公元1620年的农历九月初一，天刚蒙蒙亮，只见一个小太监跌跌撞撞地从明光宗朱常洛的寝宫中跑出来，一脸惊慌地喊道：“皇上驾崩了。” 天子驾崩，死因蹊跷，第一个被怀疑的对象便是万历皇帝的宠妃郑贵妃。 朱常洛登基后，善于心计的郑贵妃放下身段，开始讨好朱常洛。在数千宫女之中挑选了八个绝色美女，将她们进献给了朱常洛。 朱常洛得到美女后一头扎进了温柔乡里，开始夜夜笙歌。他的身体本来就比较虚弱，白天忙着处理政事，晚上沉溺女色不能自拔，身体很快就撑不住了。 登基第十天，朱常洛病倒了，在御医的医治下并无明显好转。就在这时，一个名叫崔文升的太监献上了一个良方，此人掌管御药房，对药理有一定的了解。 朱常洛为了尽快恢复身体，于是服下了崔文升开出的药，没想到竟让他一晚腹泻了三四十次。原来，太监崔文升开出的药是大黄，这就是一种泻药而已。 朱常洛因为纵欲过度导致身体虚弱，本应该用固本培元的药，但他轻信了崔文升的医术，吃下了他开的泻药，雪上加霜，经过一夜的折腾，朱常洛的身体一下子就垮了。 不久，皇上服用太监崔文升的药导致病情加剧的消息传出，外廷舆论汹涌，纷纷指责崔文升是受郑贵妃指使。 随后，杨涟上疏弹劾崔文升胡乱用药，请求彻查幕后主谋。 事实上，东林党人的猜测是有依据的。崔文升曾经侍奉过郑贵妃，万历皇帝驾崩后，郑贵妃便将崔文升送到了朱常洛的面前，让他侍奉新皇。 而朱常洛也没有在意崔文升与郑贵妃之间的关系，重用崔文升，将他任命为司礼监秉笔太监，监管御药房。可崔文升却明知道大黄是猛药，仍然给朱常洛服用，导致其腹泻不止，一病不起。 然而，这终究只是猜测，最终，崔文升因用错药被赶出皇宫。 崔文升事件发生后，在深宫斗争中挣扎成长的朱常洛变得格外敏感，他害怕再次遭到宫内人的暗算，于是下令广召宫外的名医来为自己看病。 然而，诏令下达后，来的并不是名医，而是鸿胪寺一位名叫李可灼的官员，并称有仙丹要进献给朱常洛。事关重大，太监们不敢擅自做主，便将此事禀告给了首辅方从哲。 方从哲见李可灼进献的是一种名叫“红丸”的仙丹，且来历不明，不敢给朱常洛使用，于是便将李可灼赶出了皇宫。 农历八月二十九这天，方从哲奉诏来见朱常洛。只见病榻上的朱常洛面容憔悴，和他登基时意气风发的样子判若两人。 朱常洛自知身体可能无法恢复，言语间竟开始交代起了自己的后事，这让方从哲十分意外，正想劝慰时，朱常洛问起李可灼进献仙丹一事。 方从哲见状，只好劝谏道：“鸿胪寺丞李可灼自称有仙丹，但是臣等不敢相信，故没有进献给皇上。” 朱常洛闻言，急躁地说道：“太医无用，仙丹又不可信，难道只能叫朕等死不成？你传旨下去，朕要试试那仙丹。” 第二天，病急乱投医的朱常洛不顾朝臣们的反对，坚持将李可灼召了宫。见李可灼长得仙风道骨，对自己的病因说得头头是道，朱常洛更是坚信红丸能治好他的病。 方从哲听闻消息匆匆赶来，可仍然没能改变朱常洛的主意，于是方从哲建议，找两个人来试药，若是没有不良反应，才可用药。 朱常洛无法，只得让内侍找来了两名小太监，让他们相继服下了红丸，结果，他们并没有什么不良反应。 见此情况，朱常洛立刻服下了红丸，半个时辰后，奇迹果然出现了。朱常洛只觉遍体清凉，再无虚弱颓败之感。 众大臣见皇帝病情好转，便都退到宫门外等候。没多久，近侍出来传话，说皇上服用红丸后“暖润舒畅，思进饮膳”，群臣们听后如释重负，纷纷告退，只留下几名御医和李可灼。 傍晚时分，方从哲等人前来问安，见李可灼从寝殿出来，于是问道：“皇上现在情况如何？” 李可灼回答道：“回大人，皇上恐药力不足，刚才又进了一颗红丸。不过现在皇上精神尚好，大人不用担心。” 方从哲听闻皇上连着吃了两颗红丸，不免有些提心吊胆。但好在朱常洛的身体并没有出现不适，众人都认为是红丹起了作用。 然而，令众人没想到的是，农历九月初一的清晨，朱常洛驾崩的消息传遍了紫禁城。 新君继位仅仅一个月就驾崩，朝廷上下一片哗然，随之而来的是各派官员借红丸案相互陷害，倾轧，事情闹得越来越大，内阁首辅方从哲也因此丢了官。 原来，朱常洛死后，东林党人便借题发挥，打击政敌，属于浙党一员的方从哲被他们抓住了把柄。朱常洛去世的当天，方从哲竟拟旨赏赐了进献红丸的李可灼，实在有同党嫌疑。 于是，东林党人将矛头直指方从哲，直言他虽无弑君之心，却有弑君之罪，欲辞弑君之名，难免有弑君之实。 方从哲为示清白，只得辞官回家。然而，朝廷之上的争斗并没有因为方从哲的离开而平息，拥护朱常洛的大臣和拥护郑贵妃的大臣仍斗得不可开交。 一方认为，朱常洛是被人谋害的，而郑贵妃就是幕后凶手；另一方则认为朱常洛是因病去世。双方互相弹劾，朝廷内一片乌烟瘴气。 新登基的皇帝朱由校见事情越来越严重，只好匆匆将李可灼治了罪，也不再追究背后是否有人指使。至此，红丸案成了大明深宫中的一桩谜案。
