乌鲁木齐海关始建于1944年，当时称“新疆关”，由国民政府海关总税务司署设立。1950年3月9日，中华人民共和国海关总署发布通令，将“新疆关”更名为“中华人民共和国迪化关”；1954年2月13日，海关总署电令“迪化关”更名为“乌鲁木齐关”；1981年8月1日，正式称为“中华人民共和国乌鲁木齐海关”。1984年9月，经国务院批准为正局级海关。2018年3月，中央作出深化党和国家机构改革的部署，明确国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署。2018年4月，原新疆出入境检验检疫局完成机构转隶，正式划入乌鲁木齐海关。作为全国监管面积最大的直属海关，毗邻8个国家，辖区面积达166万平方公里，占我国陆地面积的六分之一；辖区有5700公里的边境线，占我国陆地边境线总长的四分之一；最远的口岸边关距乌鲁木齐市1775公里，最近的477公里。
乌鲁木齐海关现有各类机构50个，其中，总关机关内设部门19个，事业单位9个，隶属海关单位22个。行政编制实有1476人，事业编制实有163人，由20个民族组成。
目前，国家批准的对外开放18个口岸均为一类口岸，其中，航空口岸3个，陆地边境口岸15个。航空口岸有乌鲁木齐航空口岸、喀什航空口岸、伊宁航空口岸。陆路口岸中，新疆与蒙古的边境口岸4个，即老爷庙口岸（哈密地区）、乌拉斯台口岸（昌吉回族自治州）、塔克什肯口岸（阿勒泰地区）和红山嘴口岸（阿勒泰地区）；新疆与哈萨克斯坦的边境口岸5个，吉木乃口岸（阿勒泰地区）、巴克图口岸（塔城地区）、阿拉山口口岸（博尔塔拉蒙古自治州）、霍尔果斯口岸（伊犁哈萨克自治州）、都拉塔口岸（伊犁哈萨克自治州）；新疆与吉尔吉斯共和国的边境口岸2个，即吐尔尕特口岸（克孜勒苏柯尔克孜自治州）、伊尔克什坦口岸（克孜勒苏柯尔克孜自治州）；新疆与巴基斯坦的边境口岸1个，即红其拉甫口岸（喀什地区）；新疆与塔吉克斯坦的边境口岸1个，即卡拉苏口岸（喀什地区）。目前，未开放的陆地边境口岸2个，分别是阿黑土别克口岸、木扎尔特口岸，正在建设的航空口岸1个，即伊宁机场航空口岸。
现任领导党委书记、关长：郝炜明
郝炜明，男，1969年3月出生，汉族，中共党员，博士研究生学历，西安交通大学博士研究生毕业，教育学硕士，1990年11月参加工作。
现任乌鲁木齐海关关长、党委书记。
党委委员、党委纪检组组长：侯玉栋
侯玉栋，男，汉族，1973年10月出生，硕士研究生，中共党员。
现任乌鲁木齐海关党委委员、党委纪检组组长。
党委委员、副关长：李开益
李开益，男，汉族，1971年10月出生，大学，中共党员。
现任乌鲁木齐海关副关长、党委委员。
党委委员、副关长：王宁
王宁，男，汉族，中共党员，大学学历。
现任乌鲁木齐海关副关长、党委委员。
党委委员、副关长：李清华
李清华，女，汉族，中共党员，大学学历。
现任乌鲁木齐海关副关长、党委委员。
党委委员，喀什海关党委书记、关长：王传杰
王传杰，男，汉族，中共党员。
现任乌鲁木齐海关党委委员，乌鲁木齐海关所属喀什海关关长、党委书记。
党委委员、政治部主任：戴钢
戴钢，男，汉族，中共党员。
现任乌鲁木齐海关政治部主任、党委委员。
党委委员，缉私局党组成员、局长兼督察长：刘伟强
刘伟强，男，汉族，中共党员。
现任乌鲁木齐海关党委委员，缉私局党组书记、局长兼督察长。
