洪武十五年，明太祖下旨裁撤亲军都尉府和仪鸾司，改置锦衣卫并命其“掌直驾侍卫、巡查缉捕”。刚刚“消灭”丞相的太祖，只是因自己的疑心以及巩固皇权才成立这个“特务机构”么？
回答这个问题前，先看看两个案例。
洪武十七年六月，一个叫薛原桂的士兵状告广西都指挥使耿良多项不法罪行。在兵、刑二部尚未完成审理时，太祖命锦衣卫前往广西审查此案。其后皇帝又依据锦衣卫的审理报告，将耿良贬为驯象卫佥事。
洪武十九年五月，浙江丽水大户陈公望被一名算命先生举报聚众谋反。消息刚传到朝廷，朱元璋就命锦衣卫千户周原带人前往丽水调查。周原到达丽水时，县令倪孟贤已完成初审 -- 系诬陷栽赃。
周原查证一番后也认同倪孟贤的结论，并将结果上报给了朱元璋。但朱元璋并未让浙江按察司、刑部继续审理此案，而是命周原核验后将相关卷宗和涉案人员带回京师。太祖亲审确认后，才下令将相关人犯转刑部处理。
朱元璋为何不肯走正常的司法流程，仅仅是因为不信任官员么？如果仅仅是不信任，朱元璋没有必要大张旗鼓组建锦衣卫。原先被他隐于暗处的“检校”，更适合监控官员。
对于皇帝来说，集权是天生的属性。但皇帝受自身能力和精力的限制，又不能独自统御皇朝。例如维护皇帝威权、皇朝长治久安的重要工具“司法”，皇帝就无法独立使用。结果只能“君与臣共天下”，皇帝通过朝廷控制官员，官员则享有皇朝庶务的主导权。
这种妥协，朱元璋不满意，也不想接受。
因此在朝廷他废除丞相，在地方他不允许官员出县下乡（县以下由地方乡老管理），压缩官员的权力。成立锦衣卫除了监视官员，更重要的目的是另建一个司法系统，让皇权在司法上摆脱对官员的依赖。一切都是为了更加接近，“惟以一人治天下”这个皇帝的终极目的。
因此锦衣卫的规模迅速扩大。明朝一个普通军卫满编5600人，而洪武十七年锦衣卫就就扩充了14200个岗位，编制增至2万。同时锦衣卫的职能也迅速扩大，从最初的巡查缉捕，升级到可以关押审讯，甚至直接处刑。
朱元璋能针对官员这个整体搞起四大案，麻利的处决数十万人，“扩编升级”的锦衣卫功不可没。但是朱元璋在享用“利器”的同时也意识到了问题。
皇帝是可以通过锦衣卫扩大、行使皇权，但同样受自身能力和精力的限制，皇帝无法监控锦衣卫是否按照皇帝意愿行使权力。不受管制的权力，对于皇帝来说等同丢失。另一方面，这种难受制约的司法权，让锦衣卫很容易裹挟官员并成长为反噬皇权的猛兽。怎么办？
太祖时，天下重罪逮至京者，收系狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多。后悉焚卫刑具，以囚送刑部审理。二十六年，申明其禁，诏内外狱毋得上锦衣卫，大小咸经法司。
《明史·卷七十一》
洪武二十年正月，朱元璋公开焚毁锦衣卫刑具并将锦衣卫所囚嫌犯全部移交刑部。洪武二十六年，朱元璋再次对锦衣卫发出不得干预司法的禁令。两次申禁都留个尾巴，保留“巡查缉捕”之权。
朱元璋的想法是用的时候就“放”，不用的时候就“收”。想法很聪明，但也说明尝到甜头的皇帝已难戒“锦衣之瘾”。果然朱棣篡位后，立即“重启”锦衣卫，以司法之名屠戮建文旧臣。
