1927年6月1日，南京国民党中央政治会议议决建立南京特别市，直隶于国民政府。是月6日公布《暂行条例》，设市长1人，参事若干人，下置财政、工务、公安、卫生、教育、土地、农工商等7局。翌年7月3日公布《特别市组织法》，改设秘书处及土地、社会、工务、公安、卫生、教育等7局。1930年6月改为行政院直辖市。

1945年8月南京光复。1947年1月13日国民政府行政院公布南京市政府《组织规程》，置市长1人，参事2人，下设民政、财政、教育、社会、地政、卫生、工务等7局，以及秘书、人事、会计、统计等处。1949年3月23日南京解放。

历任市长：

刘纪文（1927.5.25.任；1928.7.14.复任），广东东莞人，国民党政要，孙科太子党成员。他在任期内充分利用自身的有利条件，锐意敢为，纵横捭阖，取得不朽的成就。

何民魂（1927.8.27.代；1927.11.23.复任），江苏松江（今属上海）人，反蒋人士，与新桂系、冯玉祥、龙云均有联系。1942年因不满重庆政府贪污无能，他携家从重庆经贵州、广西到达广州，后在日本投降前，充任日本、南京、重庆、桂系、李济深等各方面之间的联络人。

魏道明（1930.4.14.任；1930.6~1932.1.6.复任），江西德化（今九江）人，外交官。1942年接替胡适出任驻美大使。出任驻美大使期间，他致力于推动改善中国的国际外交地位，替中国的抗战争取有利的形势。

谷正伦（1932.1.31.代），贵州安顺人，国民政府首任宪兵司令，有“现代中国宪兵之父”之称。

石瑛（1932.3.24.任），湖北阳新人，国民党元老，深得孙中山信任和赏识。他平日生活极端简朴，被辛亥革命先驱曹亚伯称为“湖北圣人”，亦被冯玉祥称为“民国以来第一清官”。

马超俊（1935.3.27.任），广东台山人，著名政治家，早年加入同盟会，后投靠蒋介石，发起组织孙文主义学会。

沈怡（1946.11.6.任），浙江嘉兴人，著名水利专家，其任上在联合国善后救济总署帮助下，参与黄河花园口决口的堵塞工作，一举将决口堵塞，挽水复归故道。

滕杰（1948.12.24.任），江苏滨海人，黄埔四期生，复兴社创始人之一。