公元1616年，崛起于东北的白山黑水之间的建州女真首领努尔哈赤逐渐统一了女真各部，实力壮大的努尔哈赤以“七大恨”为旗号，正式与明朝决裂，建立自己的政权金（史称后金），自称金国大汗。1619年，万历皇帝集中11万精锐的明军围剿新生的后金政权，结果在萨尔浒之战中被努尔哈赤各个击破，明军精锐尽丧，努尔哈赤一战而夺取东北战场的主动权，明朝苦心经营200余年的东北易手，被迫退守狭长的辽西走廊。
为了应对新兴的后金政权，明朝决定拉拢宿敌蒙古共同抵御后金的攻击。当年，蒙古帝国灭亡后，蒙古也四分五裂，最终经过长时间的兼并战争后，蒙古高原上鼎立着三大力量，他们以沙漠为界，分为漠南察哈尔部（成吉思汗的嫡系子孙），漠北喀尔喀蒙古（成吉思汗时代征服的“林中百姓”后裔），漠西蒙古（瓦剌部后裔）。明朝拉拢的蒙古就是漠南察哈尔蒙古，当时察哈尔蒙古大汗是林丹汗，他是成吉思汗的嫡系子孙，身份高贵，有着极强的正统性，林丹汗麾下掌握着10万精锐骑兵，后金崛起时，林丹汗也处于上升期，他试图恢复祖先的荣光，曾几次攻击大明帝国 但都无功而返，最终双方约定停战，共同对付后金。
1636年，后金第二代领袖皇太极将国号金改为大清，族名女真也改成满洲，于是大清帝国（满清帝国）正式登上历史舞台。皇太极是一位优秀的战略家，他深知要想攻灭大明绝非一朝一夕的事情，必须要积蓄力量，等待时机。皇太极于是将主攻目标放在了林丹汗身上，当年，皇太极亲率10万精锐的八旗兵攻打林丹汗，林丹汗败亡，只身逃亡青海，皇太极顺利控制了察哈尔旧地，皇太极大规模册封察哈尔的王公贵族，并将大量的察哈尔骑兵编入蒙古八旗战斗序列，同时通过联姻强化满清皇室与察哈尔贵族的关系，几番操作下来，察哈尔成为大清最忠实的盟友，察哈尔的骑兵后来成为了大清帝国入主中原的重要力量，漠南察哈尔蒙古也彻底融入了华夏大家庭。
1688年，漠西蒙古准噶尔汗国的噶尔丹汗率军进攻喀尔喀蒙古，喀尔喀蒙古被葛尔丹击溃后，大喇嘛哲布尊丹巴以清朝在人种、肤色、信仰上都和蒙古一致为由说服漠北蒙古诸部首领民众归顺清朝。1690年，清军在乌兰布通会战中击破葛尔丹主力后，康熙皇帝召集各蒙古王公到多伦会盟，此次会盟规模空前，不仅喀尔喀王公参加了，还有内蒙古的王公也前来了。通过此次会盟，康熙皇帝调节了喀尔喀各部的矛盾，并且将喀尔喀按照内蒙古的编制分为了36个旗，正式确立了清朝对喀尔喀三部的行政管辖，因为在内蒙以外，俗称外蒙古，康熙还将喀尔喀部的骑兵编入清军作战序列，后来在清准战争中，喀尔喀的骑兵发挥着至关重要的作用。
漠西蒙古又称为厄鲁特蒙古，明末清初时漠西蒙古分裂为准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特四部以及附牧于土尔伯特的辉特部。其中有两支杜尔伯特部追随了土尔扈特部西迁至伏尔加河流域，一支依附于准噶尔部在阿尔泰地区游牧，还有一支依附于清朝，被康熙安排在了内蒙古各地。后来准噶尔部首领噶尔丹于1676年打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗，建立了一个幅员万里的强大游牧帝国，也是人类历史上最后一个游牧帝国。噶尔丹曾欲一统蒙古诸部，可惜遇到了正处于上升期的大清帝国，噶尔丹被康熙三次亲征，准噶尔汗国实力被大大削弱。康熙之后，雍正、乾隆两朝坚持康熙留下的国策，持续打击准噶尔汗国。最终在1755-1757年间，乾隆皇帝趁准噶尔内乱两度岀兵攻灭了准噶尔汗国，尽取准噶尔旧地。
1771年，漠西蒙古的分支、流亡在沙俄伏加尔河流域的土尔扈特部首领渥巴锡率领部众从冲破俄军重重阻碍东归大清，被乾隆安置在新疆境内，至此蒙古诸部全部归于大清帝国，乾隆皇帝成为当之无愧的全蒙古的大汗。乾隆曾在公开场合霸气的表示“自斯凡属蒙古之族，无不为我大清国之臣。”
