换了很多工作，他在罗斯福毫不知情的情况下打着父亲的旗号以权谋私，有一次他为一名华尔街的客户充当说客，纽约证券交易委员会主席威廉·道格拉斯跑到白宫向罗斯福以辞职表达抗议。道格拉斯回忆说：“当时罗斯福像小孩那样抱头痛哭了好长时间。”
次子埃利奥特是个花花公子，这一点与他同名的外公倒是很像。埃利奥特就在罗斯福第一次问鼎白宫时抛弃了仍在襁褓中的孩子和妻子，他的妻子是宾夕法尼亚州钢铁巨头的女儿。父子二人的关系因此降到冰点，埃利奥特给白宫打电话，他对父亲说自己已经身无分文，罗斯福则告诉他自己的银行已经倒闭了。埃利奥特说他打算去加州闯荡，罗斯福说：“你走得越远越好。”
尽管嘴上不饶人，他还是给加州的一位银行家打了电话。当埃利奥特来到达拉斯时，《洛杉矶评论》杂志以3万年薪聘请埃利奥特担任航空专栏编辑。1934年，埃利奥特也和哥哥一样打着父亲的旗号，想促成一笔50架运输机的海外订单，他能在其中获得50万美元提成，在事情最终流产后，他仍然拿到了5000美元。此类事情数不胜数。
1938年的国会选举可以说是民众对罗斯福的严重警告，民主党在众议院丢掉了81个席位，参议院则几乎全军覆没。同时13个州的州长职务被共和党人夺走。罗斯福成了跛脚鸭，这才让他意识到如果继续颓废下去，共和党人将在两年后入主白宫。
在1939年之前，罗斯福很少干预外交事务。30年代美国专注于恢复国内经济，美洲大陆以外的事务对于他们太遥远。1935年意大利入侵埃塞俄比亚时，美国没有发表谴责声明。《纽约先驱导报》专栏作家沃尔特·李普曼在1936年1月写道：“美国的政策是置身事外、独善其身，我们应该紧跟这一政策，不结交盟友，不承担责任。”
当时美国国内充满了孤立主义气氛，罗斯福也默许了一系列中立法案的通过，即：不动用美国军队帮助侵略者，也不对受害国施以援手，同时保持对军队预算的严格限制。罗斯福在一次中期演讲中强调：“我看到过战争，看到过伤者身上流出的鲜血，看到过毒气熏坏了的士兵在剧烈咳嗽，看到过泥泞地上的死者，看到过被摧毁的城市，看到过饥饿的孩子，看到过痛苦的母亲和妻女，我痛恨战争。”
罗斯福用行动兑现了自己说过的话，他很少对国际事务发表评论，几乎所有的精力都放在国内。1936年德国重占莱茵河非军事区时，他在忙着改选；1937年日本入侵中国时，他忙着和最高法院争夺权力；1938年希特勒吞并奥地利时，美国正经历“乍暖还寒”的罗斯福衰退；当9月出现苏台德危机时，他正和国会打得难解难分。而整个西班牙内战（1936年7月至1939年4月）期间，美国也对这场付出65万人生命的战争袖手旁观。
其实罗斯福在其间也曾经试探过民众的态度。当1937年日本发动侵华战争时，出于对中国的好感（他的外祖父华伦二世曾在中国做过生意，并积累了巨额财富。他的母亲萨拉小时候也在中国生活过几年），他于10月5日在美国孤立主义中心芝加哥发表了一篇演讲。他说：“战争正在蔓延，世界的和平受到了威胁。我们已经决定不参加这场战争，但是我们不能保证我们能够永远远离战争带来的痛苦，也不能保证战争不会找上来。”
随后他以中国没有向日本宣战为由，宣布中立法案不适合中国，并为中国提供武器援助。
民众对罗斯福的表态和做法怀有复杂的心情。《华尔街时报》的评论说：“不要管闲事，美国需要和平。”《芝加哥论坛报》则对此大加鞭挞。《纽约时报》和《华盛顿邮报》对罗斯福的表态表示支持。
