北洋水师是洋务派主导下洋务运动的最大成就，在光绪十一年清政府成立海军衙门，建立旅顺、威海等海军基地，这一支颇具声势的海军舰队曾经位居亚洲第一，世界第九，但就是这样一支被清政府寄予厚望的海军舰队在中日甲午战争中几乎全军覆没。满清惨淡经营十余年的努力成果付之一炬。
可面对着战后有海无防、国将不国的严峻形势，也为了延续自身的统治。清政府也不得不开始再次组建海军。当时满清只有装备极差的南洋舰队，只能起到近海维护防的作用，根本无力维护国防，可鉴于巨大的压力，军费入不敷出，捉襟见肘。实在是难以为继。但两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、新疆巡抚陶模以及北洋大臣王文韶联名上奏，重振海军已经是刻不容缓，在这种情况下，慈禧决定，以采购军舰和培养人才双管齐下的方式重振海军，又以人才培养为主。
在光绪二十五年，也就是甲午海战第五年，北洋水师重组，叶祖珪担任统领（司令），叶祖珪是福建船政学堂第一届毕业，与刘步蟾、萨镇冰等被选派成为第一批留学英国的留学生，1877年春进英国格林威治海军学校学习，先后在英国海军“索来克伯林”号装甲战列舰（与英国王太子同舰实习）、“芬昔勃尔”号巡洋舰实习。
归国后，历任“镇边”、“靖远”"管带"，参加1894年之中日甲午海战，所领之“靖远”舰在甲午海战中一度作为旗舰指挥舰队。北洋水师覆灭后被革职。四年后撤销革职处分，加提督衔，授北洋水军统领、浙江温州镇总兵、广东水师提督。在光绪三十年叶祖珪出任大清总理南北洋海军兼广东水师提督，将以往各自为战的清廷海军统一管理，这也是清朝历史上，南北海军的首次统一入编，叶祖珪实际上就是满清第一任海军总司令。
在军舰购置方面，从甲午海战的第二年就开始了，满清政府陆续向英德购买“海天”、“海圻”、“海筹”、“海容”、“海琛”五艘巡洋舰，构成了清末海军的主力，这些舰船甚至一直服役到抗日战争。光绪28年又收到了德国制造的“海龙”、“海青”、“海华”、“海犀”四艘鱼雷艇，短短四年时间，满清对外购买和自建了四十多艘军舰，在人才培养方面，光绪二十二年，第四批海军留学生前往英国留学，值得一提的是，在此之前，德国海军希望这批留学生去德国军校学习，英国方面得知消息之后，以最优惠的价格将这批留学生“截胡”。
实事求是地说，此时的满清已经重新崛起成为亚洲海军强国，已经成为一支不可忽视的力量。可日本人得知情报之后，对此是嗤之以鼻，但让日本人没有想到的是，甲午海战的十五年后，他们竟然在东沙岛屿的竞争上，败给了大清海军。
光绪三十三年，日本人西泽吉次在日本海军的纵容之下，带着120名工人，登上了位处中国南海1.8平方公里的东沙岛，将其以自己的名字定名为“西泽岛”。在日本海军的支持下，日本人开始在东沙上，修建防御工事和各种移民设施，意图长期占有东沙岛，得知情报的两广总督张人骏急电摄政王载沣，希望派军阻止，载沣于是让叶祖珪派出军舰赶走日本人，就这样刚刚重新组建的大清海军，向着东沙岛进军了。
宣统元年夏，叶祖珪先是派出军舰飞鹰号协同一艘海关巡逻艇前往东沙岛取证，并顺道巡视了西沙群岛。随后，又派出军舰广海号进逼东沙岛，当时，中日在东北之间的对抗也正日益加剧。当年的11月19日，候补知府蔡康，在大清海军军舰广海舰的护卫下登上东沙岛，当时为了避免与清廷南北对峙、两线“作战”，加上满清重建海军的速度与势力远远超过日本人预料之外，日本人只能放弃已经侵占到手的东沙岛，随后，蔡康将大清黄龙旗在东沙岛上冉冉升起，随后，广海舰又鸣放了21响军炮，象征东沙岛再次回归祖国怀抱。
