我国地铁建设虽然取得了显著成就，但在一些特定城市中，由于复杂的地理、地质条件以及历史文化遗产保护等因素，地铁建设面临了极大的挑战。以下是我国最难修的城市地铁及其原因：

一、西安：

难点分析：

历史文化遗产丰富：作为十三朝古都，西安地下埋藏着大量的古墓葬和文物。修建地铁时，一旦遇到具有科考价值的陵墓或文物，就必须立即停止施工并向文物部门报告，这极大地影响了地铁建设的进度和规划。

考古与建设冲突：如何在保护历史文化遗产的同时推进地铁建设，是西安地铁建设面临的一大难题。这要求地铁建设者在施工前进行详尽的考古勘探和规划，以确保文物安全。

二、济南：

难点分析：

地下水资源丰富：济南被誉为“泉城”，地下泉水众多，尤其是著名的“七十二名泉”。这些泉水脉络纵横交错，地下水位较高，给地铁建设带来了极大的挑战。修建地铁时，需要采取措施保护地下水资源，防止因施工造成泉水断流或水质污染。

地质条件复杂：济南的地质条件复杂，存在多种地质构造和岩层。在地铁建设过程中，需要充分考虑这些因素，确保施工安全和地铁的稳定运行。

三、重庆：

难点分析：

地势崎岖，多山多水：重庆地势起伏较大，城内多山，且位于长江和嘉陵江的交汇处。这种复杂的地理环境给地铁建设带来了极大的困难，需要穿越大量的山脉和河流，经过复杂的地质构造。

施工难度大：由于地势不平坦，挖掘深度难以确定，且需要采取特殊的技术手段来应对复杂的地质条件。这使得重庆地铁的建设成本较高，施工周期较长。

四、贵阳：

难点分析：

地下暗河众多：贵阳地下暗河和地下河流较为发达，这些河流的走向和分布复杂，给地铁建设带来了潜在的地质风险。在修建地铁时，需要做好相应的地下水流调查和分析，确保施工安全并保护地下河流的完整性。

综上所述，我国最难修的城市地铁主要集中在西安、济南、重庆等城市。这些城市由于独特的地理、地质条件以及历史文化遗产保护等因素，使得地铁建设面临了极大的挑战。然而，通过科学规划、技术创新和严格管理，这些城市已经或正在克服这些困难，推动地铁建设的顺利进行。