1937年12月12日，在长江南京段江面上发生“帕奈号事件”，美舰“帕奈”号和英舰“瓢虫”号以及三艘标准石油公司的储油船被击沉。在内阁会议上，副总统加纳和海军部长斯旺森都主张对日本宣战，罗斯福则没有意气用事，他清楚海军没有做好准备。1938年4月，日本方面按照美国要求赔偿了221万美元损失，并将肇事者、炮兵联队长桥本欣五郎解职。帕奈号事件至此得到了“圆满”的解决。
孤立主义代表印第安纳州资深参议员刘易斯·勒德洛提交了一份宪法修正案，要求美国在宣战前必须进行全民公投。这项议案很快就得到了218名众议员的支持，然后提交到众议员法规委员会。民意调查显示，支持这项议案的民众超过70%，勒德洛对全国的广播听众说：“你可以投票决定国家是否宣战。”
罗斯福给众议院议长班克黑德写了一封私信，他在信中说：“这个法案不太符合实际，而且也不符合政府的利益，他将对总统执行外交政策带来不利影响，也会让其他国家误以为可以为所欲为地侵害美国的利益。”
议案最终被否决，民主党籍议员有188人反对，111人支持；共和党籍议员64人反对，21人支持。从此事上看，罗斯福和议员们之间的关系有所缓和。
勒德洛修正案被否决不久，国际局势急剧恶化。1938年3月，德国吞并奥地利，这不仅打破了欧洲的政治平衡，也释放了泛日耳曼主义的毒素。欧洲各国的反应让罗斯福失望，英国首相张伯伦固执地将德国视为反对东方布尔什维克的屏障。墨索里尼在1934年奥地利总理陶尔斐斯遇刺时还向边境派出了4个师，这次则毫无动静。法国则唯英国马首是瞻。
4月，英国和意大利达成妥协，承认了后者对埃塞俄比亚的实际占领。张伯伦认为，如果满足了墨索里尼的欲望，地中海将恢复和平，通往印度洋的咽喉苏伊士运河的安全也能得到保障。罗斯福愤怒地说：“按照这样的做法，日本也可能提出想要中国！”
德国的举动一再触碰美国的神经，苏台德地区割让给了德国，让捷克斯洛伐克丧失了1/3的人口和29%的领土。1938年11月10日，“水晶之夜”事件让美国上下一致反对希特勒。罗斯福说：“我不敢相信这种事情发生在二十世纪的欧洲。”
罗斯福开始关注军备，他将着眼点落在了空军。1938年11月14日，罗斯福在白宫召集会议，决心给空军装备5000架作战飞机，后来又将这个数字扩大到2万架。本来他打算从霍普金斯掌管的劳动救济资金里出钱，但这笔预算达到了18亿美元，所以不得不削减了飞机生产计划。
1939年3月15日，德国吞并了整个捷克斯洛伐克。3月23日，立陶宛将波罗的海梅梅尔港交给了德国人。4月，意大利吞并了巴尔干半岛上的阿尔及利亚，西班牙叛军则攻陷了马德里。
罗斯福打消了最后一丝幻想，爆发战争只是时间问题，这迫使他不得不提前布局。罗斯福一方面敦促国会修改了中立法案，以允许战时向英国、法国和中国出售武器。另一方面着手更换军队领导层。陆军总参谋长克雷格任期即将到期，陆军资历中排名仅34位的乔治·马歇尔准被任命为陆军总长，后者曾经担任战争部战争计划局局长，也是克雷格的副手。1939年7月1日，马歇尔正式走马上任，他将成为二战期间罗斯福在军事上最重要的助手。
1939年8月23日，希特勒完成了战争前最后一项布局，德国和苏联签订了互不侵犯条约。9月1日，德军越过波兰边境，战争开始了。
在这一天，罗斯福对众人说：“终于来了，愿上帝保佑我们吧！”