随后，载沣在叶祖珪建议下，将北洋、南洋、广东、福建四支水师，统一改编为巡洋舰队和长江舰队两大作战系统，此时的叶祖珪已经病重，在他的力荐之下，由北洋水师老将萨镇冰出任海军提督统领海军全军，由程璧光统领巡洋舰队，沈寿堃统领长江舰队。沈寿堃是满清清选派的第三批海军留学生之一，赴英国深造，入格林威治皇家海军学院学习，主修海军大炮和轻武器，兼习海军战术、舰艇指挥及驾驶铁甲舰。程璧光毕业于福州船政学堂，曾参加甲午战争。北洋舰队覆没后，由程向日军提交降书。
当时，清廷巡洋舰队共拥有15艘战舰，长江舰队则拥有17艘战舰。与传统想象中在甲午海战后一蹶不振的印象相反，实际上，在1894年后的亚洲海域，大清帝国海军已重新崛起成为一支不可忽视的力量。
当时几乎所有的西方国家几乎都占据了中国的海岛与军港，唯一没有这一“待遇”的只有意大利，对此意大利自然是心有不甘，实际上有便宜不占就是王八蛋的想法，核心原因就是为了转嫁国内危机，意大利急需要进行新一轮的海外殖民扩张，只不过这次的目标是孱弱的大清。
最初意大利方面本着“先礼后兵”的想法，于光绪二十四年二月，意大利驻华公使马迪讷奉命向清朝的总理衙门递交照会，正式要求租借中国的三门湾为其海军基地。在这份照会中，意大利还要求清朝同意它修筑一条从三门湾通往鄱阳湖的铁路，将浙江省南部2/3的地区划为其势力范围，并声称浙江全省不得租赁给其它国家。
而此时的大清已经有了正常世界观，也熟悉国际局势，对于意大利的德行也是一清二楚，大清也明白我就算再弱也轮不到你意大利来占我便宜，因此对于意大利的无理要求断然拒绝，恼羞成怒意大利海军还派出3艘军舰驶入三门湾狮子口海面游弋，进行武力恫吓。没想到的是，刚刚组建完成的北洋水师统领叶祖珪，竟然派出海圻舰等5艘新型战舰，公开与意大利在浙江进行对峙。看到清朝海军竟然威武雄壮，意大利人最终不得不悻悻而退。
光绪三十四年，盘踞澳门的葡萄牙人越界进入广东浚海，在满清屡次交涉无果后，大清海军当即派出“海筹”、“海容”两艘军舰直接驻扎到了澳门边界以威胁葡萄牙人。面对清朝人的“炮舰外交”和震慑，葡萄牙人不得不退回到了澳门境内。依托重建后的强大海军，大清也开始毫不畏惧地公开跟意大利、葡萄牙人叫板。
1902年，大清海军开始走向“深蓝”，并到处巡视南海各个岛屿、升旗树碑、宣示主权。在这种背景下，光绪三十三年，广东水师提督李准率领海军公开巡视西沙群岛，并在林岛（今永兴岛）鸣炮，升起了大清海军的黄龙旗，并刻石立碑，写下了“广东水师提督李准巡阅至此”的碑文。
宣统元年，载沣任命他的弟弟、从未学习过海军的载洵为海军大臣，萨镇冰为筹办海军大臣，为此载洵和萨镇冰两次率团出国考察海军。在考察英国时，载洵还引进了一个“新品种”——海军陆战队，归国后，载洵和萨镇冰就在山东烟台组建了中国第一支海军陆战队的前身：海军警卫队。尽管被指斥为纨绔子弟，载洵坚决拒绝到伪满洲国任职，誓死不从日本人，1949年，载洵最终病逝于天津。这还是值得称道的。
宣统三年4月，大清帝国海军的“海圻”号巡洋舰，开始了中国军舰历史上的第一次环球航行。期间参加英国国王乔治五世的加冕庆典——舰队海上校阅仪式；随后，“海圻”号于7月横渡大西洋访问美国。
海圻舰访美期间，恰逢古巴和墨西哥发生大规模排华事件，程璧光听说后随即带领兵舰直奔古巴，古巴总统慑于海圻舰军威，向程璧光表示：“古巴军民绝不会歧视华侨。而墨西哥发生了排华大屠杀，仅托雷翁城就有303名华人遇害。可听说大清的军舰即将兵临城下后，不等海圻舰到访，墨西哥政府就直接向清政府赔礼道歉，并答应偿付受害中国侨民的生命财产损失。在这是中国近代史上，少有的政治外交胜利。
而当1912年5月海圻舰抵达上海时，满清政府已经退位，至此，清朝海军宣告终结。中国，进入了民国时代。
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