东晋权臣刘裕掌权后，下令清算了许多反对自己的政敌，诸如“江左冠族”、桓氏亲党都遭遇了灭门之祸。除去这些外，刘裕当时还下令屠灭了尚书左仆射王愉一家，要说这王愉也实在倒霉，只因为当初对刘裕无礼便突遭横祸。王家被灭门之时，只有王愉14岁的孙子王慧龙侥幸存活了下来。
王慧龙自幼十分聪慧，深得祖父王愉的喜爱，称他是众位孙子当中的人中之龙，便起名为王慧龙。家族遭变之时，幸得沙门僧彬藏匿才免除一死，风声过后僧彬带着王慧龙渡江离开建康都城，前往投靠叔祖父王忱旧部习辟疆。不久后习辟疆与手下部众举兵反叛并推举王慧龙为盟主，意图图谋荆州城，可事情没来得及实施便被刘裕提前防范，王慧龙等人只好作罢，并在之后辗转投入了后秦皇帝姚兴军中。
屋漏偏逢连夜雨，王慧龙到后秦没多久，刘裕就灭亡了后秦，无奈王慧龙再次出逃，前往北魏避难。当时北魏皇帝拓跋嗣召见了王慧龙，王慧龙立马表示想要效力北魏出兵南讨，并报家族之仇，说到一半竟然俯下身子哭泣起来。拓跋嗣被他的真情实感所打动，表示会帮助他，只是后来拓跋嗣并没有给他任何职位，王慧龙就被闲置了五年之久。
五年后拓跋嗣统兵南征，北魏气势如虹夺取了黄河以南诸多重镇，确立了南北朝的对峙形势。拓跋嗣这时候突然想起来王慧龙，便决定起用王慧龙为洛城镇将，统帅三千兵马。王慧龙本以为终于等到了为家族报仇的机会，可拓跋嗣在十多天后却突然病逝，新上任的拓跋焘对于南人统兵依然不放心，就撤销了他的兵权，王慧龙再次被闲置。
过了很久后拓跋焘似乎出于对王慧龙的怜悯，让他担任乐安王拓跋范师傅，并负责三州官吏的考选事务。这个职位不用上阵厮杀，已经算是很好的待遇，可王慧龙在知道后却坚决推辞不肯任命，只是请求拓跋焘将自己派往南部边陲，拓跋焘知道王慧龙心中有血海深仇，便让其做了南蛮校尉。
始光三年，刘宋政权荆州刺史谢晦突然起兵江陵反叛，宋文帝刘义隆得知后派大将到彦之、檀道济领兵讨伐，谢晦这边压力太大就设法求救北魏，王慧龙得知后领兵一万人马前去支援，但最终谢晦兵败，王慧龙也班师回到北魏。
4年后刘宋王玄谟又进犯滑台，拓跋焘让王慧龙担任代理将军，与宋军交战。起初双方对峙长达15日，北魏这边其余将军皆认为宋军势力强大不敢出击，只有王慧龙敢于交战，率领一支奇兵大破了宋军。此战过后，王慧龙名声大震，因功封长社侯，并被提拔为龙骧将军、荥阳太守。后来宋文帝又派到彦之、檀道济等名将频频进犯淮、颖，大相侵掠，王慧龙与之交手却能屡屡挫败宋军锐气，宋文帝怒火中烧甚至不惜为此出动刺客暗杀王慧龙，最终却没能得手。此时的王慧龙已然成为了一代名将，而距当初14岁离开建康都城时已经过了26年。
命运不公的是，王慧龙的事业正盛身体却支撑不住了。太平真君元年，北魏朝廷任命王慧龙为使持节、宁南将军、虎牢镇都大将，王慧龙还没来得及上任就突然病逝，临终之前王慧龙仍然念念不忘报仇雪恨，带着遗憾离世，享年50岁。
王慧龙死后，朝廷追赠其为安南将军、荆州刺史，谥号穆侯。