朱棣增设锦衣卫北镇抚司，专司诏狱和皇命。不仅让锦衣卫的司法权由“临时”变为“长效”，还让锦衣卫获取了侦查、缉捕、关押、审讯、处刑，近乎“一条龙”的司法权（没有判决权）。有什么好处，可以用内阁大学士解缙的遭遇来说明。
永乐十三年正月，朱棣只问了句“缙犹在耶”，解缙当晚就因“醉酒”，无声无息的冻死雪中，也无声无息的从朝堂消失。如果走朝堂司法流程，不说能不能判死刑，光是初审、复审、抗辩、复核等，长得就能折腾几年。
如此利器，皇帝岂能不爱？但它是双面刃，很快锦衣卫指挥使纪纲就敲了朱棣一闷棍，让他明白如果无法有效监管，锦衣卫只会成长为反噬皇权的凶兽。因此朱棣在永乐十八年设立东缉事厂，“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。
锦衣卫审讯犯人时，东厂有权派人听审。东厂在巡查案件时，可从锦衣卫带走囚犯。东厂也有权从锦衣卫抽调人手，直接对锦衣卫进行渗透。东厂和锦衣卫出生矛盾纠纷时，皇帝也更偏向于宦官 ……
从此锦衣卫是丧失了威胁皇权的可能，但它的锋刃也开始钝化。
宣德十年，登基称帝的明英宗因年幼无法亲政，明朝的政治结构发生了重大变化。内阁正式步入朝堂并获取“票拟权”，官员也趁机进一步打压已被皇权“猜忌”的锦衣卫。
锦衣卫缉捕嫌犯时不是喊一嗓子“锦衣卫”就能拿人，得出示书有皇命的专用公文 -- 驾帖。
首先，内阁可以不附署的方式退还皇命，进而控制驾帖。其次，即便皇帝以中旨（无内阁票拟附署）的方式强行发出皇命，但公文还需要刑科给事中签发后才能成为“驾帖”。而无内阁附署的皇命，给事中们基本都会以“恐内侍矫诏”为由封还。
但令校尉诣法司出死囚，会官行刑，别无防奸人员。臣恐犯人亲属有伪称校尉，诈脱以逃者。乞自今特赐驾帖，付锦衣卫监刑官，率校尉诣法司取死囚赴市，庶无疏虞。从之。
《明英宗实录·卷二十二》
其次，正统朝的官员们趁着皇权“弱势”，还给锦衣卫加了别的限制。如锦衣卫提审人犯（非诏狱），需出示圣旨（也需刑科给事中签字同意）或驾帖。锦衣卫处决死囚，除了需要皇帝勾决之外，还需出示驾帖（理由是防止欺诈劫狱）……
最后，内阁的出现，让官员们捏住了锦衣卫的一个“痛脚”。
太祖到宣宗都没有赋予锦衣卫“判决权”，锦衣卫审结案件后，皇帝或直接判决，或密令锦衣卫处刑，或附判决要求转刑部处理。票拟权的出现，让皇命不再直达。因此锦衣卫审结案件后需将卷宗移交刑部或都察院拟判，再经内阁获取皇帝的终裁旨意。
新的流程下，官员们就可以通过判决，质疑甚至推翻锦衣卫的审理。换句话说，锦衣卫行使司法权需要看“官员”的脸色了。
注：将明朝中晚期的很多冤案归咎于锦衣卫（或者东厂）是相当不客观的，因为做出判决的是刑部或都察院。
最终锦衣卫未能像太祖设想的那样成为一个专属皇帝、扩大皇权的司法工具，沦为“失败品”。由于和朝廷司法系统的纠缠在一起，锦衣卫不仅自身被官员们限制，还和朝堂官员们围绕司法权展开了几乎贯穿明朝始终的缠斗。
双方无关对错、只论立场的斗争，不仅让很多案件、涉案人员沦为了牺牲品，也极大的破坏了明朝司法的效率和公正。明朝被评为司法最黑暗、混乱的朝代，最主要的原因就在这里。
