企业所得税是法人所得税制，分公司不是企业所得税人，但分公司所得应当就地预缴企业所得税。企业所得税的基本税率为25%，虽然总机构适用25%税率，但对分公司设立在特定区域，比如分公司设立在海南自由贸易港，并且符合条件的，分公司可以享受15%税率优惠。由此形成总、分机构企业所得税适用税率不一致，如何预缴或汇算清缴企业所得税？
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第六条规定，汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。第十五条规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30。
举例1：跨地区经营汇总纳税企业甲公司2023年一季度实现的实际利润为2000万元。甲公司适用税率为25%，另外甲公司跨地区设立了两家分公司，其中在海南自由贸易港有一家A分公司，符合条件享受15%优惠税率，在湖北设立了一家B分公司，适用税率为25%。按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素的权重计算，假设A分公司分摊比例为60%，B分公司分摊比例为40%。
一季度总公司应纳税分摊所得额＝2000×50%=1000万元，总公司应预缴企业所得税250万元；
一季度A分公司应分摊纳税所得额＝1000×60%=600万元，应预缴企业所得税＝600×15%=90万元；
一季度B分公司应分摊纳税所得额＝1000×40%=400万元，应预缴企业所得税＝400×25%=100万元。
举例2：仍以上述为例，假设甲公司2023年度企业所得税汇算清缴结果，实现的企业所得税应纳税所得额为10000万元。则2023年度总公司分摊应纳税所得额＝10000×50%=5000万元，总公司应就地缴纳企业所得税为1250万元，扣除已预缴的企业所得税，多退少补；
2023年度A分公司应分摊纳税所得额＝5000×60%=3000万元，应就地缴纳企业所得税＝3000×15%=450万元，扣除已预缴的企业所得税，多退少补；
2023年度B分公司应分摊应纳税所得额＝5000×40%=2000万元，应就地缴纳企业所得税＝2000×25%=500万元，扣除已预缴的企业所得税，多退少补。
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