《黑神话：悟空》的游戏剧情在《西游记》原著的基础上进行了改编与拓展，以下是根据目前已知信息的一种可能剧情解析：
黑神话·悟空
故事开始于西游师徒取经任务圆满完成之后，已经封位 “斗战胜佛” 的孙悟空决意放弃佛位，回到花果山 “退休”。然而，天庭派出二郎神率领天兵天将再临花果山，以屠戮花果山为挟 “请” 回悟空，两人再次在云端单挑斗法，最终悟空落败。
黑神话·悟空
悟空的六根（眼、耳、鼻、舌、身、意）被瓜分，其 “意” 化为一块奇石落在花果山巅。世代以来，无数猴子猴孙从花果山出发，历经艰难险阻，挑战妖王，试图寻回并搜集 “五根”，进而合而为一复活孙悟空，玩家扮演的主角 “天命人” 就是其中一员。
黑神话·悟空
在 “天命人” 的冒险之旅中，会了解到诸仙众神的缘分和故事。比如黄眉怪与金蝉子的对赌、牛魔王的中年危机等。“天命人” 最终在人气角色猪八戒的陪伴、引导和帮助下，击败了黑熊、貂鼠、黄眉、百眼、牛魔这五大妖王，寻得 “五根”。
黑神话·悟空
但故事并未就此结束，“天命人” 携 “五根” 进入孙悟空生前记忆，需要战胜悟空残存意念和身躯，清除其不净 “六根”。如果 “天命人” 选择戴上金刚紧箍，就会收紧心猿意马，承接 “孙悟空” 名号、装备和法术，成为下一个 “孙悟空”；而如果 “天命人” 不认天命，不戴金箍，则会和大圣的意完全融合，继承大圣的记忆，成为真正的齐天大圣（大圣复活），但之后可能依然要面对各种挑战与磨难（轮回后，开幕继续被假二郎神打压）。
黑神话·悟空
游戏中还存在一些其他的剧情元素与细节，比如涉及到佛道体系的竞争、百姓的苦难与反抗等，同时也有对《西游记》原著中一些妖怪和情节的重新演绎与想象，丰富了整个故事的世界观和情节内容。不同玩家在体验游戏过程中，可能会根据自己的选择和探索，感受到略有差异的剧情发展与结局走向。
